1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' |
...ttgcttcttactaccttttttccaagtttcaaatatgctccttattaacagggatacattactgcctgtaattaaaacttctatgtttctgtgatgttagCCACAAGGCGGGTGTATACAAGGGATTACTATGATGTGCTTGGAGTAAGCAAGGATGCTTCTGCACCGGATATAAAGAAGGCATATTATGCG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G118316_T01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GAGGGAGCGGCGGAGCCCGGGCTGGTGGTGTCCGAGCAGGTCGTTTCATG CCACAAGGCGGGTGTATACAAGGGATTACTATGATGTGCTTGGAGTAAGCAEST: gi|74237423|gb|DT645337.1|DT645337
genomic: GAGGGAGCGGCGGAGCCCGGGCTGGTGGTGTCCGAGCAGGTCGTTTCATGgttagtactt ... gtgatgttagCCACAAGGCGGGTGTATACAAGGGATTACTATGATGTGCTTGGAGTAAGCA
EST: GAGGGAGCGGCGGAGCCCGGGCTGGTGGTGTCCGAGCAGGTCGTTTCATG CCACAAGGCGGGTGTATACAAGGGATTACTATGATGTGCTTGGAGTAAGCAEST: gi|149101262|gb|EE187374.2|EE187374
genomic: GAGGGAGCGGCGGAGCCCGGGCTGGTGGTGTCCGAGCAGGTCGTTTCATGgttagtactt ... gtgatgttagCCACAAGGCGGGTGTATACAAGGGATTACTATGATGTGCTTGGAGTAAGCA
EST: GAGGGAGCGGCGGAGCCCGGGCTGGTGGTGTCCGAGCAGGTCGTTTCATG CCACAAGGCGGGTGTATACAAGGGATTACTATGATGTGCTTGGAGTAAGCAEST: gi|78088193|gb|DV516586.1|DV516586
genomic: GAGGGAGCGGCGGAGCCCGGGCTGGTGGTGTCCGAGCAGGTCGTTTCATGgttagtactt ... gtgatgttagCCACAAGGCGGGTGTATACAAGGGATTACTATGATGTGCTTGGAGTAAGCA
EST: GAGGGAGCGGCGGAGCCCGGGCTGGTGGTGTCCGAGCAGGTCGTTTCATG CCACAAGGCGGGTGTATACAAGGGATTACTATGATGTGCTTGGAGTAAGCAEST: gi|93017256|gb|EB642776.1|EB642776
genomic: GAGGGAGCGGCGGAGCCCGGGCTGGTGGTGTCCGAGCAGGTCGTTTCATGgttagtactt ... gtgatgttagCCACAAGGCGGGTGTATACAAGGGATTACTATGATGTGCTTGGAGTAAGCA
EST: GAGGGAGCGGCGGAGCCCGGGCTGGTGGTGTCCGAGCAGGTCGTTTCATG CCACAAGGCGGGTGTATACAAGGGATTACTATGATGTGCTTGGAGTAAGCAEST: gi|211523404|gb|FL361945.1|FL361945
genomic: GAGGGAGCGGCGGAGCCCGGGCTGGTGGTGTCCGAGCAGGTCGTTTCATGgttagtactt ... gtgatgttagCCACAAGGCGGGTGTATACAAGGGATTACTATGATGTGCTTGGAGTAAGCA
EST: GAGGGAGCGGCGGAGCCCGTGCTGGTGGTGTCCGAGCAGGTCGTTTCATG CCACAAGGCAGGTGTATACAAGGGATTACTATGATGTGCTTGGAGTAAGCAEST: gi|71757145|gb|DR955082.1|DR955082
genomic: GAGGGAGCGGCGGAGCCCGGGCTGGTGGTGTCCGAGCAGGTCGTTTCATGgttagtactt ... gtgatgttagCCACAAGGCGGGTGTATACAAGGGATTACTATGATGTGCTTGGAGTAAGCA
EST: GAGGGAGCGGCGGAGCCCGGGCTGGTGGTGTCCGAGCAGGTCGTTTCATG CCACAAGGCGGGTGTATACAAGGGATTACTATGATGTGCTTGGAGTAAGCAEST: gi|211149678|gb|FL347659.1|FL347659
genomic: GAGGGAGCGGCGGAGCCCGGGCTGGTGGTGTCCGAGCAGGTCGTTTCATGgttagtactt ... gtgatgttagCCACAAGGCGGGTGTATACAAGGGATTACTATGATGTGCTTGGAGTAAGCA
EST: GAGGGAGCGGCGGAGCCCGGGCTGGTGGTGTCCGAGCAGGTCGTTTCATG CCACAAGGCGGGTGTATACAAGGGATTACTATGATGTGCTTGGAGTAAGCAEST: gi|71771526|gb|DR969463.1|DR969463
genomic: GAGGGAGCGGCGGAGCCCGGGCTGGTGGTGTCCGAGCAGGTCGTTTCATGgttagtactt ... gtgatgttagCCACAAGGCGGGTGTATACAAGGGATTACTATGATGTGCTTGGAGTAAGCA
