1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...ggtctttcccttcccggctgagatttttatgaaaaaaatgttgctgaagcttctagtgaaaggattaatatgagttttgctgtttctcgccctgttgtagGTATGATGCTCATTCTGGTGGTGAGCGTGAGATTCAGAGAACCATGTTGGAGTTGTTAAATCAGCTGGATGGTTTTGATTCAAGAGGAGATGTTAAAGTT
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G104373_T01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCTCCTTCAATTGTCTTTATTGATGAGATTGATGCTGTTGGGACAAAGAG GTATGATGCTCATTCTGGTGGTGAGCGTGAGATTCAGAGAACCATGTTGGAEST: gi|87156235|gb|DY401024.1|DY401024
genomic: TCTCCTTCAATTGTCTTTATTGATGAGATTGATGCTGTTGGGACAAAGAGgtatatcaga ... cctgttgtagGTATGATGCTCATTCTGGTGGTGAGCGTGAGATTCAGAGAACCATGTTGGA
EST: NCTCCTTCAATTGTCTTTATTGATGAGATTGATGCTGTTGGGACAAAGAG GTACGATGCTCATTCTGGTGGCGAGCGTGAGATTCAGAGAACCATGTTGGAEST: gi|71318153|gb|DR795840.1|DR795840
genomic: TCTCCTTCAATTGTCTTTATTGATGAGATTGATGCTGTTGGGACAAAGAGgtatatcaga ... cctgttgtagGTATGATGCTCATTCTGGTGGTGAGCGTGAGATTCAGAGAACCATGTTGGA
EST: TCTCCTTCAATTGTCTTTATTGATGAGATTGATGCTGTTGGGACAAAGAG GTATGATGCTCATTCTGGTGGTGAGCGTGAGATTCAGAGAACCATGTTGGAEST: gi|61117980|gb|DN558941.1|DN558941
genomic: TCTCCTTCAATTGTCTTTATTGATGAGATTGATGCTGTTGGGACAAAGAGgtatatcaga ... cctgttgtagGTATGATGCTCATTCTGGTGGTGAGCGTGAGATTCAGAGAACCATGTTGGA
EST: TCTCCTTCAATTGTCTTTATTGATGAGATTGATGCTGTTGGGACAAAGAG GTATGATGCTCATTCTGGTGGTGAGCGTGAGATTCAGAGAACCATGTTGGAEST: gi|4887302|gb|AI677401.1|AI677401
genomic: TCTCCTTCAATTGTCTTTATTGATGAGATTGATGCTGTTGGGACAAAGAGgtatatcaga ... cctgttgtagGTATGATGCTCATTCTGGTGGTGAGCGTGAGATTCAGAGAACCATGTTGGA
EST: TCT-CTTCAA-TGTCTTTATTGATGAGATTGATGCTGTTGGGACAAAGAG GTACGATGCTCATTCTGGTGGCGAGCGTGAGATTCAGAGAACCATGTTGGAEST: gi|47961685|gb|CN844394.1|CN844394
genomic: TCTCCTTCAATTGTCTTTATTGATGAGATTGATGCTGTTGGGACAAAGAGgtatatcaga ... cctgttgtagGTATGATGCTCATTCTGGTGGTGAGCGTGAGATTCAGAGAACCATGTTGGA
EST: GGGACAAAGAG GTATGATGCTCATTCTGGTGGTGAGCGTGAGATTCAGAGAACCATGTTGGAEST: gi|60357188|gb|DN224161.1|DN224161
genomic: GGGACAAAGAGgtatatcaga ... cctgttgtagGTATGATGCTCATTCTGGTGGTGAGCGTGAGATTCAGAGAACCATGTTGGA
EST: TCTCCTTCAATTGTCTTTATTGATGAGATTGATGCTGTTGGGACAAAGAG GTATGATGCTCATTCTGGTGGTGAGCGTGAGATTCAGAGAACCATGTTGGAEST: gi|61117979|gb|DN558940.1|DN558940
