Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatatatagaaccccacaccttttcagtttaattatttcttgacttttcgctgttgatgacctgtatctgtttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAACAA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G122871_T02
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32911393|gb|CF016205.1|CF016205
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGATGGCAACCCTCTTTTTGGGTCCTCCCGTATTGAAC
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
EST: gi|211066069|gb|FK950657.1|FK950657
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGKAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAA
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTT-GGGTCTTCCCGTATTGAA
EST: gi|211066063|gb|FK950651.1|FK950651
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
EST: gi|211439479|gb|FK950632.1|FK950632
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTSAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
EST: gi|211426487|gb|FK950553.1|FK950553
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTKAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAWC
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
EST: gi|211429076|gb|FK950568.1|FK950568
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
EST: gi|211426488|gb|FK950554.1|FK950554
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
EST: gi|211197063|gb|FK950520.1|FK950520
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGAT-AGA-CG-TCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
EST: gi|211436884|gb|FK950619.1|FK950619
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
EST: gi|211436885|gb|FK950620.1|FK950620
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
EST: gi|211436889|gb|FK950624.1|FK950624
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
EST: gi|211434295|gb|FK950612.1|FK950612
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTGTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAA
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCT-TGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAA
EST: gi|32844294|gb|CD983975.1|CD983975
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
EST: gi|211429087|gb|FK950579.1|FK950579
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
EST: gi|211436886|gb|FK950621.1|FK950621
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAWGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTG
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTG
EST: gi|211431686|gb|FK950589.1|FK950589
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
EST: gi|211068803|gb|FK950661.1|FK950661
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
EST: gi|211431688|gb|FK950591.1|FK950591
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
EST: gi|211068812|gb|FK950670.1|FK950670
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCC-GTATTGAAC
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
EST: gi|211439488|gb|FK950641.1|FK950641
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
EST: gi|211436883|gb|FK950618.1|FK950618
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGGCTTCCCGTATTGAAC
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
EST: gi|211431689|gb|FK950592.1|FK950592
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
EST: gi|211068811|gb|FK950669.1|FK950669
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
EST: gi|211071543|gb|FK950680.1|FK950680
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTT-GAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
EST: gi|4628217|gb|AI619091.1|AI619091
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
EST: gi|211434287|gb|FK950604.1|FK950604
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
EST: gi|32845728|gb|CD985409.1|CD985409
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
EST: gi|211421280|gb|FK950533.1|FK950533
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
EST: gi|211068800|gb|FK950658.1|FK950658
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
EST: gi|211421284|gb|FK950537.1|FK950537
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGT
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGT
EST: gi|211068808|gb|FK950666.1|FK950666
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCKATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
EST: gi|211066059|gb|FK950647.1|FK950647
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
EST: gi|211071538|gb|FK950675.1|FK950675
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
EST: gi|211066058|gb|FK950646.1|FK950646
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTTGCTCGCTTKAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAA
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTT-GCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAA
EST: gi|211197057|gb|FK950514.1|FK950514
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
EST: gi|211066066|gb|FK950654.1|FK950654
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
EST: gi|211434290|gb|FK950607.1|FK950607
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
EST: gi|211071546|gb|FK950683.1|FK950683
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
EST: gi|211197058|gb|FK950515.1|FK950515
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
EST: gi|211421281|gb|FK950534.1|FK950534
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
EST: gi|211068806|gb|FK950664.1|FK950664
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTC-AAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTSCCGTATTGAAC
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
EST: gi|32914735|gb|CF019547.1|CF019547
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
EST: gi|211421273|gb|FK950526.1|FK950526
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
EST: gi|211436879|gb|FK950614.1|FK950614
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGGAA
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTG-AA
EST: gi|211071541|gb|FK950678.1|FK950678
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
EST: gi|211431682|gb|FK950585.1|FK950585
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
EST: gi|211429085|gb|FK950577.1|FK950577
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
EST: gi|211426492|gb|FK950558.1|FK950558
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTYTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGANGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
EST: gi|211429086|gb|FK950578.1|FK950578
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCCTCTTTTTGGGTCTTCCCG
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCC-TCTTTTTGGGTCTTCCCG
EST: gi|211421279|gb|FK950532.1|FK950532
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
EST: gi|6020997|gb|AW065925.1|AW065925
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTGTTTGGGTCTTCC
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCC
EST: gi|211429084|gb|FK950576.1|FK950576
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
EST: gi|211431692|gb|FK950595.1|FK950595
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
EST: gi|211434286|gb|FK950603.1|FK950603
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
EST: gi|211068813|gb|FK950671.1|FK950671
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
EST: gi|211429082|gb|FK950574.1|FK950574
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
EST: gi|211439487|gb|FK950640.1|FK950640
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
EST: gi|211068814|gb|FK950672.1|FK950672
EST:     GAGACTCCTGATGGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
genomic: GAGACTCCTGATGG-CCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
EST: gi|211068807|gb|FK950665.1|FK950665
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
EST: gi|211421283|gb|FK950536.1|FK950536
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
EST: gi|211431683|gb|FK950586.1|FK950586
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
EST: gi|211066068|gb|FK950656.1|FK950656
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
EST: gi|211429077|gb|FK950569.1|FK950569
EST:     GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC
genomic: GGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAAC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 2095

GTTCCTGTTCTGGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAACAA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 1706

GTTCCTGTTCTGGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAACAA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 2055

GTTCCTGTTCTGGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAACAA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 1139

GTTCCTGTTCTGGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatag ... ttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAACAA




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtttaattatttcttgacttttcgctgttgatgacctgtatctgtttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAACAA
                                      tatctgtttcctttc  CT-rich tract
     attatttctt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatatatagaaccccacaccttttcagtttaattatttcttgacttttcgctgttgatgacctgtatctgtttcctttcagTTGCTCGCTTGAAGGATGACAACCCTCTTTTTGGGTCTTCCCGTATTGAACAA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG