Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ctattagctaatttactaaacgtagctaatagctgaactattagctagattgtttggttgtctttagttatttttagcagctaactattgcactttgcagGCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATTGCCACAGTTCAATGGAGCTGCACATGTATATGAGCATTTTGTGAGGCCA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G130548_T03
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G130548_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os02g51290.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
ctattagctaattta---ctaaacgtagctaatagctgaactattagctagattgtttg-gttgtctttagttatttttagcagctaactattgcactttgcagGCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATTGCCACAGTTCAATGGAGCTGCACATGTATATGAGCATTTTGTGAGGCCA
   ||  ||  ||||    || |  | | || ||  ||||   |  |      |||| |   ||     || |||  ||| |     || | ||   |||||||||||||||| ||||||||||| ||  |||| |||||||||||||| || |||||  | |||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||||
actttgtctggtttagtggtagaatttgttattatttgaagactagggagtggtgttcgtaatgcacaaagatatgctta-ctctagacgaatg---tttgcagGCTTCCTTTATGGTCTTATGCTAAATTGTTTTTCAATTGCTGGTTGGTCTTGCCCTACTTCAATGGTGCTGCACATGTCTATGAACACTTTGTGAGGCCA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211067671|gb|FL012971.1|FL012971
EST:     TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATG                         GCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAATCTGTTCTTCAAT
genomic: TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATGgtaaaacaac ... cactttgcagGCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAAT
EST: gi|67010741|gb|CO439490.1|CO439490
EST:     TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATG                         GCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
genomic: TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATGgtaaaacaac ... cactttgcagGCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
EST: gi|47961743|gb|CN844452.1|CN844452
EST:     TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATG                         GCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
genomic: TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATGgtaaaacaac ... cactttgcagGCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
EST: gi|58030053|gb|CX725480.1|CX725480
EST:     TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATG                         GCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
genomic: TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATGgtaaaacaac ... cactttgcagGCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
EST: gi|18649488|gb|BM498307.1|BM498307
EST:     TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATG                         GCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
genomic: TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATGgtaaaacaac ... cactttgcagGCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
EST: gi|211067662|gb|FL012962.1|FL012962
EST:     TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATG                         GCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
genomic: TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATGgtaaaacaac ... cactttgcagGCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
EST: gi|211067666|gb|FL012966.1|FL012966
EST:     TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATG                         GCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAAT-GCTGG
genomic: TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATGgtaaaacaac ... cactttgcagGCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGG
EST: gi|18649240|gb|BM498059.1|BM498059
EST:     TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATG                         GCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
genomic: TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATGgtaaaacaac ... cactttgcagGCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
EST: gi|76292040|gb|DV031608.1|DV031608
EST:     TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATG                         GCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
genomic: TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATGgtaaaacaac ... cactttgcagGCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
EST: gi|211070402|gb|FL012977.1|FL012977
EST:     TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATG                         GCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
genomic: TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATGgtaaaacaac ... cactttgcagGCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
EST: gi|101383449|gb|EB813780.1|EB813780
EST:     CACCTTTGCTCCGGTACTCGAATG                         G-TTCCCTTTTTGGTTTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTAT
genomic: CACCTTTGCTCCGGTACTCGAATGgtaaaacaac ... cactttgcagGCTT-CCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTAT
EST: gi|211070409|gb|FL012984.1|FL012984
EST:     TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATG                         GCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
genomic: TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATGgtaaaacaac ... cactttgcagGCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
EST: gi|211067664|gb|FL012964.1|FL012964
EST:     TACTCATTTATCACTCTAWTCGAACTCAACTTTGCTCCGGTACTCGAATG                         GCNTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCT
genomic: TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATGgtaaaacaac ... cactttgcagGCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCT
EST: gi|211067667|gb|FL012967.1|FL012967
EST:     TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATG                         GCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
genomic: TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATGgtaaaacaac ... cactttgcagGCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
EST: gi|211070406|gb|FL012981.1|FL012981
EST:     TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATG                         GCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAA-CTGTTCTTCAATTGCT
genomic: TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATGgtaaaacaac ... cactttgcagGCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCT
EST: gi|111990559|gb|EE332006.1|EE332006
EST:     TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATG                         GCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
genomic: TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATGgtaaaacaac ... cactttgcagGCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
EST: gi|29945355|gb|CB815597.1|CB815597
EST:     TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATG                         GCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
genomic: TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATGgtaaaacaac ... cactttgcagGCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
EST: gi|211067670|gb|FL012970.1|FL012970
EST:     TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATG                         GCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
genomic: TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATGgtaaaacaac ... cactttgcagGCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
EST: gi|5439382|gb|AI820303.1|AI820303
EST:     TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATG                         GCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
genomic: TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATGgtaaaacaac ... cactttgcagGCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
EST: gi|211067668|gb|FL012968.1|FL012968
EST:     TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATG                         GCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
genomic: TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATGgtaaaacaac ... cactttgcagGCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
EST: gi|211064938|gb|FL012959.1|FL012959
EST:     TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATG                         GCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
genomic: TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATGgtaaaacaac ... cactttgcagGCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
EST: gi|60341409|gb|DN208382.1|DN208382
EST:     TACTCATTTATCACTTTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATG                         GCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
genomic: TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATGgtaaaacaac ... cactttgcagGCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
EST: gi|211070403|gb|FL012978.1|FL012978
EST:     TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATG                         GCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCA
genomic: TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATGgtaaaacaac ... cactttgcagGCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCA
EST: gi|211067665|gb|FL012965.1|FL012965
EST:     TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATG                         GCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
genomic: TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATGgtaaaacaac ... cactttgcagGCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
EST: gi|211067676|gb|FL012976.1|FL012976
EST:     TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATG                         GCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGT
genomic: TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATGgtaaaacaac ... cactttgcagGCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGT
EST: gi|161590238|gb|EY959365.1|EY959365
EST:     CGGTACTCGAATG                         GCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
genomic: CGGTACTCGAATGgtaaaacaac ... cactttgcagGCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
EST: gi|45567900|gb|CK985803.1|CK985803
EST:     TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATG                         GCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
genomic: TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATGgtaaaacaac ... cactttgcagGCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
EST: gi|22489673|gb|BU049596.1|BU049596
EST:     CTTTGCTCCGGTACTCGAATG                         GCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
genomic: CTTTGCTCCGGTACTCGAATGgtaaaacaac ... cactttgcagGCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
EST: gi|18649960|gb|BM498779.1|BM498779
EST:     CTTTGCTCCGGTACTCGAATG                         GCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
genomic: CTTTGCTCCGGTACTCGAATGgtaaaacaac ... cactttgcagGCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
EST: gi|9732626|gb|BE511378.1|BE511378
EST:     TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATG                         GCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
genomic: TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATGgtaaaacaac ... cactttgcagGCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
EST: gi|87153170|gb|DY397959.1|DY397959
EST:     TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATG                         GCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
genomic: TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATGgtaaaacaac ... cactttgcagGCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
EST: gi|50337773|gb|CO532899.1|CO532899
EST:     TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATG                         GCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTCCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
genomic: TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATGgtaaaacaac ... cactttgcagGCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
EST: gi|211070407|gb|FL012982.1|FL012982
EST:     TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATG                         GCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
genomic: TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATGgtaaaacaac ... cactttgcagGCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
EST: gi|193503515|gb|AM937704.1|AM937704
EST:     TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATG                         GCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
genomic: TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATGgtaaaacaac ... cactttgcagGCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
EST: gi|211470172|gb|FL446046.1|FL446046
EST:     TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATG                         GCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
genomic: TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATGgtaaaacaac ... cactttgcagGCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
EST: gi|211064939|gb|FL012960.1|FL012960
EST:     TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATG                         GCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
genomic: TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATGgtaaaacaac ... cactttgcagGCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
EST: gi|211070405|gb|FL012980.1|FL012980
EST:     TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATG                         GCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
genomic: TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATGgtaaaacaac ... cactttgcagGCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
EST: gi|211383033|gb|FK976891.1|FK976891
EST:     TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATG                         GCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAAATTGCTG
genomic: TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATGgtaaaacaac ... cactttgcagGCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAA-TTGCTG
EST: gi|91877109|gb|EB407066.1|EB407066
EST:     TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATG                         GCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
genomic: TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATGgtaaaacaac ... cactttgcagGCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
EST: gi|211070410|gb|FL012985.1|FL012985
EST:     TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATG                         GCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
genomic: TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATGgtaaaacaac ... cactttgcagGCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
EST: gi|32909041|gb|CF013853.1|CF013853
EST:     TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATG                         GCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
genomic: TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATGgtaaaacaac ... cactttgcagGCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
EST: gi|211067674|gb|FL012974.1|FL012974
EST:     TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATG                         GCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
genomic: TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATGgtaaaacaac ... cactttgcagGCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
EST: gi|5005775|gb|AI711837.1|AI711837
EST:     TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATG                         GCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
genomic: TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATGgtaaaacaac ... cactttgcagGCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
EST: gi|211067672|gb|FL012972.1|FL012972
EST:     TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATG                         GCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
genomic: TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATGgtaaaacaac ... cactttgcagGCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
EST: gi|32863713|gb|CF003395.1|CF003395
EST:     TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATG                         GCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
genomic: TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATGgtaaaacaac ... cactttgcagGCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
EST: gi|211067669|gb|FL012969.1|FL012969
EST:     TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATG                         GCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
genomic: TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATGgtaaaacaac ... cactttgcagGCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
EST: gi|18450405|gb|BM428683.1|BM428683
EST:     TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATG                         GCTTCCTTTCTGGGCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
genomic: TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATGgtaaaacaac ... cactttgcagGCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
EST: gi|109179579|gb|EC380083.1|EC380083
EST:     TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATG                         GCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGGTTAGTAT
genomic: TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATGgtaaaacaac ... cactttgcagGCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGG-TTAGTAT
EST: gi|19822487|gb|BQ048511.1|BQ048511
EST:     TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATG                         GCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT
genomic: TACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATGgtaaaacaac ... cactttgcagGCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tagattgtttggttgtctttagttatttttagcagctaactattgcactttgcagGCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATTGCCACAGTTCAATGGAGCTGCACATGTATATGAGCATTTTGTGAGGCCA
                                 agctaac  putative branch site (score: 2)
               tctttagttattttta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ctattagctaatttactaaacgtagctaatagctgaactattagctagattgtttggttgtctttagttatttttagcagctaactattgcactttgcagGCTTCCTTTCTGGTCTTATGCAAAGCTGTTCTTCAATTGCTGGTTAGTATTGCCACAGTTCAATGGAGCTGCACATGTATATGAGCATTTTGTGAGGCCA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC