Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aactgattttttcgaccctcaatcctttttcaccatgtctgtgcttggtatataatttgttttatactaatattttggtggcttaattttggctttgtagACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGTTACGCTAATGCAAAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGAC

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G107654_T01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G107654_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os12g41400.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
aactgattttttcgaccctcaatcctttttcaccatgtctgtgcttggtatataatttgttt---tatacta-ata-ttttggtggcttaattttggctt-tgtagACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGTTACGCTAATGCAAAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGAC
      || ||      ||||||| ||||| |  |||| ||| |||  |||  ||| |||||   | |  || ||| || || |  |||  || ||  || |  |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| || || | ||| || ||||
-----gttgttgaactgctcaatcgttttt-agtatgtatgtacttcatatgcaatctgtttatttgttttatatagttctgatttcttccttgtgatttgtacagACTGTTCGCTTCAAGAATGAGCTGGAGCGTAACATCACTATAAAGCTTGGTTATGCTAATGCGAAAATCTACAAATGTGAAGACGAGAAATGCCCACGAC

upper sequence: GRMZM2G107654_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os12g07740.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
---aactgattttttcgaccctcaatcctttttcaccatgtctgtgcttggtatataatttgttttatactaatattttggtggcttaattttggctttgtagACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGTTACGCTAATGCAAAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGAC
    |   |  | ||  |   | | |  || |   |      |||  ||  |||||  ||   ||| ||    | |  || || |||  || ||  ||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || || |||||||| ||||||||||||||||| || || | |||||| ||||
gttcatgaacatctttcatatttagtatttatgttcttcacatgtaattcatatat--ttatatttgtatagttgtcctgatgtcttccttgtga-tttgtagACCGTTCGCTTCAAGAATGAGCTGGAGCGTAACATCACTATAAAGCTTGGCTATGCTAATGCGAAAATCTACAAATGTGAAGACGAGAAATGTCCACGAC

upper sequence: GRMZM2G107654_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA08G18240.2 (Glycine max), 3'ss of exon 3
----aactgattttttcgaccctcaatcctttttcaccatgtctgtgcttggtatataatttgttttatactaatattttggtggcttaattttggctttgtagACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGTTACGCTAATGCAAAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGAC
    |  | |   || |  |  | | || |  | |||  | |||    || |  |   || | |    |  | |   | || ||  |   |    | | || ||||||| || ||||| |||||| |||| ||||||||||| || ||||| || || || ||||||||||| ||||| ||||| |||||  |||||||  | |
ttatacataagcattccatcttttattcttaatacacattttct---tttagctttggatatttacactgttgac-ctgtgttgtttccgtgaatgttgtgcagACTGTGCGTTTCAAAAATGAGTTGGAGCGTAACATTACAATCAAGCTTGGCTATGCAAATGCAAAAATATACAAGTGTGAAGATGAACGATGTCCAAGGC

upper sequence: GRMZM2G107654_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA15G40750.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
aactgattttttcgaccctcaatcctttttcaccatgtctgtgcttggtatataatttgt-tttatactaata--ttttggtggcttaattttggctttgtagACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGTTACGCTAATGCAAAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGAC
   | |    |  |     ||    || |||  |||     | ||  ||      |   | |||| |||  |    | || ||  || ||    | | || ||||||| || ||||| |||||| |||| ||||||||||| || ||||| || || |||||||||||||| ||||| ||||| |||||  | |||||  | |
---ttacacgtaagcatgccatatattattcttcatacacattctccgttagccttggatatttaaactgttgacctctgttgttttcatgaatgttgtgcagACTGTGCGTTTCAAAAATGAGTTGGAGCGTAACATTACAATCAAGCTTGGCTATGCTAATGCAAAAATATACAAGTGTGAAGATGAACGGTGTCCAAGGC

upper sequence: GRMZM2G107654_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv13s0074g00310.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
aactgattttttcgaccctcaatcctttttcaccatgtctgtgcttggtatataatttgttttatactaatattttggtggcttaattttggct--ttgtagACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGTTACGCTAATGCAAAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGAC
    |        |  ||  | || |  |  |     | |||      ||| || | || ||    || | |  | |     |    ||||  |   |  |||||||||| || || ||||||||||| || || |||||||| || || || || || |||||||| || ||||||||||| |||||  | || || || |
-ttaggagacagtggaccatagtcatcctctagttattttgttaagaatatcta-tatgcttagatctgaaaggtggccctttatgatttgtttatctacagACTGTTCGTTTTAAAAATGAGCTGGAGCGAAATATTACTATCAAACTTGGATATGCAAATGCAAAGATATACAAATGTGAAGATGAACGGTGCCCTCGTC

upper sequence: GRMZM2G107654_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv10s0042g01220.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
-aactgattttttcgaccctcaatcctttttcaccatgtctgtgcttggtatataatttgttttata-ctaatattttggtggcttaattttggctt---tgtagACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGTTACGCTAATGCAAAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGAC
 |   |||  ||  |||| | | |  |  |  |  ||  || || |    ||||     |  ||| | || | |  | |||   |||   ||   ||   |  |||||||||| || || ||||||||||| || ||||||||||| || || || || || ||||| || || ||||||||||| |||||  | || || ||||
tagaagatggtt--gaccat-agtaatcctcta--attactttgttaaaaatatttacaggcttaaatctgaaaggtgggtcctttatggtttatttatctacagACTGTTCGTTTTAAAAATGAGCTGGAGCGCAACATTACTATCAAACTTGGATATGCAAATGCCAAGATATACAAATGTGAAGATGAACGGTGCCCTCGAC

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|22542185|gb|BU092623.1|BU092623
EST:     ATGTGGCTCATGGANNNNNNNCTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAG                         ACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGT
genomic: ATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAGgtgtgattca ... ggctttgtagACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGT
EST: gi|31405821|gb|CD484553.1|CD484553
EST:     ATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAG                         ACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGT
genomic: ATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAGgtgtgattca ... ggctttgtagACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGT
EST: gi|60351762|gb|DN218735.1|DN218735
EST:     ATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAG                         ACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGT
genomic: ATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAGgtgtgattca ... ggctttgtagACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGT
EST: gi|211411945|gb|FL334071.1|FL334071
EST:     ATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAG                         ACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACTTAACATTACTATAAAGCTGGGT
genomic: ATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAGgtgtgattca ... ggctttgtagACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGT
EST: gi|211112191|gb|FL307977.1|FL307977
EST:     ATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAG                         ACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGT
genomic: ATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAGgtgtgattca ... ggctttgtagACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGT
EST: gi|211512791|gb|FL351608.1|FL351608
EST:     ATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAG                         ACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGT
genomic: ATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAGgtgtgattca ... ggctttgtagACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGT
EST: gi|32906939|gb|CF011752.1|CF011752
EST:     ATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAG                         ACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGT
genomic: ATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAGgtgtgattca ... ggctttgtagACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGT
EST: gi|22491498|gb|BU051421.1|BU051421
EST:     GAAAGTCCCCTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAG                         ACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACCATAAAGCTGGGT
genomic: GAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAGgtgtgattca ... ggctttgtagACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGT
EST: gi|211416477|gb|FL311413.1|FL311413
EST:     ATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAG                         ACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGT
genomic: ATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAGgtgtgattca ... ggctttgtagACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGT
EST: gi|19272597|gb|BM888853.1|BM888853
EST:     ATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAG                         ACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACCATAAAGCTGGGT
genomic: ATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAGgtgtgattca ... ggctttgtagACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGT
EST: gi|22473004|gb|BU037484.1|BU037484
EST:     ATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAG                         ACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGT
genomic: ATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAGgtgtgattca ... ggctttgtagACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGT
EST: gi|211525835|gb|FL338603.1|FL338603
EST:     ATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTYCAG                         ACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGT
genomic: ATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAGgtgtgattca ... ggctttgtagACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGT
EST: gi|211010858|gb|FL365108.1|FL365108
EST:     ATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAG                         ACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCYGGGT
genomic: ATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAGgtgtgattca ... ggctttgtagACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGT
EST: gi|211255911|gb|FL358702.1|FL358702
EST:     ATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAG                         ACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGT
genomic: ATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAGgtgtgattca ... ggctttgtagACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGT
EST: gi|91876669|gb|EB406626.1|EB406626
EST:     ATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAG                         ACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGT
genomic: ATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAGgtgtgattca ... ggctttgtagACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGT
EST: gi|78103988|gb|DV522406.1|DV522406
EST:     ATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAG                         ACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGT
genomic: ATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAGgtgtgattca ... ggctttgtagACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGT
EST: gi|5268487|gb|AI770451.1|AI770451
EST:     ATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAG                         ACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGT
genomic: ATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAGgtgtgattca ... ggctttgtagACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGT
EST: gi|32930144|gb|CF034956.1|CF034956
EST:     ATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAG                         ACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGTTTTTAACATTACTATAAAGCTGGGT
genomic: ATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAGgtgtgattca ... ggctttgtagACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGT
EST: gi|22473323|gb|BU037803.1|BU037803
EST:     ATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAG                         ACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGT
genomic: ATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAGgtgtgattca ... ggctttgtagACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGT
EST: gi|211264782|gb|FL317764.1|FL317764
EST:     TGTGGCTKCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAG                         ACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGT
genomic: TGTGGCT-CATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAGgtgtgattca ... ggctttgtagACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGT
EST: gi|21390140|gb|BQ528189.1|BQ528189
EST:     ATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAG                         ACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGT
genomic: ATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAGgtgtgattca ... ggctttgtagACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGT
EST: gi|21987148|gb|BQ778676.1|BQ778676
EST:     ATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAG                         ACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGT
genomic: ATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAGgtgtgattca ... ggctttgtagACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGT
EST: gi|32909292|gb|CF014104.1|CF014104
EST:     ATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAG                         ACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGT
genomic: ATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAGgtgtgattca ... ggctttgtagACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGT
EST: gi|211436136|gb|FL365953.1|FL365953
EST:     ATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAG                         ACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGT
genomic: ATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAGgtgtgattca ... ggctttgtagACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGT
EST: gi|22520926|gb|BU079737.1|BU079737
EST:     ATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAG                         ACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGT
genomic: ATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAGgtgtgattca ... ggctttgtagACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGT
EST: gi|21331715|gb|BQ487096.1|BQ487096
EST:     GTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAG                         ACTGTGCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGT
genomic: GTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAGgtgtgattca ... ggctttgtagACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGT
EST: gi|60397288|gb|DN230104.1|DN230104
EST:     ATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAG                         ACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGT
genomic: ATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAGgtgtgattca ... ggctttgtagACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGT
EST: gi|87151873|gb|DY396662.1|DY396662
EST:     ATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAG                         ACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACCATAAAGCTGGGT
genomic: ATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAGgtgtgattca ... ggctttgtagACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGT
EST: gi|14646048|gb|BI180237.1|BI180237
EST:     ATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAG                         ACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGT
genomic: ATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAGgtgtgattca ... ggctttgtagACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGT
EST: gi|21891495|gb|BQ744708.1|BQ744708
EST:     ATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAG                         ACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGT
genomic: ATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAGgtgtgattca ... ggctttgtagACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGT
EST: gi|211224646|gb|FL333448.1|FL333448
EST:     ATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAG                         ACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACTTTACTATAAAGCTGGGT
genomic: ATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAGgtgtgattca ... ggctttgtagACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGT
EST: gi|211223722|gb|FL287027.1|FL287027
EST:     ATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAG                         ACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGT
genomic: ATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAGgtgtgattca ... ggctttgtagACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGT
EST: gi|22542245|gb|BU092683.1|BU092683
EST:     ATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAG                         ACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGT
genomic: ATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAGgtgtgattca ... ggctttgtagACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 407

GTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAGgtgtgattca ... ggctttgtagACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGTTACGCTAATGCAAAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGAC


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 363

GTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAGgtgtgattca ... ggctttgtagACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGTTACGCTAATGCAAAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGAC


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 316

GTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAGgtgtgattca ... ggctttgtagACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGTTACGCTAATGCAAAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGAC


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 248

GTACCATTGGCCATGTGGCTCATGGAAAGTCCACTGTTGTTAAAGCTATATCTGGTGTTCAGgtgtgattca ... ggctttgtagACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGTTACGCTAATGCAAAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGAC




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tggtatataatttgttttatactaatattttggtggcttaattttggctttgtagACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGTTACGCTAATGCAAAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGAC
     tataatttgttttata  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
aactgattttttcgaccctcaatcctttttcaccatgtctgtgcttggtatataatttgttttatactaatattttggtggcttaattttggctttgtagACTGTTCGGTTCAAGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGTTACGCTAATGCAAAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCGCGAC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
-actgatt
- - - - - - - - - - - - - - - - ccatgtc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcttgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tggtggc