Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaggggacgtttcagcaccactgttaatctattaagttcctccagcgtgctgttatttaaattgtgcgccataatcctctttacagATCTTCACCAGTTCCTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G114172_T01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G114172_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os01g65450.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
gtaaggggacgtttcagcaccactgttaatctattaagttcctccagcgtgctgttatttaaattgtgcgccataatcctctttacagATCTTCACCAGTTCCTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG
||||||| |  |  || ||||||| |||   | ||       ||||  | ||||| ||    ||||   |||||| ||||||| |||||||| ||| |||||||| | ||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||
gtaagggcatctcccatcaccactatta---tgtt------ttccaatgagctgtcatgaggattg-atgccatattcctcttcacagATCTACACGAGTTCCTCTCTGCTGCATATTCAGAATATGATATCATGATATGGTCAGCAACTAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78106133|gb|DV524551.1|DV524551
EST:     TTGACCATAAGTCAACAGCTGAGAATCCTATGGAACTCATGCGCCCAT                         ATCTTCACCAGTTCCTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATAT
genomic: TTGACCATAAGTCAACAGCTGAGAATCCTATGGAACTCATGCGCCCATgtaaggggac ... ctctttacagATCTTCACCAGTTCCTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATAT
EST: gi|37401670|gb|CF638203.1|CF638203
EST:     GTTTGACCATAAGTCAACAGCTGAGTATCCTATGGAACTCATGCGCCCAT                         ATCTTCACCAGTTCCTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATAT
genomic: GTTTGACCATAAGTCAACAGCTGAGAATCCTATGGAACTCATGCGCCCATgtaaggggac ... ctctttacagATCTTCACCAGTTCCTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATAT
EST: gi|78113538|gb|DV531929.1|DV531929
EST:     GTTTGACCATAAGTCAACAGCTGAGAATCCTATGGGACTCATGCGCCCAT                         ATCTTCACCAGTTCCTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATAT
genomic: GTTTGACCATAAGTCAACAGCTGAGAATCCTATGGAACTCATGCGCCCATgtaaggggac ... ctctttacagATCTTCACCAGTTCCTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATAT
EST: gi|78180520|gb|DV551013.1|DV551013
EST:     GTTTGACCATAAGTCAACAGCTGAGAATCCTATGGAACTCATGCGCCCAT                         ATCTTCACCAGTTCCTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATAT
genomic: GTTTGACCATAAGTCAACAGCTGAGAATCCTATGGAACTCATGCGCCCATgtaaggggac ... ctctttacagATCTTCACCAGTTCCTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATAT
EST: gi|148958196|gb|EC904401.2|EC904401
EST:     TAAGTCAACAGCTGAGAATCCTATGGAACTCATGCGCCCAT                         ATCTTCACCAGTTCTTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATAT
genomic: TAAGTCAACAGCTGAGAATCCTATGGAACTCATGCGCCCATgtaaggggac ... ctctttacagATCTTCACCAGTTCCTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATAT
EST: gi|78090560|gb|DV518934.1|DV518934
EST:     GTTTGACCATAAGTCAACAGCTGAGAATCCTATGGAACTCATGCGCCCAT                         ATCTTCACCAGTTCCTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATAT
genomic: GTTTGACCATAAGTCAACAGCTGAGAATCCTATGGAACTCATGCGCCCATgtaaggggac ... ctctttacagATCTTCACCAGTTCCTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATAT
EST: gi|8551534|gb|BE128880.1|BE128880
EST:     ACCATAAGTCAACAGCTGAGAATCCTATGGAACTCATGCGCCCAT                         ATCTTCACCAGTTCCTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATAT
genomic: ACCATAAGTCAACAGCTGAGAATCCTATGGAACTCATGCGCCCATgtaaggggac ... ctctttacagATCTTCACCAGTTCCTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATAT
EST: gi|78113537|gb|DV531928.1|DV531928
EST:     TCATGCGCCCAT                         ATTTTCACCAGTTCCTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATAT
genomic: TCATGCGCCCATgtaaggggac ... ctctttacagATCTTCACCAGTTCCTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATAT
EST: gi|76021043|gb|DT948213.1|DT948213
EST:     GTTTGACCATAAGTCAACAGCTGAGAATCCTATGGAACTCATGCGCCCAT                         ATCTTCACCAGTTCTTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATAT
genomic: GTTTGACCATAAGTCAACAGCTGAGAATCCTATGGAACTCATGCGCCCATgtaaggggac ... ctctttacagATCTTCACCAGTTCCTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATAT
EST: gi|78106134|gb|DV524552.1|DV524552
EST:     GTTTGACCATAAGTCAACAGCTGAGAATCCTATGGAACTCATGCGCCCAT                         ATCTTCACCAGTTCCTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATAT
genomic: GTTTGACCATAAGTCAACAGCTGAGAATCCTATGGAACTCATGCGCCCATgtaaggggac ... ctctttacagATCTTCACCAGTTCCTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATAT
EST: gi|78543692|gb|DV621190.1|DV621190
EST:     GTTTGACCATAAGTCAACAGCTGAGAATCCTATGGAACTCATGCGCCCAT                         ATCTTCACCAGTTCCTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATAT
genomic: GTTTGACCATAAGTCAACAGCTGAGAATCCTATGGAACTCATGCGCCCATgtaaggggac ... ctctttacagATCTTCACCAGTTCCTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATAT
EST: gi|9743097|gb|BE519245.1|BE519245
EST:     GTTTGACCATAAGTCAACAGCTGAGAATCCTATGGAACTCATGCGCCCAT                         ATCTTCACCAGTTCCTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATAT
genomic: GTTTGACCATAAGTCAACAGCTGAGAATCCTATGGAACTCATGCGCCCATgtaaggggac ... ctctttacagATCTTCACCAGTTCCTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATAT
EST: gi|110957655|gb|EE177707.1|EE177707
EST:     GTTTGACCATAAGTCAACAGCTGAGAATCCTATGGAACTCATGCGCCCAT                         ATCTTCACCAGTTCCTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATAT
genomic: GTTTGACCATAAGTCAACAGCTGAGAATCCTATGGAACTCATGCGCCCATgtaaggggac ... ctctttacagATCTTCACCAGTTCCTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATAT
EST: gi|60351760|gb|DN218733.1|DN218733
EST:     GTTTGACCATAAGTCAACAGCTGAGAATCCTATGGAACTCATGCGCCCAT                         ATCTTCACCAGTTCCTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATAT
genomic: GTTTGACCATAAGTCAACAGCTGAGAATCCTATGGAACTCATGCGCCCATgtaaggggac ... ctctttacagATCTTCACCAGTTCCTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATAT
EST: gi|78090561|gb|DV518935.1|DV518935
EST:     GTTTGACCATAAGTCAACAGCTGAGAATCCTATGGAACTCATGCGCCCAT                         ATCTTCACCAGTTCCTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATAT
genomic: GTTTGACCATAAGTCAACAGCTGAGAATCCTATGGAACTCATGCGCCCATgtaaggggac ... ctctttacagATCTTCACCAGTTCCTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATAT
EST: gi|78103926|gb|DV522344.1|DV522344
EST:     GTTTGACCATAAGTCAACAGCTGAGAATCCTATGGAACTCATGCGCCCAT                         ATCTTCACCAGTTCCTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATAT
genomic: GTTTGACCATAAGTCAACAGCTGAGAATCCTATGGAACTCATGCGCCCATgtaaggggac ... ctctttacagATCTTCACCAGTTCCTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATAT
EST: gi|12058284|gb|BF733104.1|BF733104
EST:     GTTTGACCATAAGTCAACAGCTGAGAATCCTATGGAACTCATGCGCCCAT                         ATCTTCACCAGTTCCTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATAT
genomic: GTTTGACCATAAGTCAACAGCTGAGAATCCTATGGAACTCATGCGCCCATgtaaggggac ... ctctttacagATCTTCACCAGTTCCTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATAT
EST: gi|76021044|gb|DT948214.1|DT948214
EST:     GTTTGACCATAAGTCAACAGCTGAGAATCCTATGGAACTCATGCGCCCAT                         ATCTTCACCAGTTCCTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATAT
genomic: GTTTGACCATAAGTCAACAGCTGAGAATCCTATGGAACTCATGCGCCCATgtaaggggac ... ctctttacagATCTTCACCAGTTCCTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATAT
EST: gi|149088593|gb|EE177708.2|EE177708
EST:     GTTTGACCATAAGTCAACAGCTGAGAATCCTATGGAACTCATGCGCCCAT                         ATCTTCACCAGTTCCTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATAT
genomic: GTTTGACCATAAGTCAACAGCTGAGAATCCTATGGAACTCATGCGCCCATgtaaggggac ... ctctttacagATCTTCACCAGTTCCTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATAT
EST: gi|37401175|gb|CF637951.1|CF637951
EST:     CAACAGCTGAGAATCCTATGGAACTCATGCGCCCAT                         ATCTTCACCAGTTCCTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATAT
genomic: CAACAGCTGAGAATCCTATGGAACTCATGCGCCCATgtaaggggac ... ctctttacagATCTTCACCAGTTCCTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATAT
EST: gi|32845859|gb|CD985540.1|CD985540
EST:     GTTTGACCATAAGTCAACAGCTGAGAATCCTATGGAACTCATGCGCCCAT                         ATCTTCACCAGTTCCTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATAT
genomic: GTTTGACCATAAGTCAACAGCTGAGAATCCTATGGAACTCATGCGCCCATgtaaggggac ... ctctttacagATCTTCACCAGTTCCTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATAT
EST: gi|71772417|gb|DR970350.1|DR970350
EST:     GTTTGACCATAAGTCAACAGCTGAGAATCCTATGGAACTCATGCGCCCAT                         ATCTTCACCAGTTCCTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATAT
genomic: GTTTGACCATAAGTCAACAGCTGAGAATCCTATGGAACTCATGCGCCCATgtaaggggac ... ctctttacagATCTTCACCAGTTCCTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATAT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 108

CCGTGCCGCAAAGGAAAGAAGCTGCTTGTCCTTGACATTGACTATACTCTGTTTGACCATAAGTCAACAGCTGAGAATCCTATGGAACTCATGCGCCCATgtaaggggac ... ctctttacagATCTTCACCAGTTCCTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG


Block sizes: 45 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 59

CCGTGCCGCAAAGGAAAGAAGCTGCTTGTCCTTGACATTGACTATACTCTGTTTGACCATAAGTCAACAGCTGAGAATCCTATGGAACTCATGCGCCCATgtaaggggac ... ctctttacagATCTTCACCAGTTCCTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 83

CCGTGCCGCAAAGGAAAGAAGCTGCTTGTCCTTGACATTGACTATACTCTGTTTGACCATAAGTCAACAGCTGAGAATCCTATGGAACTCATGCGCCCATgtaaggggac ... ctctttacagATCTTCACCAGTTCCTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 86

CCGTGCCGCAAAGGAAAGAAGCTGCTTGTCCTTGACATTGACTATACTCTGTTTGACCATAAGTCAACAGCTGAGAATCCTATGGAACTCATGCGCCCATgtaaggggac ... ctctttacagATCTTCACCAGTTCCTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttaagttcctccagcgtgctgttatttaaattgtgcgccataatcctctttacagATCTTCACCAGTTCCTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG
                                           tcctctttac  CT-rich tract
                   tgttatttaaattgt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaaggggacgtttcagcaccactgttaatctattaagttcctccagcgtgctgttatttaaattgtgcgccataatcctctttacagATCTTCACCAGTTCCTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTGC