Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgatgcttgaagtacttgtgaaatatttgataaaaagcatattttcttgtccctgctatacacccgagtctgatacccccttgatgcagCTGCTTAATATGAATCCAAATGTACGTAACATGATGGAATCCAATACTCAAATGAGAGAAATGATTGAGAATCCAGAATTTCTTCGCCAGTTAACATCTC

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G127101_T01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G127101_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os03g03920.4 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
gtatgatgcttgaagtacttgtgaaatatttgataaaaagcatattttcttgtccctgctataca---cccgagtc------tgatacccccttgat-gcagCTGCTTAATATGAATCCAAATGTACGTAACATGATGGAATCCAATACTCAAATGAGAGAAATGATTGAGAATCCAGAATTTCTTCGCCAGTTAACATCTC
||  | ||||  ||    |  || |||| |||||     || |   ||  | | | || || |||       | |       ||||  |  |||| | ||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| || |||||  |||| || ||| |  |||| ||||||||| |||||||||| |||||||
gttcgttgctctaatctttcatggaatagttgatgttgtgctt--cttgatatgcatgatacacagtgttttaattatctaatgatgtcgtcttgcttgcagCTGCTTAATATCAACCCAAATGTACGTAATATGATGGAATCTAACACTCAGTTGAGGGAGATGTTCCAGAACCCAGAATTTGTTCGCCAGTTGACATCTC

upper sequence: GRMZM2G127101_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv04s0210g00220.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
gtatgatgcttgaagtacttgtgaaatatttgataaaaagcatattttcttgtccctgctatacacccgagtctgatacccccttgatg-cagCTGCTTAATATGAATCCAAATGTACGTAACATGATGGAATCCAATACTCAAATGAGAGAAATGATTGAGAATCCAGAATTTCTTCGCCAGTTAACATCTC
          |    |  || |    ||| || ||  |  |||  ||   |||      | |         ||||| | | |  |  || ||| | |||  | | |||||  |  | |||| | |  | || |||||| ||||| | |||||||||||  | ||||||||||||||||| ||||| || || |
---------gtaccatttttctttgttatctggtatgat-catgcttgggtgtaaagtttctggttt----tctgacatctctctattgtcagATACTTGGTCTCAATCCCCAGTTGCGTAGCGTTCTTGATTCCAATCCTCAACTAAGAGAAATGATGCAAAATCCAGAATTTCTTCGTCAGTTGACTTCAC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|76916495|gb|DV166414.1|DV166414
EST:     TGATGCAGATGATGCAGAACATTATGTCTAATCCTCAGTCCATGAATCAG                         CTGCTTAATATGAATCCAAATGTACGTAACATGATGGAATCCAATACTCAA
genomic: TGATGCAGATGATGCAGAACATTATGTCTAATCCTCAGTCCATGAATCAGgtatgatgct ... cttgatgcagCTGCTTAATATGAATCCAAATGTACGTAACATGATGGAATCCAATACTCAA
EST: gi|211419237|gb|FK977453.1|FK977453
EST:     TGATGCAGATGATGCAGAACATTATGTCTAATCCTCAGTCCATGAATCAG                         CTGCTTAATATGAATCCAAATGTACGTAACATCATGGAATCCAATACTCAA
genomic: TGATGCAGATGATGCAGAACATTATGTCTAATCCTCAGTCCATGAATCAGgtatgatgct ... cttgatgcagCTGCTTAATATGAATCCAAATGTACGTAACATGATGGAATCCAATACTCAA
EST: gi|31351028|gb|CD435385.1|CD435385
EST:     TGATGCAGATGATGCAGAACATTATGTCTAATCCTCAGTCCATGAATCAG                         CTGCTTAATATGAATCCAAATGTACGTAACATGATGGAATCCAATACTCAA
genomic: TGATGCAGATGATGCAGAACATTATGTCTAATCCTCAGTCCATGAATCAGgtatgatgct ... cttgatgcagCTGCTTAATATGAATCCAAATGTACGTAACATGATGGAATCCAATACTCAA
EST: gi|78107355|gb|DV525773.1|DV525773
EST:     TGATGCAGATGATGCAGAACATTATGTCTAATCCTCAGTCCATGAATCAG                         CTGCTTAATATGAATCCAAATGTACGTAACATGATGGAATCCAATACTCAA
genomic: TGATGCAGATGATGCAGAACATTATGTCTAATCCTCAGTCCATGAATCAGgtatgatgct ... cttgatgcagCTGCTTAATATGAATCCAAATGTACGTAACATGATGGAATCCAATACTCAA
EST: gi|148983365|gb|EE029351.2|EE029351
EST:     TGATGCAGATGATGCAGAACATTATGTCTAATCCTCAGTCCATGAATCAG                         CTGCTTAATATGAATCCAAATGTACGTAACATGATGGAATCCAATACTCAA
genomic: TGATGCAGATGATGCAGAACATTATGTCTAATCCTCAGTCCATGAATCAGgtatgatgct ... cttgatgcagCTGCTTAATATGAATCCAAATGTACGTAACATGATGGAATCCAATACTCAA
EST: gi|31352246|gb|CD436603.1|CD436603
EST:     TGATGCAGATGATGCAGAACATTATGTCTAATCCTCAGTCCATGAATCAG                         CTGCTTAATATGAATCCAAATGTACGTAACATGATGGAATCCAATACTCAA
genomic: TGATGCAGATGATGCAGAACATTATGTCTAATCCTCAGTCCATGAATCAGgtatgatgct ... cttgatgcagCTGCTTAATATGAATCCAAATGTACGTAACATGATGGAATCCAATACTCAA
EST: gi|211419234|gb|FK977450.1|FK977450
EST:     TGATGCAGATGATGCAGAACATTATGTCTAATCCTCAGTCCATGAATCAG                         CTGCTTAATATGAATCCAAATGTACGTAACATCATGGAATCCAATACTCAA
genomic: TGATGCAGATGATGCAGAACATTATGTCTAATCCTCAGTCCATGAATCAGgtatgatgct ... cttgatgcagCTGCTTAATATGAATCCAAATGTACGTAACATGATGGAATCCAATACTCAA
EST: gi|86468765|gb|DY235135.1|DY235135
EST:     TGATGCAGATGATGCAGAACATTATGTCTAATCCTCAGTCCATGAATCAG                         CTGCTTAATATGAATCCAAATGTACGTAACATGATGGAATCCAATACTCAA
genomic: TGATGCAGATGATGCAGAACATTATGTCTAATCCTCAGTCCATGAATCAGgtatgatgct ... cttgatgcagCTGCTTAATATGAATCCAAATGTACGTAACATGATGGAATCCAATACTCAA
EST: gi|67019053|gb|CO447802.1|CO447802
EST:     TGATGCAGATGATGCAGAACATTATGTCTAATCCTCAGTCCATGAATCAG                         CTGCTTAATATGAATCCAAATGTACGTAACATGATGGAATCCAATACTCAA
genomic: TGATGCAGATGATGCAGAACATTATGTCTAATCCTCAGTCCATGAATCAGgtatgatgct ... cttgatgcagCTGCTTAATATGAATCCAAATGTACGTAACATGATGGAATCCAATACTCAA
EST: gi|149094648|gb|EE180187.2|EE180187
EST:     ATTATGTCTAATCCTCAGTCCATGAATCAG                         CTGCTTAATATGAATCCAAATGTACGTAACATGATGGAATCCAATACTCAA
genomic: ATTATGTCTAATCCTCAGTCCATGAATCAGgtatgatgct ... cttgatgcagCTGCTTAATATGAATCCAAATGTACGTAACATGATGGAATCCAATACTCAA
EST: gi|211419238|gb|FK977454.1|FK977454
EST:     TGATGCAGATGATGCAGAACATTATGTCTAATCCTCAGTCCATGAATCAG                         CTGCTTAATATGAATCCAAATGTACGTAACATCATGGAATCCAATACTCAA
genomic: TGATGCAGATGATGCAGAACATTATGTCTAATCCTCAGTCCATGAATCAGgtatgatgct ... cttgatgcagCTGCTTAATATGAATCCAAATGTACGTAACATGATGGAATCCAATACTCAA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 41 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 159

TGGTGGCTCTGATGCTACCTTGTTGACTCAAGTTTTGCAAAACCCAACTATGATGCAGATGATGCAGAACATTATGTCTAATCCTCAGTCCATGAATCAGgtatgatgct ... cttgatgcagCTGCTTAATATGAATCCAAATGTACGTAACATGATGGAATCCAATACTCAAATGAGAGAAATGATTGAGAATCCAGAATTTCTTCGCCAGTTAACATCTC


Block sizes: 29 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 268

TGGTGGCTCTGATGCTACCTTGTTGACTCAAGTTTTGCAAAACCCAACTATGATGCAGATGATGCAGAACATTATGTCTAATCCTCAGTCCATGAATCAGgtatgatgct ... cttgatgcagCTGCTTAATATGAATCCAAATGTACGTAACATGATGGAATCCAATACTCAAATGAGAGAAATGATTGAGAATCCAGAATTTCTTCGCCAGTTAACATCTC


Block sizes: 29 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 334

TGGTGGCTCTGATGCTACCTTGTTGACTCAAGTTTTGCAAAACCCAACTATGATGCAGATGATGCAGAACATTATGTCTAATCCTCAGTCCATGAATCAGgtatgatgct ... cttgatgcagCTGCTTAATATGAATCCAAATGTACGTAACATGATGGAATCCAATACTCAAATGAGAGAAATGATTGAGAATCCAGAATTTCTTCGCCAGTTAACATCTC


Block sizes: 29 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 187

TGGTGGCTCTGATGCTACCTTGTTGACTCAAGTTTTGCAAAACCCAACTATGATGCAGATGATGCAGAACATTATGTCTAATCCTCAGTCCATGAATCAGgtatgatgct ... cttgatgcagCTGCTTAATATGAATCCAAATGTACGTAACATGATGGAATCCAATACTCAAATGAGAGAAATGATTGAGAATCCAGAATTTCTTCGCCAGTTAACATCTC




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aagcatattttcttgtccctgctatacacccgagtctgatacccccttgatgcagCTGCTTAATATGAATCCAAATGTACGTAACATGATGGAATCCAATACTCAAATGAGAGAAATGATTGAGAATCCAGAATTTCTTCGCCAGTTAACATCTC
                                       taccccctt  CT-rich tract
     tattttctt  TA-rich tract