1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
gtaatcggttactatctgtatgtttcaaaattcttttgttaaatttgtttggtcattggtgtttcatgaacatgatctcgtggttgctttactgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGCGATGTTGCTATTGAATGGTGTATCACTGTTTGGATGTTTCCTTGTTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTT
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G123732_T02 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGGGTTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTG CAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGCGATGTTGCTATTGAATGGCGEST: gi|76291714|gb|DV031282.1|DV031282
genomic: TGGGTTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAAACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttactgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGCGATGTTGCTATTGAATGGTG
EST: GGGGTGATTGTTTTCATGCATCATTTCA-GATGGAGAAACAGGCTGCCTG CAAA-CCAGCATACTACAACTATGTATEST: gi|211118164|gb|FL349423.1|FL349423
genomic: GGGTTGATTGTTTTCATGCATCATT-CAAGATGGAGAAACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttactgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTAT
EST: TGGGTTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTG CAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGCGATGTTGCTATTGAATGGCGEST: gi|71323879|gb|DR798616.1|DR798616
genomic: TGGGTTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAAACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttactgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGCGATGTTGCTATTGAATGGTG
EST: TGGGTTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAAACAGGCTGCCTG CAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGCGATGTTGCTATTGAATGGTGEST: gi|211474975|gb|FL438616.1|FL438616
genomic: TGGGTTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAAACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttactgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGCGATGTTGCTATTGAATGGTG
EST: TGGGTTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAAACAGGCTGCCTG CAAAACCAGCATACTACAACTCTGTATGTGCGATGTTGCTATTGAATGGTGEST: gi|74244183|gb|DT652097.1|DT652097
genomic: TGGGTTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAAACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttactgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGCGATGTTGCTATTGAATGGTG
EST: TGGGTTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAAACAGGCTGCCTG CAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGCGATGTTGCTATTGAATGGTGEST: gi|33092349|gb|CF052343.1|CF052343
genomic: TGGGTTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAAACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttactgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGCGATGTTGCTATTGAATGGTG
EST: ACAGGCTGCCTG CAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGCGATGTTGCTATTGAATGGCGEST: gi|93011727|gb|EB637247.1|EB637247
genomic: ACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttactgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGCGATGTTGCTATTGAATGGTG
EST: TGGGTTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAAACAGGCTGCCTG CAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGCGATGTTGCTATTGAATGGTGEST: gi|32933373|gb|CF038185.1|CF038185
genomic: TGGGTTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAAACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttactgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGCGATGTTGCTATTGAATGGTG
EST: TGGGTTGATTGTTTTCATACATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTG CAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGCGATGTTGCTATTGAATGGCGEST: gi|67034439|gb|CO462989.1|CO462989
genomic: TGGGTTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAAACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttactgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGCGATGTTGCTATTGAATGGTG
EST: TGGGGTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTG CAAA-CCAGCATACTACCACTATGTATGTGCGATNNGT-GCTAT-GAATGGEST: gi|74244184|gb|DT652098.1|DT652098
genomic: TGGGTTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAAACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttactgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGCGAT--GTTGCTATTGAATGG
EST: GGGTTGATTGTTTTCATGCATCATTNCA-GATGGAGAAACAGGCTGCCTG CAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGCGATGTTGCTATTGAATGGTG
genomic: GGGTTGATTGTTTTCATGCATCATT-CAAGATGGAGAAACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttactgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGCGATGTTGCTATTGAATGGTG
atttgtttggtcattggtgtttcatgaacatgatctcgtggttgctttactgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGCGATGTTGCTATTGAATGGTGTATCACTGTTTGGATGTTTCCTTGTTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTT
ttgcttt CT-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaatcggttactatctgtatgtttcaaaattcttttgttaaatttgtttggtcattggtgtttcatgaacatgatctcgtggttgctttactgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGCGATGTTGCTATTGAATGGTGTATCACTGTTTGGATGTTTCCTTGTTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA