Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaggttaaagttttgctgactactgattataaaatagtgacagttatgaactatctataattgtaaattagctttggttgtttggatttgctttatcgtgttttggcatgcagAGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G117388_T01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G117388_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os05g09550.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
gtaggttaaagttttgctgactactgattataaaatagtgacagt-tatgaactatctataatt-gtaaattagctttggttgtttggatttgctttatcgtgttttggcatgcagAGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTG
        |||| ||| |||  |   ||| |    |  ||| ||  |    | ||| || |||  ||||| | ||     ||| ||| ||    | |   |||||| ||||||||||||||| || || ||   ||| ||||||||||||||||| ||||| || || |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||  ||
------gtaagtcttgttgaa-atcaattgtgtgtt--tgaaagcatgcagagtat-tacaataagtaaacttgcagccattggttgaatcaattgt---gtgtttgggcatgcagAGCAAGATACGGCGTGCAGTTAGAAAAGGGTGCATTTGAAAAGCGCACAGCTGATTTCTTGTGGATGATGATATTTGGTGCCATATCACTGCTG

upper sequence: GRMZM2G117388_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA08G03630.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
gtaggttaaagttttgctgactactgattataaaatagtg---acagttatgaactatctataattgtaaatt-agctttggttgtttggatttgctttatcgtgttttggcatgcagAGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTG
                      | | |||  |  ||| ||    ||   |  | || |   |  ||| | ||| | |      | | |  |  ||  |||   | ||      | ||||| |||||||||||||    | || || ||  ||||||||   |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |  ||||||||
-------------------gtaagtaattcaaggataatgtatgcaacaacaatctctgctttcttgcatattgaacaagaagtttatataaatgaattaat-tcttaaattctacagAGTAAGGTATGGTGTCCAACTTGAGAAAGGACCATTTGATCGACGGACTGCTGATTTCTTGTGGATGATGATATTTGGTGCCTTTGCACTATTG

upper sequence: GRMZM2G117388_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA05G35990.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
gtaggttaaagttttgctgactactgattataaaatagtg---acagttatgaactatctataattgtaaattagctttggttgtttggatttgctttatcgtgttttggca-tgcagAGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTG
                      | | |||  |  ||| ||    ||  ||  | || | | |  ||| | ||||     |   | ||  ||    || ||  |  ||      | ||||| |||||||||||||    | || || ||  |||||||    |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |  ||||||||
-------------------gtaagtaattcaaggataatgtatgcaactacaatctctgttttcttgcatattaaacaagaa-gcttatataaa-ttaataattcttaaattctacagAGTAAGGTATGGTGTCCAACTTGAGAAAGGACCATTTGACCGACGGACTGCTGATTTCTTGTGGATGATGATATTTGGTGCCTTTGCACTATTG

upper sequence: GRMZM2G117388_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv04s0008g00510.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
----------------------------------------------------------gtagg---ttaaagttttgctgactactgattataaaatagt--gacagttatgaactatctataattgtaaattagctttggt-tgtttggatttgctttatcgtgttttggcatgcagAGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTG
                                                          | |     ||   | ||| |     |||  |    |  | ||  |  |    ||||  ||   |   || ||  || ||||    ||  |  |  | ||  |  ||  | | |  | |||||| || ||||| |||  | |||| ||||| | |||||| | ||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| ||  |  || |  ||
gtaagtgtaactgtgtaaatcccagaagcttctcttgagttcaccctgaagtctgtgtgcacacttttgtggatttccatgtaacttgtctagagtttgtaggggaaccttgaaaaattgcttcatggaacctacctttaccctgcatttacatactgcaaagttatattgt-tacagAGCCAGATATGGGGTCCAGCTGGAGAAGGGAGTATTTGAAAGGCGCACGGCAGATTTCTTGTGGATGATGATATTTGGAGCTCTGACATTGCTG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211267826|gb|FL116414.1|FL116414
EST:     TTTTTCCTGGCACCATTTTYCATGANATTTGGTATTCGCCTTCTGATGAT                         AGCNAGGTATGGTGTCATGTTGGATAATGGTGCAT
genomic: TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGATgtaggttaaa ... tggcatgcagAGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCAT
EST: gi|211262952|gb|FL116383.1|FL116383
EST:     TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGAT                         AGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
genomic: TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGATgtaggttaaa ... tggcatgcagAGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
EST: gi|60672357|gb|DN475118.1|DN475118
EST:     TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGAT                         AGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
genomic: TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGATgtaggttaaa ... tggcatgcagAGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
EST: gi|32945665|gb|CF050484.1|CF050484
EST:     TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGAT                         AGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
genomic: TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGATgtaggttaaa ... tggcatgcagAGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
EST: gi|24934294|gb|CA452512.1|CA452512
EST:     TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGAT                         AGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
genomic: TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGATgtaggttaaa ... tggcatgcagAGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
EST: gi|211262954|gb|FL116385.1|FL116385
EST:     TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGAT                         AGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
genomic: TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGATgtaggttaaa ... tggcatgcagAGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
EST: gi|211265392|gb|FL116398.1|FL116398
EST:     TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGAT                         AGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
genomic: TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGATgtaggttaaa ... tggcatgcagAGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
EST: gi|33102075|gb|CF062035.1|CF062035
EST:     TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGAT                         AGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
genomic: TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGATgtaggttaaa ... tggcatgcagAGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
EST: gi|211028976|gb|FL127255.1|FL127255
EST:     TTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAAMTTTGGTATTCGCCTTCTGATGAT                         AGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTCTGATAAGCGGACTG
genomic: TTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAA-TTTGGTATTCGCCTTCTGATGATgtaggttaaa ... tggcatgcagAGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATT-TGATAAGCGGACTG
EST: gi|211028975|gb|FL127254.1|FL127254
EST:     TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGAT                         AGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
genomic: TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGATgtaggttaaa ... tggcatgcagAGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
EST: gi|211028980|gb|FL127259.1|FL127259
EST:     TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGAT                         AGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
genomic: TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGATgtaggttaaa ... tggcatgcagAGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
EST: gi|211267823|gb|FL116411.1|FL116411
EST:     TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGAT                         AGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
genomic: TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGATgtaggttaaa ... tggcatgcagAGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
EST: gi|67040755|gb|CO467010.1|CO467010
EST:     TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATT--CCTTCTGATGAT                         AGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
genomic: TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGATgtaggttaaa ... tggcatgcagAGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
EST: gi|211262955|gb|FL116386.1|FL116386
EST:     TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGAT                         AGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
genomic: TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGATgtaggttaaa ... tggcatgcagAGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
EST: gi|211265395|gb|FL116401.1|FL116401
EST:     TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGAT                         AGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
genomic: TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGATgtaggttaaa ... tggcatgcagAGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
EST: gi|211267821|gb|FL116409.1|FL116409
EST:     TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGAT                         AGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
genomic: TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGATgtaggttaaa ... tggcatgcagAGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
EST: gi|211265387|gb|FL116393.1|FL116393
EST:     TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGAT                         AGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
genomic: TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGATgtaggttaaa ... tggcatgcagAGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
EST: gi|211267816|gb|FL116404.1|FL116404
EST:     TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGAT                         AGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
genomic: TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGATgtaggttaaa ... tggcatgcagAGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
EST: gi|211267827|gb|FL116415.1|FL116415
EST:     TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGAT                         AGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
genomic: TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGATgtaggttaaa ... tggcatgcagAGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
EST: gi|211028978|gb|FL127257.1|FL127257
EST:     TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGAT                         AGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
genomic: TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGATgtaggttaaa ... tggcatgcagAGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
EST: gi|211267822|gb|FL116410.1|FL116410
EST:     TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGAT                         AGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
genomic: TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGATgtaggttaaa ... tggcatgcagAGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
EST: gi|32932771|gb|CF037583.1|CF037583
EST:     TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGAT                         AGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
genomic: TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGATgtaggttaaa ... tggcatgcagAGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
EST: gi|211265385|gb|FL116391.1|FL116391
EST:     TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGAT                         AGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
genomic: TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGATgtaggttaaa ... tggcatgcagAGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
EST: gi|211262956|gb|FL116387.1|FL116387
EST:     TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGAT                         AGCAAGGTAKGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
genomic: TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGATgtaggttaaa ... tggcatgcagAGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
EST: gi|71767312|gb|DR965249.1|DR965249
EST:     TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGAT                         AGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
genomic: TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGATgtaggttaaa ... tggcatgcagAGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
EST: gi|211267820|gb|FL116408.1|FL116408
EST:     TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGAT                         AGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
genomic: TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGATgtaggttaaa ... tggcatgcagAGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
EST: gi|211267828|gb|FL116416.1|FL116416
EST:     TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGAT                         AGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
genomic: TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGATgtaggttaaa ... tggcatgcagAGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
EST: gi|211028983|gb|FL127262.1|FL127262
EST:     TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGAT                         AGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
genomic: TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGATgtaggttaaa ... tggcatgcagAGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
EST: gi|211028979|gb|FL127258.1|FL127258
EST:     TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGAT                         AGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
genomic: TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGATgtaggttaaa ... tggcatgcagAGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
EST: gi|93012514|gb|EB638034.1|EB638034
EST:     TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGAT                         AGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
genomic: TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGATgtaggttaaa ... tggcatgcagAGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
EST: gi|67029845|gb|CO458594.1|CO458594
EST:     TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGAT                         AGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
genomic: TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGATgtaggttaaa ... tggcatgcagAGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
EST: gi|211265390|gb|FL116396.1|FL116396
EST:     TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGAT                         AGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
genomic: TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGATgtaggttaaa ... tggcatgcagAGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
EST: gi|211267824|gb|FL116412.1|FL116412
EST:     TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGAT                         AGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
genomic: TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGATgtaggttaaa ... tggcatgcagAGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
EST: gi|211028981|gb|FL127260.1|FL127260
EST:     TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGAT                         AGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
genomic: TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGATgtaggttaaa ... tggcatgcagAGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
EST: gi|67018558|gb|CO447307.1|CO447307
EST:     TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGAT                         AGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
genomic: TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGATgtaggttaaa ... tggcatgcagAGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
EST: gi|71438420|gb|DR819470.1|DR819470
EST:     TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGAT                         AGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
genomic: TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGATgtaggttaaa ... tggcatgcagAGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
EST: gi|211265388|gb|FL116394.1|FL116394
EST:     TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGAT                         AGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
genomic: TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGATgtaggttaaa ... tggcatgcagAGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
EST: gi|211267829|gb|FL116417.1|FL116417
EST:     TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGAT                         AGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
genomic: TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGATgtaggttaaa ... tggcatgcagAGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
EST: gi|211265396|gb|FL116402.1|FL116402
EST:     TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGAT                         AGCAAGGTATGGTGTCCTGTT
genomic: TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGATgtaggttaaa ... tggcatgcagAGCAAGGTATGGTGTCATGTT
EST: gi|211028977|gb|FL127256.1|FL127256
EST:     TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGAT                         AGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
genomic: TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGATgtaggttaaa ... tggcatgcagAGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
EST: gi|211265394|gb|FL116400.1|FL116400
EST:     TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGAT                         AGCAAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTG
genomic: TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGATgtaggttaaa ... tggcatgcagAGCAA-GGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTG
EST: gi|93015533|gb|EB641053.1|EB641053
EST:     TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGAT                         AGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
genomic: TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGATgtaggttaaa ... tggcatgcagAGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
EST: gi|211265384|gb|FL116390.1|FL116390
EST:     TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGAT                         AGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
genomic: TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGATgtaggttaaa ... tggcatgcagAGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
EST: gi|211267819|gb|FL116407.1|FL116407
EST:     TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGAT                         AGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
genomic: TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGATgtaggttaaa ... tggcatgcagAGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
EST: gi|211262950|gb|FL116381.1|FL116381
EST:     TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGAT                         AGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
genomic: TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGATgtaggttaaa ... tggcatgcagAGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
EST: gi|71438460|gb|DR819510.1|DR819510
EST:     TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGAT                         AGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
genomic: TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGATgtaggttaaa ... tggcatgcagAGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
EST: gi|211265393|gb|FL116399.1|FL116399
EST:     TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGAT                         AGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
genomic: TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGATgtaggttaaa ... tggcatgcagAGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
EST: gi|211265386|gb|FL116392.1|FL116392
EST:     TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGAT                         AGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
genomic: TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGATgtaggttaaa ... tggcatgcagAGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
EST: gi|211267825|gb|FL116413.1|FL116413
EST:     TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGAT                         AGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
genomic: TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGATgtaggttaaa ... tggcatgcagAGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
EST: gi|211265383|gb|FL116389.1|FL116389
EST:     TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGAT                         AGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
genomic: TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGATgtaggttaaa ... tggcatgcagAGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
EST: gi|21389975|gb|BQ528024.1|BQ528024
EST:     TTTCTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGAT                         AGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGATATGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
genomic: TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGATgtaggttaaa ... tggcatgcagAGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
EST: gi|111145818|gb|EE257958.1|EE257958
EST:     TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGAT                         AGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC
genomic: TTTTTCCTGGCACCATTTTCCATGAAATTTGGTATTCGCCTTCTGATGATgtaggttaaa ... tggcatgcagAGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aattgtaaattagctttggttgtttggatttgctttatcgtgttttggcatgcagAGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTG
     taaatta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaggttaaagttttgctgactactgattataaaatagtgacagttatgaactatctataattgtaaattagctttggttgtttggatttgctttatcgtgttttggcatgcagAGCAAGGTATGGTGTCATGTTGGAAAAGGGTGCATTTGATAAGCGGACTGCAGATTTCTTATGGATGATGATATTTGGTGCCATCTCACTATTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAGAT