1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...cttctcacttccctcgttttaattctgttaatactaatgttactaaaattattaagtctcgccaccatatgcctaaccttggagttaccattatttacagCTACAACTCAAGTGAAGTGAACAATGGTGCTGATAAGTTGGCAGAGCAGCGCACGCAGCTTCTAGAATCTAGAAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G120115_T02 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGAGAAGCTGCATATGCACCTTTTATTACTCAAGCGGGCCTGCCACAGAG CTACAACTCAAGTGAAGTGAACAATGGTGCTGATAAGTTGGCAGAGCAGCGEST: gi|76290013|gb|DV029581.1|DV029581
genomic: AGAGAAGCTGCATATGCACCTTTTATTACTCAAGCGGGCCTGCCACAGAGgtaatttgct ... ttatttacagCTACAACTCAAGTGAAGTGAACAATGGTGCTGATAAGTTGGCAGAGCAGCG
EST: AGAGAAGCTGCATATGCACCTTTTATTACTCAAGCGGGCCTGCCACAGAG CTACAACTCAAGTGAAGTGAACAATGGTGCTGATAAGTTGGCAGAGCAGCGEST: gi|60394595|gb|DN227465.1|DN227465
genomic: AGAGAAGCTGCATATGCACCTTTTATTACTCAAGCGGGCCTGCCACAGAGgtaatttgct ... ttatttacagCTACAACTCAAGTGAAGTGAACAATGGTGCTGATAAGTTGGCAGAGCAGCG
EST: AGAGAAGCTGCATATGCACCTTTTATTACTCAAGCGGGCCTGCCACAGAG CTACAACTCAAGTGAAGTGAACAATGGTGCTGATAAGTTGGCAGAGCAGCGEST: gi|18660756|gb|BM501031.1|BM501031
genomic: AGAGAAGCTGCATATGCACCTTTTATTACTCAAGCGGGCCTGCCACAGAGgtaatttgct ... ttatttacagCTACAACTCAAGTGAAGTGAACAATGGTGCTGATAAGTTGGCAGAGCAGCG
EST: AGAGAAGCTGCATATGCACCTTTTATTACTCAAGCGGGCCTGCCACAGAG CTACAACTCAAGTGAAGTGAACAATGGTGCTGATAAGTTGGCAGAGCAGCGEST: gi|37392993|gb|CF633751.1|CF633751
genomic: AGAGAAGCTGCATATGCACCTTTTATTACTCAAGCGGGCCTGCCACAGAGgtaatttgct ... ttatttacagCTACAACTCAAGTGAAGTGAACAATGGTGCTGATAAGTTGGCAGAGCAGCG
EST: AGAGAAGCTGCATATGCACCTTTTATTACTCAAGCGGGCCTGCCACAGAG CTACAACTCAAGTGAAGTGAACAATGGTGCTGATAAGTTGGCAGAGCAGCG
genomic: AGAGAAGCTGCATATGCACCTTTTATTACTCAAGCGGGCCTGCCACAGAGgtaatttgct ... ttatttacagCTACAACTCAAGTGAAGTGAACAATGGTGCTGATAAGTTGGCAGAGCAGCG
aaattattaagtctcgccaccatatgcctaaccttggagttaccattatttacagCTACAACTCAAGTGAAGTGAACAATGGTGCTGATAAGTTGGCAGAGCAGCGCACGCAGCTTCTAGAATCTAGAAG
attatttaca TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| cttctcacttccctcgttttaattctgttaatactaatgttactaaaattattaagtctcgccaccatatgcctaaccttggagttaccattatttacagCTACAACTCAAGTGAAGTGAACAATGGTGCTGATAAGTTGGCAGAGCAGCGCACGCAGCTTCTAGAATCTAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - ttctgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgttact
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catatgc