Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...taggcgtgttgcttaatgacataacgcatggtttgtggccttacatttctgttatccatttgtcagtcagcattttaactgatgcaatcatatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGTGGAACTGTCAACAGGGTGACAATCTTGACTGACAAGTTTGGGCAGCCAA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G108919_T01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G108919_T06 (Zea mays), 3'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os02g52140.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
----taggcgtgttgcttaatgacata-acgcatggtt-tgtggccttacatttctgttatccatttgtcagtcagcattttaactgatgcaa-tcatatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGTGGAACTGTCAACAGGGTGACAATCTTGACTGACAAGTTTGGGCAGCCAA
    ||    | || |       ||   ||   || || | |   || |||| |   ||    | || ||| |||    | | | |||| ||| |||| ||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||| || ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||
tttttaattctattaccagtctgcaagcacatctgattatctaatctgacatgtacatt---tagttttcattca----tcttagtgatacaaatcatttaccgcagGTTGATTATGCATGTACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTTCAAGCGTGTGGCACAGTCAATAGAGTGACGATCTTAACTGACAAGTTTGGACAGCCAA

upper sequence: GRMZM2G108919_T06 (Zea mays), 3'ss of exon 1
lower sequence: PP1S85_168V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 3
taggcgtgttgcttaatgacataacgca-tggtttgtggccttacat-ttctgttatccatttgtcagtcagcattttaactgatgcaatcatatac----tgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGTGGAACTGTCAACAGGGTGACAATCTTGACTGACAAGTTTGGGCAGCCAA
     ||       | |    | | |||   ||||  || | | | |  | ||| |   | || | ||  | || ||   ||||    ||  | |       ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||||| ||  | ||||| || || ||  | || ||||| |||||||||||||||||    || |
-----gtacacgcaactatgtttatgcagcagtttaaggtcctgcgtactttgtgaaggaatt-ttagcgaacacttagtctgagtttattgtttctgcttcgcagGTTGATTATGCCTGCACTCCAGAAGAAGTACAACAGCATTTTCAGTCGTGTGGTACAGTTAATCGTGTCACAATTTTGACTGACAAGTTTGGATCACCCA

upper sequence: GRMZM2G108919_T06 (Zea mays), 3'ss of exon 1
lower sequence: PP1S433_16V6.2 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 3
----taggcgtgttgcttaatgacata-acgcatggtttgtggccttacatttctgttatccatttgtcagtcagcattttaactgatgcaatcatatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGTGGAACTGTCAACAGGGTGACAATCTTGACTGACAAGTTTGGGCAGCCAA
    | |   ||||||   |   | |  |   |||  |||| |  |    ||   | |   |||  ||  | |    |  |   | || |  |  | |  | |||||||||||| | ||||| || ||||| ||||| || || |||||  | ||||| || || ||| | || ||||| ||||| ||||||||||||||||| |
tagttggatatgttgcaggagctcctgcatttatgagttgtagaatag--ttaacgatgatcatcagtgtgacgttgtcct--tttattctcttttctttt-cagGTTGATTATTCCTGCACTCCGGAAGAGGTGCAACAACACTTCCAGTCGTGTGGGACGGTGAACCGTGTCACAATTTTGACGGACAAGTTTGGGCAGCCCA

upper sequence: GRMZM2G108919_T06 (Zea mays), 3'ss of exon 1
lower sequence: EFJ15603 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 3
-taggcgtgttgcttaatgacataacgcatggtttg---tggccttacatttctgttatccatttgtcagtcagcattttaactgatgca---atcatatactgc---------agGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGTGGAACTGTCAACAGGGTGACAATCTTGACTGACAAGTTTGGGCAGCCAA
 || |  | | ||    | || |   || |  || |   |   ||||  || ||||| ||| || |  |   |  |    |    |   |   ||||  |  |||         |||| |||||  | ||||| || |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||| ||  | || ||||||||||| || || |
gtaagtctctcgccct-tcacgttgagcttctttcgatctttacttatcttcctgtt-tcctttggaaaaaaaaaaagagagagaaaaaatatatcagtttttgcttgttactcagGTGGATTACTCGTGCACTCCCGAAGAAGTCCAGCAGCATTTCCAATCTTGTGGAACTGTGAACCGGGTGACGATTCTCACAGACAAGTTTGGACAACCGA

upper sequence: GRMZM2G108919_T06 (Zea mays), 3'ss of exon 1
lower sequence: EFJ38832 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 3
-taggcgtgttgcttaatgacataacgcatggtttg---tggccttacatttctgttatccatttgtcagtcagcattttaactgatgcaatcatatactg-----cagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGTGGAACTGTCAACAGGGTGACAATCTTGACTGACAAGTTTGGGCAGCCAA
 || |  | | ||    | || |   |  |  || |   |   ||||  || |||||  |  |     |   ||      ||   ||   | | |    ||     ||||| |||||  | ||||| || |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||| ||  | || ||||||||||| || || |
gtaagtctctcgccct-tcacgttgagtttctttcgatctttacttatcttcctgtttcctttggaaaaaaaagagagaaaaaatatatcagctttgcttgttactcagGTGGATTACTCGTGCACTCCCGAAGAAGTCCAGCAGCATTTCCAATCTTGTGGAACTGTGAACCGGGTGACGATTCTCACAGACAAGTTTGGACAACCGA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|7135303|gb|AW498018.1|AW498018
EST:     CAGNTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|60351908|gb|DN218881.1|DN218881
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211050414|gb|FL364288.1|FL364288
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211491424|gb|FL310090.1|FL310090
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211538316|gb|FL356780.1|FL356780
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211406953|gb|FL337667.1|FL337667
EST:     AGCTGASSGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: AGCTGA-GGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211283212|gb|FL331388.1|FL331388
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211191463|gb|FL364434.1|FL364434
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGAWTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|9731847|gb|BE510599.1|BE510599
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCCTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211517204|gb|FL332921.1|FL332921
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211067042|gb|FL326738.1|FL326738
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211510457|gb|FL354887.1|FL354887
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211378524|gb|FL350958.1|FL350958
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211478350|gb|FL364133.1|FL364133
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|120480223|gb|EH210775.1|EH210775
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211260950|gb|FL364877.1|FL364877
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211357287|gb|FL353300.1|FL353300
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211210828|gb|FL334782.1|FL334782
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211264649|gb|FL311742.1|FL311742
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211165160|gb|FL324137.1|FL324137
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211420489|gb|FL364946.1|FL364946
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|9731848|gb|BE510600.1|BE510600
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211150849|gb|FL322008.1|FL322008
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211276608|gb|FL366596.1|FL366596
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211475946|gb|FL359362.1|FL359362
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|84980134|gb|DW530483.1|DW530483
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211289480|gb|FL348652.1|FL348652
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|84976804|gb|DW475226.1|DW475226
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211067393|gb|FL344092.1|FL344092
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211179405|gb|FL363893.1|FL363893
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTCTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211295277|gb|FL323384.1|FL323384
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|60399133|gb|DN231947.1|DN231947
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211125800|gb|FL321191.1|FL321191
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|31351934|gb|CD436291.1|CD436291
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGCATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211285004|gb|FL330933.1|FL330933
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211177618|gb|FL479926.1|FL479926
EST:     CTGAGGCGAAGGAGCCAGGTGGATGCCCGGTCCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CTGAGGCGAAGGAG-CAGGTGGATGCCCGGT-CTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211277782|gb|FL330880.1|FL330880
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|31351939|gb|CD436296.1|CD436296
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|60399607|gb|DN232418.1|DN232418
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211333443|gb|FL346031.1|FL346031
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|31350541|gb|CD434898.1|CD434898
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211279695|gb|FL337096.1|FL337096
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATTTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|60394010|gb|DN226880.1|DN226880
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211475451|gb|FL342194.1|FL342194
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211030847|gb|FL329818.1|FL329818
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCMCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211012344|gb|FL317983.1|FL317983
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211038605|gb|FL345816.1|FL345816
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211310796|gb|FL367440.1|FL367440
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211391812|gb|FL356647.1|FL356647
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211019206|gb|FL365154.1|FL365154
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttctgttatccatttgtcagtcagcattttaactgatgcaatcatatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGTGGAACTGTCAACAGGGTGACAATCTTGACTGACAAGTTTGGGCAGCCAA
                          attttaact  TA-rich tract