Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtatcctgttctttttgtaacaaaagatgctactaaattataagacatcaatgcttaattttgtttccttatttacagTGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCACTATCCAATGCTAGCATATTTTGCCATTGCTGAGAACGAATCGATCGGA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G121942_T01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G121942_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os08g34480.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
gtaagtatcctgttctttttgtaacaaaagatgctactaaattataagacatcaatgcttaattttg----tttccttatttacagTGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCACTATCCAATGCTAGCATATTTTGCCATTGCTGAGAACGAATCGATCGGA
||||||||     | |||    || |||  |   |      ||   | |  |     |||| | |||    |||| ||  || |||||||||||| ||||||||||| || || || ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||| || |||
gtaagtatatc--tttttccaaaataaacaaaaatgtgttgttggga-atgtagtaacttagtattgaggatttcttttattgcagTGAATGGGCAGTAAACATCCAAAGGGATAGCTATGCATCCTATATTGGGCACTATCCAATGCTGGCATATTTTTCCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGA

upper sequence: GRMZM2G121942_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT4G14342.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
gtaagtatcctgttctttttgtaacaaaag------atgctactaaattataagacatcaatgcttaattttgtttccttatttacagTGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCACTATCCAATGCTAGCATATTTTGCCATTGCTGAGAACGAATCGATCGGA
|| ||| || | |  |||| ||    |||       ||||       ||||  |  |  |||   |    ||| ||       |||||||| |||||||| ||||| ||| | || |||||||| || || ||||| ||||| || |||||  |||| ||||| |||||||||||||| || || |||
gtgagtttcttttgattttagtgttcaaatttttatatgcattgtttttattggctactaatttgtggaattggtttaaatggtacagTGAGTGGGCTGTGAACATTCAGCGTGATAGTTATGCTTCATACATTGGTCACTACCCTATGCTTTCATACTTTGCTATTGCTGAGAACGAGTCTATTGGA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211191926|gb|FL276014.1|FL276014
EST:     CATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATT                         TGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCA
genomic: CATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATTgtaagtatcc ... ttatttacagTGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCA
EST: gi|211191933|gb|FL276021.1|FL276021
EST:     CATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATT                         TGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCA
genomic: CATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATTgtaagtatcc ... ttatttacagTGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCA
EST: gi|211191922|gb|FL276010.1|FL276010
EST:     CATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATT                         TGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCA
genomic: CATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATTgtaagtatcc ... ttatttacagTGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCA
EST: gi|19057527|gb|BM736194.1|BM736194
EST:     AGGGCATGCTGATTTGTCTAGATT                         TGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGCTATGCCTCTTATATTGGGCC
genomic: AGGGCATGCTGATTTGTCTAGATTgtaagtatcc ... ttatttacagTGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCA
EST: gi|211191923|gb|FL276011.1|FL276011
EST:     CATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATT                         TGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCA
genomic: CATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATTgtaagtatcc ... ttatttacagTGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCA
EST: gi|211088952|gb|FL225885.1|FL225885
EST:     CATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATT                         TGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCA
genomic: CATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATTgtaagtatcc ... ttatttacagTGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCA
EST: gi|9566444|gb|BE475953.1|BE475953
EST:     CATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATT                         TGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGCTATGCCTCTTATATTGGGCA
genomic: CATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATTgtaagtatcc ... ttatttacagTGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCA
EST: gi|45847222|gb|CN071165.1|CN071165
EST:     CATCTTCAAGCCCAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATT                         TGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCA
genomic: CATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATTgtaagtatcc ... ttatttacagTGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCA
EST: gi|211191929|gb|FL276017.1|FL276017
EST:     CATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATT                         TGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCA
genomic: CATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATTgtaagtatcc ... ttatttacagTGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCA
EST: gi|78111599|gb|DV529996.1|DV529996
EST:     CATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATT                         TGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCA
genomic: CATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATTgtaagtatcc ... ttatttacagTGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCA
EST: gi|211191928|gb|FL276016.1|FL276016
EST:     CATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATT                         TGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCA
genomic: CATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATTgtaagtatcc ... ttatttacagTGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCA
EST: gi|18163701|gb|BM333540.1|BM333540
EST:     CATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATT                         TGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCA
genomic: CATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATTgtaagtatcc ... ttatttacagTGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCA
EST: gi|19436871|gb|BM953281.1|BM953281
EST:     AGGGCATGCTGATTTGTCTAGATT                         TGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGCTATGCCTCTTATATTGGGCA
genomic: AGGGCATGCTGATTTGTCTAGATTgtaagtatcc ... ttatttacagTGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCA
EST: gi|101402755|gb|EB822903.1|EB822903
EST:     CATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATT                         TGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCA
genomic: CATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATTgtaagtatcc ... ttatttacagTGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCA
EST: gi|211191930|gb|FL276018.1|FL276018
EST:     CATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATT                         TGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCA
genomic: CATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATTgtaagtatcc ... ttatttacagTGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCA
EST: gi|149110102|gb|EE293919.2|EE293919
EST:     CATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATT                         TGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCA
genomic: CATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATTgtaagtatcc ... ttatttacagTGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCA
EST: gi|211194322|gb|FL276024.1|FL276024
EST:     CATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATT                         TGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTNGGCA
genomic: CATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATTgtaagtatcc ... ttatttacagTGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCA
EST: gi|5108428|gb|AI740141.1|AI740141
EST:     CATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATT                         TGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGCTATGCCTCTTATATTGGGCA
genomic: CATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATTgtaagtatcc ... ttatttacagTGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCA
EST: gi|211194323|gb|FL276025.1|FL276025
EST:     CATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATT                         TGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCA
genomic: CATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATTgtaagtatcc ... ttatttacagTGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCA
EST: gi|32864255|gb|CF003937.1|CF003937
EST:     CATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATT                         TGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGCTATGCCTCTTATATTGGGCA
genomic: CATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATTgtaagtatcc ... ttatttacagTGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCA
EST: gi|18171587|gb|BM341427.1|BM341427
EST:     CATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATT                         TGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCA
genomic: CATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATTgtaagtatcc ... ttatttacagTGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCA
EST: gi|211191925|gb|FL276013.1|FL276013
EST:     CATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATT                         TGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCA
genomic: CATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATTgtaagtatcc ... ttatttacagTGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCA
EST: gi|211194325|gb|FL276027.1|FL276027
EST:     CATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATT                         TGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCA
genomic: CATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATTgtaagtatcc ... ttatttacagTGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCA
EST: gi|149076642|gb|EE165281.2|EE165281
EST:     CATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATT                         TGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCA
genomic: CATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATTgtaagtatcc ... ttatttacagTGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCA
EST: gi|211194324|gb|FL276026.1|FL276026
EST:     CATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATT                         TGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCA
genomic: CATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATTgtaagtatcc ... ttatttacagTGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCA
EST: gi|32943241|gb|CF048060.1|CF048060
EST:     CATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATT                         TGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGGCAGCTATGCCTCTTATATTGGGCA
genomic: CATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATTgtaagtatcc ... ttatttacagTGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCA
EST: gi|211088951|gb|FL225884.1|FL225884
EST:     CATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATT                         TGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCA
genomic: CATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATTgtaagtatcc ... ttatttacagTGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCA
EST: gi|60350040|gb|DN217013.1|DN217013
EST:     CATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATT                         TGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCA
genomic: CATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATTgtaagtatcc ... ttatttacagTGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCA
EST: gi|211191934|gb|FL276022.1|FL276022
EST:     CATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATT                         TGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCA
genomic: CATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATTgtaagtatcc ... ttatttacagTGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCA
EST: gi|211191924|gb|FL276012.1|FL276012
EST:     CATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATT                         TGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCA
genomic: CATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATTgtaagtatcc ... ttatttacagTGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCA
EST: gi|211194321|gb|FL276023.1|FL276023
EST:     CATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATT                         TGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCA
genomic: CATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATTgtaagtatcc ... ttatttacagTGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCA
EST: gi|32937147|gb|CF041966.1|CF041966
EST:     CATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATT                         TGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGCTATGCCTCTTATATTGGGCA
genomic: CATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATTgtaagtatcc ... ttatttacagTGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCA
EST: gi|56462064|gb|CK986362.1|CK986362
EST:     ACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATT                         TGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCA
genomic: ACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATTgtaagtatcc ... ttatttacagTGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 3 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 40 (downstream exon)
Score: 3

CGATAGGTTCAACATAAACTCTCAGCTTGAGCATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATTgtaagtatcc ... ttatttacagTGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCACTATCCAATGCTAGCATATTTTGCCATTGCTGAGAACGAATCGATCGGA


Block sizes: 49 (upstream exon), 40 (downstream exon)
Score: 4

CGATAGGTTCAACATAAACTCTCAGCTTGAGCATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATTgtaagtatcc ... ttatttacagTGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCACTATCCAATGCTAGCATATTTTGCCATTGCTGAGAACGAATCGATCGGA


Block sizes: 49 (upstream exon), 43 (downstream exon)
Score: 3

CGATAGGTTCAACATAAACTCTCAGCTTGAGCATCTTCAAGCCAAATATGTTGGTACAGGGCATGCTGATTTGTCTAGATTgtaagtatcc ... ttatttacagTGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCACTATCCAATGCTAGCATATTTTGCCATTGCTGAGAACGAATCGATCGGA




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aagatgctactaaattataagacatcaatgcttaattttgtttccttatttacagTGAATGGGCTGTAAACATCCAGAGAGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCACTATCCAATGCTAGCATATTTTGCCATTGCTGAGAACGAATCGATCGGA
                                   ttttgtttccttattt  CT-rich tract
                               ttaattttgtttcctt  TA-rich tract