genomic: TCTCCTTCAATTGTCTTTATTGATGAGATTGATGCTGTTGGGACAAAGAGgtatatcaga ... cctgttgtagGTATGATGCTCATTCTGGTGGTGAGCGTGAGATTCAGAGAACCATGTTGGA
EST: TCTCCTTCAATTGTCTTTATTGATGAGATTGATGCTGTTGGGACAAAGAG GTATGATGCTCATTCTGGTGGTGAGCGTGAGATTCAGAGAACCATGTTGGAEST: gi|76917636|gb|DV166930.1|DV166930
genomic: TCTCCTTCAATTGTCTTTATTGATGAGATTGATGCTGTTGGGACAAAGAGgtatatcaga ... cctgttgtagGTATGATGCTCATTCTGGTGGTGAGCGTGAGATTCAGAGAACCATGTTGGA
EST: TTCAATTGTCTTTA-TGAATGAGGATTGATGCTGTTGGGACAAAGAG GTATGATGCTCATTCTGGTGGTGAGCGTGAGATTCAGAGAACCATGTTGGAEST: gi|32847761|gb|CD987442.1|CD987442
genomic: TTCAATTGTCTTTATTG-ATGA-GATTGATGCTGTTGGGACAAAGAGgtatatcaga ... cctgttgtagGTATGATGCTCATTCTGGTGGTGAGCGTGAGATTCAGAGAACCATGTTGGA
EST: TCTCCTTCAATTGTCTTTATTGATGAGATTGATGCTGTTGGGACAAAGAG GTATGATGCTCATTCTGGTGGTGAGTGTGAGATTCAGAGAACCATGTTGGAEST: gi|78544201|gb|DV621699.1|DV621699
genomic: TCTCCTTCAATTGTCTTTATTGATGAGATTGATGCTGTTGGGACAAAGAGgtatatcaga ... cctgttgtagGTATGATGCTCATTCTGGTGGTGAGCGTGAGATTCAGAGAACCATGTTGGA
EST: TCTCCTTCAATTGTCTTTATTGATGAGATTGATGCTGTTGGGACAAAGAG GTACGATGCTCATTCTGGTGGCGAGCGTGAGATTCAGAGAACCATGTTGGAEST: gi|61117978|gb|DN558939.1|DN558939
genomic: TCTCCTTCAATTGTCTTTATTGATGAGATTGATGCTGTTGGGACAAAGAGgtatatcaga ... cctgttgtagGTATGATGCTCATTCTGGTGGTGAGCGTGAGATTCAGAGAACCATGTTGGA
EST: TCTCCTTCAATTGTCTTTATTGATGAGATTGATGCTGTTGGGACAAAGAG GTATGATGCTCATTCTGGTGGTGAGCGTGAGATTCAGAGAACCATGTTGGA
genomic: TCTCCTTCAATTGTCTTTATTGATGAGATTGATGCTGTTGGGACAAAGAGgtatatcaga ... cctgttgtagGTATGATGCTCATTCTGGTGGTGAGCGTGAGATTCAGAGAACCATGTTGGA
gaagcttctagtgaaaggattaatatgagttttgctgtttctcgccctgttgtagGTATGATGCTCATTCTGGTGGTGAGCGTGAGATTCAGAGAACCATGTTGGAGTTGTTAAATCAGCTGGATGGTTTTGATTCAAGAGGAGATGTTAAAGTT
gattaat putative branch site (score: 208)
ctgtttctcgccct putative PPT
attaatatgagtttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ggtctttcccttcccggctgagatttttatgaaaaaaatgttgctgaagcttctagtgaaaggattaatatgagttttgctgtttctcgccctgttgtagGTATGATGCTCATTCTGGTGGTGAGCGTGAGATTCAGAGAACCATGTTGGAGTTGTTAAATCAGCTGGATGGTTTTGATTCAAGAGGAGATGTTAAAGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - -ccggctg
- - - - - - - - - - - - - - - -aaaaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gttgctg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -agcttct