EST: GAGGGAGCGGCGGAGCCCGGGCTGGTGGTGTCCGAGCAGGTCGTTTCATG CCACAAGGCGGGTGTATACAAGGGATTACTATGATGTGCTTGGAGTAAGCAEST: gi|211401713|gb|FL219582.1|FL219582
genomic: GAGGGAGCGGCGGAGCCCGGGCTGGTGGTGTCCGAGCAGGTCGTTTCATGgttagtactt ... gtgatgttagCCACAAGGCGGGTGTATACAAGGGATTACTATGATGTGCTTGGAGTAAGCA
EST: GAGGGAGCGGCGGAGCCCGGGCTGGTGGTGTCCGAGCAGGTCGTTTCATG CCACAAGGCGGGTGTATACAAGGGATTACTATGATGTGCTTGGAGTAAGCAEST: gi|71427931|gb|DR808981.1|DR808981
genomic: GAGGGAGCGGCGGAGCCCGGGCTGGTGGTGTCCGAGCAGGTCGTTTCATGgttagtactt ... gtgatgttagCCACAAGGCGGGTGTATACAAGGGATTACTATGATGTGCTTGGAGTAAGCA
EST: GAGGGAGCGGCGGAGCCCGGGCTGGTGGTGTCCGAGCAGGTCGTTTCATG CCACAAGGCGGGTGTATACAAGGGATTACTATGATGTGCTTGGAGTAAGCAEST: gi|91049687|gb|EB160105.1|EB160105
genomic: GAGGGAGCGGCGGAGCCCGGGCTGGTGGTGTCCGAGCAGGTCGTTTCATGgttagtactt ... gtgatgttagCCACAAGGCGGGTGTATACAAGGGATTACTATGATGTGCTTGGAGTAAGCA
EST: GAGGGAGCGGCGGAGCCCGGGCTGGTGGTGTCCGAGCAGGTCGTTTCATG CCACAAGGCGGGTGTATACAAGGGATTACTATGATGTGCTTGGAGTAAGCAEST: gi|211401714|gb|FL219583.1|FL219583
genomic: GAGGGAGCGGCGGAGCCCGGGCTGGTGGTGTCCGAGCAGGTCGTTTCATGgttagtactt ... gtgatgttagCCACAAGGCGGGTGTATACAAGGGATTACTATGATGTGCTTGGAGTAAGCA
EST: GAGGGAGCGGCGGAGCCCGGGCTGGTGGTGTCCGAGCAGGTCGTTTCATG CCACAAGGCGGGTGTATACAAGGGATTACTATGATGTGCTTGGAGTAAGCAEST: gi|91049823|gb|EB160241.1|EB160241
genomic: GAGGGAGCGGCGGAGCCCGGGCTGGTGGTGTCCGAGCAGGTCGTTTCATGgttagtactt ... gtgatgttagCCACAAGGCGGGTGTATACAAGGGATTACTATGATGTGCTTGGAGTAAGCA
EST: GAGGGAGCGGCGGAGCCCGGGCTGGTGGTGTCCGAGCAGGTCGTTTCATG CCACAAGGCGGGTGTATACAAGGGATTACTATGATGTGCTTGGAGTAAGCAEST: gi|71769072|gb|DR967009.1|DR967009
genomic: GAGGGAGCGGCGGAGCCCGGGCTGGTGGTGTCCGAGCAGGTCGTTTCATGgttagtactt ... gtgatgttagCCACAAGGCGGGTGTATACAAGGGATTACTATGATGTGCTTGGAGTAAGCA
EST: GAGGGAGCGGCGGAGCCCGGGCTGGTGGTGTCCGAGCAGGTCGTTTCATG CCACAAGGCGGGTGTATACAAGGGATTACTATGATGTGCTTGGAGTAAGCA
genomic: GAGGGAGCGGCGGAGCCCGGGCTGGTGGTGTCCGAGCAGGTCGTTTCATGgttagtactt ... gtgatgttagCCACAAGGCGGGTGTATACAAGGGATTACTATGATGTGCTTGGAGTAAGCA
taacagggatacattactgcctgtaattaaaacttctatgtttctgtgatgttagCCACAAGGCGGGTGTATACAAGGGATTACTATGATGTGCTTGGAGTAAGCAAGGATGCTTCTGCACCGGATATAAAGAAGGCATATTATGCG
tattaac putative branch site (score: 156)
tttctgt putative PPT
taattaaaacttctat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttgcttcttactaccttttttccaagtttcaaatatgctccttattaacagggatacattactgcctgtaattaaaacttctatgtttctgtgatgttagCCACAAGGCGGGTGTATACAAGGGATTACTATGATGTGCTTGGAGTAAGCAAGGATGCTTCTGCACCGGATATAAAGAAGGCATATTATGCG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
-tgcttct
- - - - - - - - - - - - - - - - - -tgctcct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tactgcc