Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagtgaagaacgtttgatgtccctgtctgtctatgttgttaattatttgtatgttcatcgtgaagaattaatggcaactaacttgtcaagtgtcgatggacagGGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G104847_T01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G104847_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os11g35400.4 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
gtgagtgaagaacgtttgatgtccctgtctgtctatgttgttaattatttgt----atgttcatcgtgaagaattaatggca--actaacttgtca-agtgtcgat------ggacagGGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAG
|||||  ||  | ||| ||| || ||||   | |||||||  | ||  || |    ||||| |||       ||  |||  |  ||| |||    | | ||| |||      ||  |||| | ||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||
gtgagcaaacgatgtt-gatatctctgtacatatatgttgggattttcttctgataatgttgatctctgtacatatatgtaagtacttactgaagataatgttgatctgtgtggttagGGTGGTCACTGTGGCATATATGGATCAAACTGTCCAGAATGGGTTATGGCTATGCAG

upper sequence: GRMZM2G104847_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA11G13050.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
gtgagtgaagaacgtttgatgtccctgtctgtctatgttgttaattatttgtatgttcatcgtgaagaattaatggcaactaacttgtcaagtgtcgatggacagGGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAG
             ||   |  ||    | | | || | |  ||  |||| | |  |    |||    |||||||     |||||| ||    | |  ||    |||||   |  |||||||||||||| ||||||||||| |||||| | || || ||||||
-------------gtaacacatcttgctttatttaagatactacgtattgggaaata---cgtatgcaattaat-----ctaactcgt-gcttttgtataacaagGGATACCGTTGTGGCATATATGGGTCCAACTGCCCCGAATGGATAATTGCAATGCAG

upper sequence: GRMZM2G104847_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA12G05140.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
gtgagtgaagaacgtttgatgtccctgtctgtctatgttgttaattatttgtatgttcatcgtgaagaattaatggcaactaacttgtcaagtgtcgatggacagGGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAG
             ||      ||    ||| | || | |  ||  |||| | |  |     ||    |||||||     |||||| ||    | |  ||    ||||||  |  |||||||||||||| ||||||||||| |||||| | || || ||| ||
-------------gtaacccatcttgctctatttaagatactatgtattgggaaata---tgtatgcaattaat-----ctaactcgttctttttatataacaagGGAGACCGTTGTGGCATATATGGGTCCAACTGCCCCGAATGGATAATTGCAATGGAG

upper sequence: GRMZM2G104847_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA20G01060.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
gtgagtgaagaacgtttgatgtccctgtctgtctatgttgttaattatttgtatgttcatcgtgaagaattaatggcaactaacttgtcaagtgtcgatggacagGGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAG
||||||    ||| |||      | ||    |  | | | ||    ||| | || | |    ||   |||| ||   | |||||| ||    |    ||    |||||| ||  |||||||||||||| ||||||||||| |||||| | || || ||| ||
gtgagtttccaacattt------cttgctctttcaagatattg--cattggaat-tactgaatgtgaaatttata--atctaactagt-ggtttaaaatcacaagGGAGATCGTTGTGGCATATATGGGTCCAACTGCCCTGAATGGATCATTGCAATGGAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|22542184|gb|BU092622.1|BU092622
EST:     AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCG                         GGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
genomic: AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCGgtgagtgaag ... cgatggacagGGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
EST: gi|148958443|gb|EC904677.2|EC904677
EST:     AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCG                         GGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
genomic: AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCGgtgagtgaag ... cgatggacagGGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
EST: gi|148995832|gb|EE035067.2|EE035067
EST:     AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCG                         GGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
genomic: AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCGgtgagtgaag ... cgatggacagGGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
EST: gi|211174084|gb|FL129199.1|FL129199
EST:     AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCG                         GGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
genomic: AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCGgtgagtgaag ... cgatggacagGGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
EST: gi|211345429|gb|FL132812.1|FL132812
EST:     AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCG                         GGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
genomic: AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCGgtgagtgaag ... cgatggacagGGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
EST: gi|149076511|gb|EE165137.2|EE165137
EST:     AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCG                         GGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
genomic: AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCGgtgagtgaag ... cgatggacagGGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
EST: gi|87157287|gb|DY402076.1|DY402076
EST:     AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCG                         GGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
genomic: AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCGgtgagtgaag ... cgatggacagGGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
EST: gi|211174085|gb|FL129200.1|FL129200
EST:     AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCG                         GGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
genomic: AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCGgtgagtgaag ... cgatggacagGGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
EST: gi|149086279|gb|EE175820.2|EE175820
EST:     AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCG                         GGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
genomic: AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCGgtgagtgaag ... cgatggacagGGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
EST: gi|149107582|gb|EE189463.2|EE189463
EST:     AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCG                         GGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
genomic: AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCGgtgagtgaag ... cgatggacagGGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
EST: gi|71430909|gb|DR811959.1|DR811959
EST:     AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCG                         GGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
genomic: AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCGgtgagtgaag ... cgatggacagGGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
EST: gi|149073920|gb|EE162247.2|EE162247
EST:     AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCG                         GGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
genomic: AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCGgtgagtgaag ... cgatggacagGGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
EST: gi|211345427|gb|FL132810.1|FL132810
EST:     GAAGGTCATGAGGATTGGATCATGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCG                         GGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
genomic: GAAGGTCATGAGGATTGGATCA-GCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCGgtgagtgaag ... cgatggacagGGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
EST: gi|149098382|gb|EE184358.2|EE184358
EST:     AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCG                         GGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
genomic: AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCGgtgagtgaag ... cgatggacagGGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
EST: gi|211174083|gb|FL129198.1|FL129198
EST:     AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCG                         GGAGCTCACTGNGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
genomic: AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCGgtgagtgaag ... cgatggacagGGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
EST: gi|211345428|gb|FL132811.1|FL132811
EST:     AGAAAGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAACCTGGGCGTAGAGCCG                         GGAGCTCACTGTGGCATATATGGGATCCA-CTGCCCCGGAATGGGTTATGG
genomic: AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCGgtgagtgaag ... cgatggacagGGAGCTCACTGTGGCATATATGG-ATCCAACTGCCC-GGAATGGGTTATGG
EST: gi|148942583|gb|EC887602.2|EC887602
EST:     AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCG                         GGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
genomic: AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCGgtgagtgaag ... cgatggacagGGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
EST: gi|9254572|gb|BE345040.1|BE345040
EST:     AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCG                         GGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
genomic: AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCGgtgagtgaag ... cgatggacagGGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
EST: gi|211175752|gb|FL129203.1|FL129203
EST:     AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCG                         GGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
genomic: AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCGgtgagtgaag ... cgatggacagGGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
EST: gi|26559314|gb|CA831549.1|CA831549
EST:     AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCG                         GGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
genomic: AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCGgtgagtgaag ... cgatggacagGGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
EST: gi|211174080|gb|FL129195.1|FL129195
EST:     ANAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCG                         GGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
genomic: AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCGgtgagtgaag ... cgatggacagGGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
EST: gi|93282461|gb|EB674725.1|EB674725
EST:     AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCG                         GGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
genomic: AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCGgtgagtgaag ... cgatggacagGGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
EST: gi|149085816|gb|EE175338.2|EE175338
EST:     AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCG                         GGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
genomic: AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCGgtgagtgaag ... cgatggacagGGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
EST: gi|148970227|gb|EE021164.2|EE021164
EST:     AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCG                         GGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
genomic: AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCGgtgagtgaag ... cgatggacagGGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
EST: gi|211174082|gb|FL129197.1|FL129197
EST:     AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCG                         GGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
genomic: AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCGgtgagtgaag ... cgatggacagGGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
EST: gi|211174078|gb|FL129193.1|FL129193
EST:     AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCG                         GGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
genomic: AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCGgtgagtgaag ... cgatggacagGGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
EST: gi|211175750|gb|FL129201.1|FL129201
EST:     AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCG                         GGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
genomic: AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCGgtgagtgaag ... cgatggacagGGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
EST: gi|148999540|gb|EE036511.2|EE036511
EST:     AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCG                         GGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
genomic: AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCGgtgagtgaag ... cgatggacagGGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
EST: gi|211347820|gb|FL132816.1|FL132816
EST:     AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCG                         GGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
genomic: AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCGgtgagtgaag ... cgatggacagGGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
EST: gi|76283292|gb|DV022860.1|DV022860
EST:     AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCG                         GGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
genomic: AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCGgtgagtgaag ... cgatggacagGGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
EST: gi|211174081|gb|FL129196.1|FL129196
EST:     AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCG                         GGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
genomic: AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCGgtgagtgaag ... cgatggacagGGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
EST: gi|211175754|gb|FL129205.1|FL129205
EST:     AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCG                         GGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC
genomic: AGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCGgtgagtgaag ... cgatggacagGGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 3 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 202

GCCGGTGAGTATGTGTGGCAAACGTACGAGGAAGTGTGCCAGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCGgtgagtgaag ... cgatggacagGGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 140

GCCGGTGAGTATGTGTGGCAAACGTACGAGGAAGTGTGCCAGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCGgtgagtgaag ... cgatggacagGGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 339

GCCGGTGAGTATGTGTGGCAAACGTACGAGGAAGTGTGCCAGAAGGTCATGAGGATTGGATCAGCGATCAGAAGCCTGGGCGTAGAGCCGgtgagtgaag ... cgatggacagGGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtatgttcatcgtgaagaattaatggcaactaacttgtcaagtgtcgatggacagGGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAG
                           aactaac  putative branch site (score: 339)
              aagaattaat  TA-rich tract