Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgatatatatgtaaccataaattaatgggtatcaccagtttggtggctagtttccttatcatccatttataatgtgaattgctatggttgtgattcacagACATGTTCTTGGTATTGATATTGACCCGACT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G113640_T01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211270654|gb|FL248444.1|FL248444
EST:     GGCTGTGGCTGTGGCACTCTGGCTGTGGCGAGTGCTTTACTGGATGCTGA                         ACATGTTCTTGGTATTGATATTGACCC-ACA
genomic: GGCTGTGGCTGTGGCACTCTGGCTGTGGCGAGTGCTTTACTGGATGCTGAgtgagtatgt ... tgattcacagACATGTTCTTGGTATTGATATTGACCCGACT
EST: gi|71438832|gb|DR819882.1|DR819882
EST:     GGCTGTGGCTGTGGCACTCTGGCTGTGGCGAGTGCTTTACTGGATGCTGA                         ACATGTTCTTGGTATTGATATTGACCC-ACA
genomic: GGCTGTGGCTGTGGCACTCTGGCTGTGGCGAGTGCTTTACTGGATGCTGAgtgagtatgt ... tgattcacagACATGTTCTTGGTATTGATATTGACCCGACT
EST: gi|211270652|gb|FL248442.1|FL248442
EST:     GGCTGTGGCTGTGGCACTCTGGCTGTGGCGAGTGCTTTACTGGATGCTGA                         ACATGTTCTTGGTATTGATATTGACCC-ACA
genomic: GGCTGTGGCTGTGGCACTCTGGCTGTGGCGAGTGCTTTACTGGATGCTGAgtgagtatgt ... tgattcacagACATGTTCTTGGTATTGATATTGACCCGACT
EST: gi|113778235|gb|DW895596.1|DW895596
EST:     GGCTGTGGCTGTGGCACTCTGGCTGTGGCGAGTGCTTTACTGGATGCTGA                         ACATGTTCTTGGTATTGATATTGACCC
genomic: GGCTGTGGCTGTGGCACTCTGGCTGTGGCGAGTGCTTTACTGGATGCTGAgtgagtatgt ... tgattcacagACATGTTCTTGGTATTGATATTGACCC
EST: gi|211270657|gb|FL248447.1|FL248447
EST:     GGCTGTGGCTGTGGCACTCTGGCTGTGGCGAGTGCTTTACTGGATGCTGA                         ACATGTTCTTGGTATTGATATTGACCC-ACA
genomic: GGCTGTGGCTGTGGCACTCTGGCTGTGGCGAGTGCTTTACTGGATGCTGAgtgagtatgt ... tgattcacagACATGTTCTTGGTATTGATATTGACCCGACT
EST: gi|211270656|gb|FL248446.1|FL248446
EST:     GGCTGTGGCTGTGGCACTCTGGCTGTGGCGAGTGCTTTACTGGATGCTGA                         ACATGTTCTTGGTATTGATATTGACCC-ACA
genomic: GGCTGTGGCTGTGGCACTCTGGCTGTGGCGAGTGCTTTACTGGATGCTGAgtgagtatgt ... tgattcacagACATGTTCTTGGTATTGATATTGACCCGACT
EST: gi|76012002|gb|DT939172.1|DT939172
EST:     GGCTGTGGCTGTGGCACTCTGGCTGTGGCGAGTGCTTTACTGGATGCTGA                         ACATGTTCTTGGTATTGATATTGACCC-ACA
genomic: GGCTGTGGCTGTGGCACTCTGGCTGTGGCGAGTGCTTTACTGGATGCTGAgtgagtatgt ... tgattcacagACATGTTCTTGGTATTGATATTGACCCGACT
EST: gi|211270651|gb|FL248441.1|FL248441
EST:     GGCTGTGGCTGTGGCACTCTGGCTGTGGCGAGTGCTTTACTGGATGCTGA                         ACATGTTCTTGGTATTGATATTGACCC-ACA
genomic: GGCTGTGGCTGTGGCACTCTGGCTGTGGCGAGTGCTTTACTGGATGCTGAgtgagtatgt ... tgattcacagACATGTTCTTGGTATTGATATTGACCCGACT
EST: gi|211270648|gb|FL248438.1|FL248438
EST:     GGCTGTGGCTGTGGCACTCTGGCTGTGGCGAGTGCTTTACTGGATGCTGA                         ACATGTTCTTGGTATTGATATTGACCC-ACA
genomic: GGCTGTGGCTGTGGCACTCTGGCTGTGGCGAGTGCTTTACTGGATGCTGAgtgagtatgt ... tgattcacagACATGTTCTTGGTATTGATATTGACCCGACT
EST: gi|6227108|gb|AW155812.1|AW155812
EST:     GGCTGTGGCTGTGGCACTCTGGCTGTGGCGAGTGCTTTACTGGATGCTGA                         ACATGTTCTTGGTATTGATATTGACCC-ACAG
genomic: GGCTGTGGCTGTGGCACTCTGGCTGTGGCGAGTGCTTTACTGGATGCTGAgtgagtatgt ... tgattcacagACATGTTCTTGGTATTGATATTGACCCGAC-T
EST: gi|50327796|gb|CO522922.1|CO522922
EST:     GGCTGTGGCTGTGGCACTCTGGCTGTGGCGAGTGCTTTACTGGATGCTGA                         ACATGTTCTTGGTATTGATATTGACCC-ACA
genomic: GGCTGTGGCTGTGGCACTCTGGCTGTGGCGAGTGCTTTACTGGATGCTGAgtgagtatgt ... tgattcacagACATGTTCTTGGTATTGATATTGACCCGACT
EST: gi|211270649|gb|FL248439.1|FL248439
EST:     GGCTGTGGCTGTGGCACTCTGGCTGTGGCGAGTGCTTTACTGGATGCTGA                         ACATGTTCTTGGTATTGATATTGACCC-ACA
genomic: GGCTGTGGCTGTGGCACTCTGGCTGTGGCGAGTGCTTTACTGGATGCTGAgtgagtatgt ... tgattcacagACATGTTCTTGGTATTGATATTGACCCGACT
EST: gi|211270646|gb|FL248436.1|FL248436
EST:     GGCTGTGGCTGTGGCACTCTGGCTGTGGCGAGTGCTTTACTGGATGCTGA                         ACATGTTCTTGGTATTGATATTGACCC-ACA
genomic: GGCTGTGGCTGTGGCACTCTGGCTGTGGCGAGTGCTTTACTGGATGCTGAgtgagtatgt ... tgattcacagACATGTTCTTGGTATTGATATTGACCCGACT
EST: gi|211270655|gb|FL248445.1|FL248445
EST:     GGCTGTGGCTGTGGCACTCTGGCTGTGGCGAGTGCTTTACTGGATGCTGA                         ACATGTTCTTGGTATTGATATTGACCC-ACA
genomic: GGCTGTGGCTGTGGCACTCTGGCTGTGGCGAGTGCTTTACTGGATGCTGAgtgagtatgt ... tgattcacagACATGTTCTTGGTATTGATATTGACCCGACT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gctagtttccttatcatccatttataatgtgaattgctatggttgtgattcacagACATGTTCTTGGTATTGATATTGACCCGACT
                   atttataatgtgaatt  TA-rich tract