Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtgacaaacagggtgtatttataattaacaatggtgtctttctagttaacaatggcatcggctgacctgtccttttctttcagTGGGATGCTAAGCCTGGTCTAGCTACTAGATTATGAACTCTCTGCTGATCTAATAGCATTTCTACAAGAATTCTTTTGCTGGAAGGTTTATTAGTTATTT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G113619_T04
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78086642|gb|DV515035.1|DV515035
EST:     GGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGGTGGATCTTGGAGCTG                         TGGGATGCTAAGCCTGGTCTAGCTACTAGATTATGAACTCTCTGCTGATCT
genomic: GGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGGTGGATCTTGGAGCTGgtatgtgaca ... tttctttcagTGGGATGCTAAGCCTGGTCTAGCTACTAGATTATGAACTCTCTGCTGATCT
EST: gi|78089708|gb|DV518082.1|DV518082
EST:     GGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGGTGGATCTTGGAGCTG                         TGGGATGCTAAGCCTGGTCTAGCTACTAGATTATGAACTCTCTGCTGATCT
genomic: GGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGGTGGATCTTGGAGCTGgtatgtgaca ... tttctttcagTGGGATGCTAAGCCTGGTCTAGCTACTAGATTATGAACTCTCTGCTGATCT
EST: gi|76280760|gb|DV020328.1|DV020328
EST:     GGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGGTGGATCTTGGAGCTG                         TGGGATGCTAAGCCTGGTCTAGCTACTAGATTATGAACTCTCTGCTGATCT
genomic: GGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGGTGGATCTTGGAGCTGgtatgtgaca ... tttctttcagTGGGATGCTAAGCCTGGTCTAGCTACTAGATTATGAACTCTCTGCTGATCT
EST: gi|91053257|gb|EB163675.1|EB163675
EST:     GGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGGTGGATCTTGGAGCTG                         TGGGATGCTAAGCCTGGTCTAGCTACTAGATTATGAACTCTCTGCTGATCT
genomic: GGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGGTGGATCTTGGAGCTGgtatgtgaca ... tttctttcagTGGGATGCTAAGCCTGGTCTAGCTACTAGATTATGAACTCTCTGCTGATCT
EST: gi|71424785|gb|DR806435.1|DR806435
EST:     GGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGGTGGATCTTGGAGCTG                         TGGGATGCTAAGCCTGGTCTAGCTACTAGATTATGAACTCTCTGCTGATCT
genomic: GGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGGTGGATCTTGGAGCTGgtatgtgaca ... tttctttcagTGGGATGCTAAGCCTGGTCTAGCTACTAGATTATGAACTCTCTGCTGATCT
EST: gi|50325343|gb|CO520469.1|CO520469
EST:     GGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGGTGGATCTTGGAGCTG                         TGGGATGCTAAGCCTGGTCTAGCTACTAGATTATGAACTCTCTGCTGATCT
genomic: GGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGGTGGATCTTGGAGCTGgtatgtgaca ... tttctttcagTGGGATGCTAAGCCTGGTCTAGCTACTAGATTATGAACTCTCTGCTGATCT
EST: gi|91877839|gb|EB407796.1|EB407796
EST:     GGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGGTGGATCTTGGAGCTG                         TGGGATGCTAAGCCTGGTCTAGCTACTAGATTATGAACTCTCTGCTGATCT
genomic: GGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGGTGGATCTTGGAGCTGgtatgtgaca ... tttctttcagTGGGATGCTAAGCCTGGTCTAGCTACTAGATTATGAACTCTCTGCTGATCT
EST: gi|93283253|gb|EB675517.1|EB675517
EST:     GGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGGTGGATCTTGGAGCTG                         TGGGATGCTAAGCCTGGTCTAGCTACTAGATTATGAACTCTCTGCTGATCT
genomic: GGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGGTGGATCTTGGAGCTGgtatgtgaca ... tttctttcagTGGGATGCTAAGCCTGGTCTAGCTACTAGATTATGAACTCTCTGCTGATCT
EST: gi|78080128|gb|DV508540.1|DV508540
EST:     GGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGGTGGATCTTGGAGCTG                         TGGGATGCTAAGCCTGGTCTAGCTACTAGATTATGAACTCTCTGCTGATCT
genomic: GGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGGTGGATCTTGGAGCTGgtatgtgaca ... tttctttcagTGGGATGCTAAGCCTGGTCTAGCTACTAGATTATGAACTCTCTGCTGATCT
EST: gi|6827481|gb|AW331124.1|AW331124
EST:     GGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGGTGGATCTTGGAGCTG                         TGGGATGCTAAGCCTGGTCTAGCTACTAGATTATGAACTCTCTGCTGATCT
genomic: GGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGGTGGATCTTGGAGCTGgtatgtgaca ... tttctttcagTGGGATGCTAAGCCTGGTCTAGCTACTAGATTATGAACTCTCTGCTGATCT
EST: gi|37419826|gb|CF647598.1|CF647598
EST:     GGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGGTGGATCTTGGAGCTG                         TGGGATGCTAAGCCTGGTCTAGCTACTAGATTATGAACTCTCTGCTGATCT
genomic: GGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGGTGGATCTTGGAGCTGgtatgtgaca ... tttctttcagTGGGATGCTAAGCCTGGTCTAGCTACTAGATTATGAACTCTCTGCTGATCT
EST: gi|32794024|gb|CD946260.1|CD946260
EST:     GATCTTGGAGCTG                         TGGGATGCTAAGCCTGGTCTAGCTACTAGATTATGAACTCTCTGCTGATCT
genomic: GATCTTGGAGCTGgtatgtgaca ... tttctttcagTGGGATGCTAAGCCTGGTCTAGCTACTAGATTATGAACTCTCTGCTGATCT
EST: gi|32919341|gb|CF024153.1|CF024153
EST:     GGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGGTGGATCTTGGAGCTG                         TGGGATGCTAAGCCTGGTCTAGCTACTAGATTATGAACTCTCTGCTGATCT
genomic: GGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGGTGGATCTTGGAGCTGgtatgtgaca ... tttctttcagTGGGATGCTAAGCCTGGTCTAGCTACTAGATTATGAACTCTCTGCTGATCT
EST: gi|91057080|gb|EB167498.1|EB167498
EST:     GGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGGTGGATCTTGGAGCTG                         TGGGATGCTAAGCCTGGTCTAGCTACTAGATTATGAACTCTCTGCTGATCT
genomic: GGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGGTGGATCTTGGAGCTGgtatgtgaca ... tttctttcagTGGGATGCTAAGCCTGGTCTAGCTACTAGATTATGAACTCTCTGCTGATCT
EST: gi|8551597|gb|BE128942.1|BE128942
EST:     GGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGGTGGATCTTGGAGCTG                         TGGGATGCTAAGCCTGGTCTAGCTACTAGATTATGAACTCTCTGCTGATCT
genomic: GGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGGTGGATCTTGGAGCTGgtatgtgaca ... tttctttcagTGGGATGCTAAGCCTGGTCTAGCTACTAGATTATGAACTCTCTGCTGATCT
EST: gi|71766653|gb|DR964590.1|DR964590
EST:     GGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGGTGGATCTTGGAGCTG                         TGGGATGCTAAGCCTGGTCTAGCTACTAGATTATGAACTCTCTGCTGATCT
genomic: GGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGGTGGATCTTGGAGCTGgtatgtgaca ... tttctttcagTGGGATGCTAAGCCTGGTCTAGCTACTAGATTATGAACTCTCTGCTGATCT
EST: gi|71311806|gb|DR792364.1|DR792364
EST:     GGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGGTGGATCTTGGAGCTG                         TGGGATGCTAAGCCTGGTCTAGCTACTAGATTATGAACTCTCTGCTGATCT
genomic: GGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGGTGGATCTTGGAGCTGgtatgtgaca ... tttctttcagTGGGATGCTAAGCCTGGTCTAGCTACTAGATTATGAACTCTCTGCTGATCT
EST: gi|91049342|gb|EB159760.1|EB159760
EST:     GGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGGTGGATCTTGGAGCTG                         TGGGATGCTAAGCCTGGTCTAGCTACTAGATTATGAACTCTCTGCTGATCT
genomic: GGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGGTGGATCTTGGAGCTGgtatgtgaca ... tttctttcagTGGGATGCTAAGCCTGGTCTAGCTACTAGATTATGAACTCTCTGCTGATCT
EST: gi|76291932|gb|DV031500.1|DV031500
EST:     GGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGGTGGATCTTGGAGCTG                         TGGGATGCTAAGCCTGGTCTAGCTACTAGATTATGAACTCTCTGCTGATCT
genomic: GGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGGTGGATCTTGGAGCTGgtatgtgaca ... tttctttcagTGGGATGCTAAGCCTGGTCTAGCTACTAGATTATGAACTCTCTGCTGATCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

caatggtgtctttctagttaacaatggcatcggctgacctgtccttttctttcagTGGGATGCTAAGCCTGGTCTAGCTACTAGATTATGAACTCTCTGCTGATCTAATAGCATTTCTACAAGAATTCTTTTGCTGGAAGGTTTATTAGTTATTT
                               ggctgac  putative branch site (score: 3)
                                     cctgtccttttctttc  CT-rich tract
                 ttaacaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgtgacaaacagggtgtatttataattaacaatggtgtctttctagttaacaatggcatcggctgacctgtccttttctttcagTGGGATGCTAAGCCTGGTCTAGCTACTAGATTATGAACTCTCTGCTGATCTAATAGCATTTCTACAAGAATTCTTTTGCTGGAAGGTTTATTAGTTATTT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG