1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gccagtacaagcaataaatgaataacattttattttatccagttgattgataatcgcttagctcatctacttaatttgctcttgcagGCAGCAGCTATAATAACACTGTTGTTTATTATTGCACTCAATTTGGCTATTGGGATACTACCTCACGTTGACAACTTTGCTCACATTGGTGGATTCGCGA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G116514_T01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TACTCATGAACTGGACTATATACTCCAACAAG GCAGCAGCTATAATAACACTGTTGTTTATTATTGCACTCAATTTGGCTATTEST: gi|76286368|gb|DV025936.1|DV025936
genomic: TACTCATGAACTGGACTATATACTCCAACAAGgccagtacaa ... gctcttgcagGCAGCAGCTATAATAACACTGTTGTTTATTATTGCACTCAATTTGGCTATT
EST: GATCCATGCTTTCTGAACTACTCATGAACTGGACTATATACTCCAACAAG GCAGCAGCTATAATAACACTGTTGTTTATTATTGCACTCAATTTGGCTATTEST: gi|78075432|gb|DV503866.1|DV503866
genomic: GATCCATGCTTTCTGAACTACTCATGAACTGGACTATATACTCCAACAAGgccagtacaa ... gctcttgcagGCAGCAGCTATAATAACACTGTTGTTTATTATTGCACTCAATTTGGCTATT
EST: GATCCATGCTTTCTGAACTACTCATGAACTGGACTATATACTCCAACAAG GCAGCAGCTATAATAACACTGTTGTTTATTATTGCACTCAATTTGGCTATTEST: gi|32862952|gb|CF002634.1|CF002634
genomic: GATCCATGCTTTCTGAACTACTCATGAACTGGACTATATACTCCAACAAGgccagtacaa ... gctcttgcagGCAGCAGCTATAATAACACTGTTGTTTATTATTGCACTCAATTTGGCTATT
EST: GATCCATGCTTTCTGAACTACTCATGAACTGGACTATATACTCCAACAAG GCAGCAGCTATAATAACACTGTTGTTTATTATTGCACTCAA-TTGTCTATTEST: gi|67024823|gb|CO453572.1|CO453572
genomic: GATCCATGCTTTCTGAACTACTCATGAACTGGACTATATACTCCAACAAGgccagtacaa ... gctcttgcagGCAGCAGCTATAATAACACTGTTGTTTATTATTGCACTCAATTTGGCTATT
EST: GATCCATGCTTTCTGAACTACTTATGAACTGGACTATATACTCCAACAAG GCAGCAGCTATAATAACACTGTTGTTTATTATTGCACTCAATTTGGCTATTEST: gi|88749438|gb|DY533579.1|DY533579
genomic: GATCCATGCTTTCTGAACTACTCATGAACTGGACTATATACTCCAACAAGgccagtacaa ... gctcttgcagGCAGCAGCTATAATAACACTGTTGTTTATTATTGCACTCAATTTGGCTATT
EST: GATCCATGCTTTCTGAACTACTCATGAACTGGACTATATACTCCAACAAG GCAGCAGCTATAATAACACTGTTGTTTATTATTGCACTCAATTTGGCTATTEST: gi|148967077|gb|EE018244.2|EE018244
genomic: GATCCATGCTTTCTGAACTACTCATGAACTGGACTATATACTCCAACAAGgccagtacaa ... gctcttgcagGCAGCAGCTATAATAACACTGTTGTTTATTATTGCACTCAATTTGGCTATT
EST: GATCCATGCTTTCTGAACTACTCATGAACTGGACTATATACTCCAACAAG GCAGCAGCTATAATAACACTGTTGTTTATTATTGCACTCAATTTGGCTATTEST: gi|32795657|gb|CD947893.1|CD947893
genomic: GATCCATGCTTTCTGAACTACTCATGAACTGGACTATATACTCCAACAAGgccagtacaa ... gctcttgcagGCAGCAGCTATAATAACACTGTTGTTTATTATTGCACTCAATTTGGCTATT
EST: GATCCGTGC-TTCTGAACTACTCATGAACTGGACTATATACTCCAACAAG GCAGCAGCTATAATAACACTGTTGTTTATTATTGCACTCAATTTGGCTATTEST: gi|116821652|gb|EC864979.1|EC864979
genomic: GATCCATGCTTTCTGAACTACTCATGAACTGGACTATATACTCCAACAAGgccagtacaa ... gctcttgcagGCAGCAGCTATAATAACACTGTTGTTTATTATTGCACTCAATTTGGCTATT
EST: GATCCATGCTTTCTGAACTACTTATGAACTGGACTATATACTCCAACAAG GCATCAGCTATAATAACACTGTTGTTTATTATTGCACTCAATTTGGCTATTEST: gi|71319572|gb|DR796532.1|DR796532
genomic: GATCCATGCTTTCTGAACTACTCATGAACTGGACTATATACTCCAACAAGgccagtacaa ... gctcttgcagGCAGCAGCTATAATAACACTGTTGTTTATTATTGCACTCAATTTGGCTATT
EST: GATCCATGCTTTCTGACCTACTCATGAACTGGACTATATACTCCAACAAG GCAGCAGCTATAATAACACTGTTGTTTATTEST: gi|148967078|gb|EE018245.2|EE018245
genomic: GATCCATGCTTTCTGAACTACTCATGAACTGGACTATATACTCCAACAAGgccagtacaa ... gctcttgcagGCAGCAGCTATAATAACACTGTTGTTTATT
EST: GATCCATGCTTTCTGAACTACTCATGAACTGGACTATATACTCCAACAAG GCAGCAGCTATAATAACACTEST: gi|32915209|gb|CF020021.1|CF020021
genomic: GATCCATGCTTTCTGAACTACTCATGAACTGGACTATATACTCCAACAAGgccagtacaa ... gctcttgcagGCAGCAGCTATAATAACACT
EST: GATCCATGCTTTCTGAACTACTCATGAACTGGACTATATACTCCAACAAG GCAGCAGCTATAATAACACTGTTGTTTATTATTGCACTCAATTTGGCTATTEST: gi|78075433|gb|DV503867.1|DV503867
genomic: GATCCATGCTTTCTGAACTACTCATGAACTGGACTATATACTCCAACAAGgccagtacaa ... gctcttgcagGCAGCAGCTATAATAACACTGTTGTTTATTATTGCACTCAATTTGGCTATT
EST: GATCCATGCTTTCTGAACTACTCATGAACTGGACTATATACTCCAACAAG GCAGCAGCTATAATAACACTGTTGTTTATTATTGCACTCAATTTGGCTATTEST: gi|18180175|gb|BM381385.1|BM381385
genomic: GATCCATGCTTTCTGAACTACTCATGAACTGGACTATATACTCCAACAAGgccagtacaa ... gctcttgcagGCAGCAGCTATAATAACACTGTTGTTTATTATTGCACTCAATTTGGCTATT
EST: CTACTCATGAACTGGACTATATACTCCAACAAG GCAGCAGCTATAATAACACTGTTGTTTATTATTGCACTCAATTTGGCTATTEST: gi|148982101|gb|EE028150.2|EE028150
genomic: CTACTCATGAACTGGACTATATACTCCAACAAGgccagtacaa ... gctcttgcagGCAGCAGCTATAATAACACTGTTGTTTATTATTGCACTCAATTTGGCTATT
EST: GATCCATGCTTTCTGAACTACTCATGAACTGGACTATATACTCCAACAAG GCAGCAGCTATAATAACACTGTTGTTTATTATTGCACTCAATTTGGCTATTEST: gi|88748281|gb|DY532422.1|DY532422
genomic: GATCCATGCTTTCTGAACTACTCATGAACTGGACTATATACTCCAACAAGgccagtacaa ... gctcttgcagGCAGCAGCTATAATAACACTGTTGTTTATTATTGCACTCAATTTGGCTATT
EST: GATCCATGCTTTCTGAACTACTCATGAACTGGACTATATACTCCAACAAG GCAGCAGCTATAATAACACTGTTGTTTATTATTGCACTCAATTTGGCTATTEST: gi|71764175|gb|DR962112.1|DR962112
genomic: GATCCATGCTTTCTGAACTACTCATGAACTGGACTATATACTCCAACAAGgccagtacaa ... gctcttgcagGCAGCAGCTATAATAACACTGTTGTTTATTATTGCACTCAATTTGGCTATT
EST: GATCCATGCTTTTTGAACTACTCATGAACTGGACTATATACTCCAACAAG GCAGCAGCTATAATAACACTGTTGTTTATTATTGCACTCAATTTGGCTATTEST: gi|26558680|gb|CA830915.1|CA830915
genomic: GATCCATGCTTTCTGAACTACTCATGAACTGGACTATATACTCCAACAAGgccagtacaa ... gctcttgcagGCAGCAGCTATAATAACACTGTTGTTTATTATTGCACTCAATTTGGCTATT
EST: GATCCATGCTTTCTGAACTACTCATGAACTGGACTATATACTCCAACAAG GCAGCAGCTATAATAACACTGTTGTTTATTATTGCACTCAATTTGGCTATTEST: gi|76020120|gb|DT947290.1|DT947290
genomic: GATCCATGCTTTCTGAACTACTCATGAACTGGACTATATACTCCAACAAGgccagtacaa ... gctcttgcagGCAGCAGCTATAATAACACTGTTGTTTATTATTGCACTCAATTTGGCTATT
EST: GATCCATGCTTTCTGAACTACTCATGAACTGGACTATATACTCCAACAAG GCAGCAGCTATAATAACACTGTTGTTTATTATTGCACTCAATTTGGCTATTEST: gi|71309283|gb|DR790928.1|DR790928
genomic: GATCCATGCTTTCTGAACTACTCATGAACTGGACTATATACTCCAACAAGgccagtacaa ... gctcttgcagGCAGCAGCTATAATAACACTGTTGTTTATTATTGCACTCAATTTGGCTATT
EST: GATCCATGCTTTCTGAACTACTCATGAACTGGACTATATACTCCAACAAG GCAGCAGCTATAATAACACTGTTGTTTATTATTGCACTCAATTTGGCTATTEST: gi|88753239|gb|DY537380.1|DY537380
genomic: GATCCATGCTTTCTGAACTACTCATGAACTGGACTATATACTCCAACAAGgccagtacaa ... gctcttgcagGCAGCAGCTATAATAACACTGTTGTTTATTATTGCACTCAATTTGGCTATT
EST: GATCCATGCTTTCTGAACTACTCATGAACTGGACTATATACTCCAACAAG GCAGCAGCTATAATAACACTGTTGTTTATTATTGCACTCAATTTGGCTATTEST: gi|5006174|gb|AI712236.1|AI712236
genomic: GATCCATGCTTTCTGAACTACTCATGAACTGGACTATATACTCCAACAAGgccagtacaa ... gctcttgcagGCAGCAGCTATAATAACACTGTTGTTTATTATTGCACTCAATTTGGCTATT
EST: GATCCATGCTTTCTGAACTACTCATGAACTGGACTATATACTCCAACAAG GCAGCAGCTATAATAACACTGTTGTTTATTATTGCACTCAATTTGGCTATTEST: gi|101386350|gb|EB815194.1|EB815194
genomic: GATCCATGCTTTCTGAACTACTCATGAACTGGACTATATACTCCAACAAGgccagtacaa ... gctcttgcagGCAGCAGCTATAATAACACTGTTGTTTATTATTGCACTCAATTTGGCTATT
EST: TCATGAACTGGACTATATACTCCAACAAG GCAGCAGCTATAATAACACTGTTGTTTATTATTGCACTCAATTTGGCTATTEST: gi|71764176|gb|DR962113.1|DR962113
genomic: TCATGAACTGGACTATATACTCCAACAAGgccagtacaa ... gctcttgcagGCAGCAGCTATAATAACACTGTTGTTTATTATTGCACTCAATTTGGCTATT
EST: GATCCATGCTTTCTGAACTACTCATGAACTGGACTATATACTCCAACAAG GCAGCAGCTATAATAACACTGTTGTTTATTATTGCACTCAATTTGGCTATT
genomic: GATCCATGCTTTCTGAACTACTCATGAACTGGACTATATACTCCAACAAGgccagtacaa ... gctcttgcagGCAGCAGCTATAATAACACTGTTGTTTATTATTGCACTCAATTTGGCTATT
ttttatccagttgattgataatcgcttagctcatctacttaatttgctcttgcagGCAGCAGCTATAATAACACTGTTGTTTATTATTGCACTCAATTTGGCTATTGGGATACTACCTCACGTTGACAACTTTGCTCACATTGGTGGATTCGCGA
acttaat putative branch site (score: 716)
tttgctctt CT-rich tract
tacttaattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gccagtacaagcaataaatgaataacattttattttatccagttgattgataatcgcttagctcatctacttaatttgctcttgcagGCAGCAGCTATAATAACACTGTTGTTTATTATTGCACTCAATTTGGCTATTGGGATACTACCTCACGTTGACAACTTTGCTCACATTGGTGGATTCGCGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA