ERISdb: a Database of Plant Splice Sites

General
Orthologs
EST
RNA-Seq
PPT, BS, UA-tract
cis-regulatory elements

Sequence

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

gtatgtatattatgctttgtttatgtttatcgataacagttgaagatgtgttctgttgaccatgaacctcatgcttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCTAATCAGGTGAAAG

Basic information

species	Zea mays
transcript	GRMZM2G124455_T02
intron #	3
splice site	3'
intron type	U2

Orthologous splice sites

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

upper sequence: GRMZM2G124455_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os05g25850.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3

gtatgtatattatgctttgtttatgtttatcgataa-----------cagt-tgaagatgtgttctgttgacc-atgaacctcatgcttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCTAATCAGGTGAAAG
||||||| |  |||| ||| || | |  || |||             |||| ||||||  |||  |||| |   || |   | ||  |    | |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| |||       
gtatgtacaccatgcattgctt-tatccattgatgtgtcatcctgttcagtctgaagaaatgtattgttcatttattatatttattttctcgtacagTGGCTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAGAAGCTTTCAGTGGAAACAACTGCTAACCAG-------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments

ATGC    EST sequence
ATGC    genomic sequence (exon)
ATGC    genomic sequence (truncated intron)

EST: gi|12969984|gb|BG266756.1|BG266756

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|71330409|gb|DR801958.1|DR801958

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|29544424|gb|CB604804.1|CB604804

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATA
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATA

EST: gi|149102601|gb|EE188241.2|EE188241

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|71439541|gb|DR820591.1|DR820591

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|71768769|gb|DR966706.1|DR966706

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|60351803|gb|DN218776.1|DN218776

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|149107702|gb|EE189578.2|EE189578

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|29545016|gb|CB605194.1|CB605194

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|74244470|gb|DT652384.1|DT652384

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|40337235|gb|CK371305.1|CK371305

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|71768768|gb|DR966705.1|DR966705

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|67011046|gb|CO439795.1|CO439795

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|71298564|gb|DR785257.1|DR785257

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|148933163|gb|EC876803.2|EC876803

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCCGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|74233583|gb|DT641497.1|DT641497

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|67018883|gb|CO447632.1|CO447632

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|71426926|gb|DR807976.1|DR807976

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|71437068|gb|DR818118.1|DR818118

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|166570251|gb|EG154517.1|EG154517

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTC
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTC

EST: gi|91056846|gb|EB167264.1|EB167264

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|149021338|gb|EE045792.2|EE045792

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|9733426|gb|BE512283.1|BE512283

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|101384391|gb|EB814240.1|EB814240

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAAC
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAAC

EST: gi|29544566|gb|CB604946.1|CB604946

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTCAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|211255956|gb|FL470284.1|FL470284

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|29543885|gb|CB604265.1|CB604265

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|71440078|gb|DR821128.1|DR821128

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|50336630|gb|CO531756.1|CO531756

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|50329149|gb|CO524275.1|CO524275

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|101389793|gb|EB816827.1|EB816827

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|71298562|gb|DR785256.1|DR785256

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|26557504|gb|CA829739.1|CA829739

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGC
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGG-CAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGC

EST: gi|50336612|gb|CO531738.1|CO531738

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|37395751|gb|CF635158.1|CF635158

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|50331196|gb|CO526322.1|CO526322

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|29543442|gb|CB603838.1|CB603838

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|29544474|gb|CB604854.1|CB604854

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCT

EST: gi|60351636|gb|DN218609.1|DN218609

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|71447967|gb|DR829017.1|DR829017

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|29544083|gb|CB604463.1|CB604463

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|40336945|gb|CK371015.1|CK371015

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|148972354|gb|EE023268.2|EE023268

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|71330410|gb|DR801959.1|DR801959

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|4776003|gb|AI665006.1|AI665006

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|149095146|gb|EE180760.2|EE180760

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|211255955|gb|FL470283.1|FL470283

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|110194904|gb|EC876802.1|EC876802

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|148993134|gb|EE033733.2|EE033733

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|110934226|gb|EE154452.1|EE154452

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|148948500|gb|EC894019.2|EC894019

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|76014752|gb|DT941922.1|DT941922

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|101400004|gb|EB821849.1|EB821849

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|71439547|gb|DR820597.1|DR820597

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|71440079|gb|DR821129.1|DR821129

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|148931241|gb|EC874027.2|EC874027

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|29577041|gb|CB617153.1|CB617153

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCA
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCA

EST: gi|60358457|gb|DN225430.1|DN225430

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|29544216|gb|CB604596.1|CB604596

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|78027681|gb|DV496068.1|DV496068

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|149040136|gb|EE046787.2|EE046787

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|31664230|gb|CD572955.1|CD572955

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|31997580|gb|CD661666.1|CD661666

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|76292533|gb|DV032101.1|DV032101

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|6653893|gb|AW267298.1|AW267298

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|76292534|gb|DV032102.1|DV032102

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|149107703|gb|EE189579.2|EE189579

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|28568998|gb|CB280873.1|CB280873

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAG
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAG

EST: gi|91056845|gb|EB167263.1|EB167263

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|71426927|gb|DR807977.1|DR807977

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

EST: gi|149040135|gb|EE046786.2|EE046786

EST:     TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTG                         TGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT
genomic: TAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCT

RNA-Seq data

ATGC Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

atgs Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.

Found data for 4 RNA-Seq libraries.

Block sizes: 48 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 179

GAAACTTGGCTGGGCCATCGATGAGGATTTTGGTTCATTTGAGGCACTTGTAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCTAATCAGGTGAAAG

Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 225

GAAACTTGGCTGGGCCATCGATGAGGATTTTGGTTCATTTGAGGCACTTGTAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCTAATCAGGTGAAAG

Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 232

GAAACTTGGCTGGGCCATCGATGAGGATTTTGGTTCATTTGAGGCACTTGTAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCTAATCAGGTGAAAG

Block sizes: 48 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 215

GAAACTTGGCTGGGCCATCGATGAGGATTTTGGTTCATTTGAGGCACTTGTAAAGAGGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGATCTGGATGGGTGgtatgtatat ... ttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCTAATCAGGTGAAAG

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcgataacagttgaagatgtgttctgttgaccatgaacctcatgcttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCTAATCAGGTGAAAG

                        tgttgac  putative branch site (score: 215)
                                     cctcatgcttctct  putative PPT

Putative cis-regulatory sequences

atgc	intron	ATGC	exonic elements by Pertea et al.
ATGC	exon	atgc	putative intronic elements
		ATGC	putative exonic elements identified for retained introns

        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgtatattatgctttgtttatgtttatcgataacagttgaagatgtgttctgttgaccatgaacctcatgcttctctgcagTGGTTAGCTTTGGATAAAGAGGCAAAAAAGCTTTCAGTTGAAACTACAGCTAATCAGGTGAAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG

Data associated with selected splice site

Sequence

Basic information

Orthologous splice sites

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments

RNA-Seq data

Putative cis-regulatory sequences