Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gacttatttgttattagtttgccttttttactatttatactacagtgtaccataattgtgtttttgttaatttattgttaaaaggactttctattatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATTCACACCGACGTGACAAAGTACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G117507_T01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G117507_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os05g23860.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
---gacttatttgttattagtttgccttttttactatttatactacagtgtaccataattgtgtttttgttaatttattgttaaaaggactttctattatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATTCACACCGACGTGACAAAGTACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCA
   |  |  ||| |||  ||   ||      ||   ||  |     ||||||   |  |||  |  || |  |    || |         ||| | |   |||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||
gttggatggtttattacaagc--gctaccactatggttccttgagtagtgtattgttgttgcatgattatctaaa-gttctctctttttttttatctcggcagTTTATGATGGCAAATGGGACACTGGTTAGGACCCTCATTCACACTGATGTGACAAAGTATTTGTCATTCAAAGCTGTCGATGGAAGCTATGTCTTCAGCA

upper sequence: GRMZM2G117507_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os05g34540.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
----gacttatttgttattagtttgccttttttactatttatactaca-gtgtaccataattgtgtt-tttgttaatttattgttaaaaggactttc-tattatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATTCACACCGACGTGACAAAGTACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCA
    |  |  ||| |||  |||          ||||| |   ||| || |  || |||| |  ||||  |||||  || ||| |  ||||  ||||  | |   |||||||||||||||||||| ||||||||  | ||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||
gggtggatggtttattacaagtgga-------tactactatgactccatgaataacatactgatgttgcttgttgcttgattatctaaagttcttttgtttgggcagTTTATGATGGCAAATGGCACATTGGTAAGGACCCTGATTCACACTGATGTGACAAAGTATTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTACGTCTTCAGCA

upper sequence: GRMZM2G117507_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: EFJ11673 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 3
gacttatttgttattagtttgccttttttactatttatactacagtgtaccataattgtgtttttgttaatttattgttaaaaggactttctattatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATTCACACCGACGTGACAAAGTACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCA
                                 |||  |      ||   |   |  |  ||| | | | |       |        ||| | ||  ||||| |||||||| || |||    | || |||   |||||||||||||| ||||| ||||||||| | |||||||| || ||||| |||| ||| |  | ||
--------------------------------gtttggatccacttgactcgctaaag-atttctctcactccccgcattctttctttttttttttgcagTTCATGATGGCTAACGGGCAGCTCGTCCGAGTTCTCATTCACACCGATGTGACCAAGTACTTGGCTTTCAAAGCCGTAGATGGAAGCTTTGTGTATACCA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211472425|gb|FL096495.1|FL096495
EST:     CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAG                         TTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACCGACGTG
genomic: CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacacc ... ctattatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATTCACACCGACGTG
EST: gi|211472428|gb|FL096498.1|FL096498
EST:     CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAG                         TTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACCGACGTG
genomic: CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacacc ... ctattatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATTCACACCGACGTG
EST: gi|33101206|gb|CF061166.1|CF061166
EST:     CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAG                         TTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATTCACACCGACGTG
genomic: CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacacc ... ctattatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATTCACACCGACGTG
EST: gi|15590140|gb|BI674756.1|BI674756
EST:     CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAG                         TTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATTCACACCGACGTG
genomic: CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacacc ... ctattatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATTCACACCGACGTG
EST: gi|211474937|gb|FL096500.1|FL096500
EST:     CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAG                         TTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATTCACACCGACGTG
genomic: CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacacc ... ctattatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATTCACACCGACGTG
EST: gi|211474947|gb|FL096510.1|FL096510
EST:     CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAG                         TTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACCGACGTG
genomic: CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacacc ... ctattatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATTCACACCGACGTG
EST: gi|23357699|gb|BU645348.1|BU645348
EST:     CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGG-GCCAAAG                         TTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATTCACACCGACGTG
genomic: CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacacc ... ctattatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATTCACACCGACGTG
EST: gi|211474946|gb|FL096509.1|FL096509
EST:     CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAG                         TTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACCGACGTG
genomic: CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacacc ... ctattatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATTCACACCGACGTG
EST: gi|60396978|gb|DN229797.1|DN229797
EST:     CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAG                         TTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATTCACACCGACGTG
genomic: CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacacc ... ctattatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATTCACACCGACGTG
EST: gi|29544525|gb|CB604905.1|CB604905
EST:     CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGATACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAG                         TTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATTCACACCGACGTG
genomic: CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacacc ... ctattatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATTCACACCGACGTG
EST: gi|211472424|gb|FL096494.1|FL096494
EST:     CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAG                         TTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACCGACGTG
genomic: CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacacc ... ctattatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATTCACACCGACGTG
EST: gi|211472420|gb|FL096490.1|FL096490
EST:     CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAG                         TTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACCGACGTG
genomic: CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacacc ... ctattatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATTCACACCGACGTG
EST: gi|31351669|gb|CD436026.1|CD436026
EST:     CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAG                         TTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATTCACACCGACGTG
genomic: CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacacc ... ctattatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATTCACACCGACGTG
EST: gi|33101002|gb|CF060962.1|CF060962
EST:     CAGCACATCTAGGTACAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAG                         TTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATTCACACCGACGTG
genomic: CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacacc ... ctattatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATTCACACCGACGTG
EST: gi|211474939|gb|FL096502.1|FL096502
EST:     CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAG                         TTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATTCACACCGACGTG
genomic: CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacacc ... ctattatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATTCACACCGACGTG
EST: gi|211474948|gb|FL096511.1|FL096511
EST:     CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAG                         TTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACCGACGTG
genomic: CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacacc ... ctattatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATTCACACCGACGTG
EST: gi|211474938|gb|FL096501.1|FL096501
EST:     CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGBTGCCAAAG                         TTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCTAACCCTCATTCACACCGACGTG
genomic: CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacacc ... ctattatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATTCACACCGACGTG
EST: gi|211474941|gb|FL096504.1|FL096504
EST:     CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAG                         TTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATTCACACCGACGTG
genomic: CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacacc ... ctattatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATTCACACCGACGTG
EST: gi|31360108|gb|CD444465.1|CD444465
EST:     CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAG                         TTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATTCACACCGACGTG
genomic: CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacacc ... ctattatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATTCACACCGACGTG
EST: gi|211472423|gb|FL096493.1|FL096493
EST:     CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAG                         TTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACCGACGTG
genomic: CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacacc ... ctattatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATTCACACCGACGTG
EST: gi|211472427|gb|FL096497.1|FL096497
EST:     CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAG                         TTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATTCACACCGACGTG
genomic: CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacacc ... ctattatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATTCACACCGACGTG
EST: gi|211472426|gb|FL096496.1|FL096496
EST:     CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAG                         TTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATTCACACCGACGTG
genomic: CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacacc ... ctattatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATTCACACCGACGTG
EST: gi|211474943|gb|FL096506.1|FL096506
EST:     CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAG                         TTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATTCACACCGACGTG
genomic: CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacacc ... ctattatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATTCACACCGACGTG
EST: gi|211472429|gb|FL096499.1|FL096499
EST:     CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAG                         TTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACCGACGTG
genomic: CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacacc ... ctattatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATTCACACCGACGTG
EST: gi|24773930|gb|CA409184.1|CA409184
EST:     CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAG                         TTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACTGATGTG
genomic: CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacacc ... ctattatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATTCACACCGACGTG
EST: gi|29946002|gb|CB815929.1|CB815929
EST:     CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAG                         TTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATTCACACCGACGTG
genomic: CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacacc ... ctattatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATTCACACCGACGTG
EST: gi|26557597|gb|CA829832.1|CA829832
EST:     CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAG                         TTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATTCACACCGACGCG
genomic: CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacacc ... ctattatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATTCACACCGACGTG
EST: gi|211113229|gb|FL096514.1|FL096514
EST:     CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAG                         TTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACCGACGTG
genomic: CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacacc ... ctattatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATTCACACCGACGTG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 551

CTCTGGAAGAGGTTTAGAGGGGAAGACAAGCCCCCAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacacc ... ctattatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATTCACACCGACGTGACAAAGTACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCA


Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 849

CTCTGGAAGAGGTTTAGAGGGGAAGACAAGCCCCCAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacacc ... ctattatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATTCACACCGACGTGACAAAGTACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 709

CTCTGGAAGAGGTTTAGAGGGGAAGACAAGCCCCCAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacacc ... ctattatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATTCACACCGACGTGACAAAGTACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCA


Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 398

CTCTGGAAGAGGTTTAGAGGGGAAGACAAGCCCCCAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacacc ... ctattatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATTCACACCGACGTGACAAAGTACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCA




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtaccataattgtgtttttgttaatttattgttaaaaggactttctattatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATTCACACCGACGTGACAAAGTACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCA
                   tgttaat  putative branch site (score: 398)
                                         ctttctatt  putative PPT
      ataattgtgtttttgt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gacttatttgttattagtttgccttttttactatttatactacagtgtaccataattgtgtttttgttaatttattgttaaaaggactttctattatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATTCACACCGACGTGACAAAGTACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - -tgccttt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtacca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaaaggac