1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...tgcagatgtatggtaaaattgcttgacatgtgaaaaacagacagattcattatgatgatctcagtgtctttattacttattaagtttctgctacatgcagTTGGGAAAAGCCAGGTCACAGTCCCTTGTTTGGATATGACTTCTGGTACCAGCCTCGCCACAAGACGATGATCAGTTCGTCATGGGGAGCCCCTGCAGCG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G103812_T02 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCTGGCAATGGCTTCCTGCTGTTGGATTCAGAGTTTAATGTCAAAGGACG TTGGGAAAAGCCAGGTCACAGTCCCTTGTTTGGATATGACTTCTGGTACCAEST: gi|211184168|gb|FL127369.1|FL127369
genomic: GCTGGCAATGGCTTCCTGCTGTTGGATTCAGAGTTTAATGTCAAAGGACGgtaagttctt ... ctacatgcagTTGGGAAAAGCCAGGTCACAGTCCCTTGTTTGGATATGACTTCTGGTACCA
EST: GCTGGCAATGGCTTCCTGCTGTTGGATTCAGAGTTTAATGTCAAAGGACG TTGGGAAAAGCCAGGTCACAGTCCCTTGTTTGGATATGACTEST: gi|38502601|gb|CF972461.1|CF972461
genomic: GCTGGCAATGGCTTCCTGCTGTTGGATTCAGAGTTTAATGTCAAAGGACGgtaagttctt ... ctacatgcagTTGGGAAAAGCCAGGTCACAGTCCCTTGTTTGGATATGACT
EST: GCTGGCAATGGCTTCCTGCTGTTGGATTCAGAGTTTAATGTCAAAGGACG TTGGGAAAAGCCAGGTCACAGTCCCTTGTTTGGATATGACTTCTGGTACCAEST: gi|5268463|gb|AI770427.1|AI770427
genomic: GCTGGCAATGGCTTCCTGCTGTTGGATTCAGAGTTTAATGTCAAAGGACGgtaagttctt ... ctacatgcagTTGGGAAAAGCCAGGTCACAGTCCCTTGTTTGGATATGACTTCTGGTACCA
EST: GCTGGCAATGGCTTCCTGCTGTTGGATTCAGAGTTTAATGTCAAAGGACG TTGGGAAAAGCCAGGTCACAGTCCCTTGTTTGGATATGACTTCTGGTACCAEST: gi|31355194|gb|CD439551.1|CD439551
genomic: GCTGGCAATGGCTTCCTGCTGTTGGATTCAGAGTTTAATGTCAAAGGACGgtaagttctt ... ctacatgcagTTGGGAAAAGCCAGGTCACAGTCCCTTGTTTGGATATGACTTCTGGTACCA
EST: GCTGGCAATGGCTTCCTGCTGTTGGATTCTGAGTTTAATGTCAAAGGACG TTGGGAAAAGCCAGGTCACAGTCCCTTGTTTGGATATGACTTCTGGTACCAEST: gi|31350247|gb|CD434604.1|CD434604
genomic: GCTGGCAATGGCTTCCTGCTGTTGGATTCAGAGTTTAATGTCAAAGGACGgtaagttctt ... ctacatgcagTTGGGAAAAGCCAGGTCACAGTCCCTTGTTTGGATATGACTTCTGGTACCA
EST: GCTGGCAATGGCTTCCTGCTGTTGGATTCAGAGTTTAATGTCAAAGGACG TTGGGAAAAGCCAGGTCACAGTCCCTTGTTTGGATATGACTTCTGGTACCAEST: gi|31354133|gb|CD438490.1|CD438490
genomic: GCTGGCAATGGCTTCCTGCTGTTGGATTCAGAGTTTAATGTCAAAGGACGgtaagttctt ... ctacatgcagTTGGGAAAAGCCAGGTCACAGTCCCTTGTTTGGATATGACTTCTGGTACCA
EST: GCTGGCAATGGCTTCCTGCTGTTGGATTCAGAGTTTAATGTCAAAGGACG TTGGGAAAAGCCAGGTCACAGTCCCTTGTTTGGATATGACTTCTGGTACCAEST: gi|60355186|gb|DN222159.1|DN222159
genomic: GCTGGCAATGGCTTCCTGCTGTTGGATTCAGAGTTTAATGTCAAAGGACGgtaagttctt ... ctacatgcagTTGGGAAAAGCCAGGTCACAGTCCCTTGTTTGGATATGACTTCTGGTACCA
EST: GCTGGCAATGGCTTCCTGCTGTTGGATTCAGAGTTTAATGTCAAAGGACG TTGGGAAAAGCCAGGTCACAGTCCCTTGTTTGGATATGACTTCTGGTACCAEST: gi|31349415|gb|CD433772.1|CD433772
genomic: GCTGGCAATGGCTTCCTGCTGTTGGATTCAGAGTTTAATGTCAAAGGACGgtaagttctt ... ctacatgcagTTGGGAAAAGCCAGGTCACAGTCCCTTGTTTGGATATGACTTCTGGTACCA
EST: GCTGGCAATGGCTTCCTGCTGTTGGATTCAGAGTTTAATGTCAAAGGACG TTGGGAAAAGCCAGGTCACAGTCCCTTGTTTGGATATGACTTCTGGTACCAEST: gi|31360531|gb|CD444888.1|CD444888
genomic: GCTGGCAATGGCTTCCTGCTGTTGGATTCAGAGTTTAATGTCAAAGGACGgtaagttctt ... ctacatgcagTTGGGAAAAGCCAGGTCACAGTCCCTTGTTTGGATATGACTTCTGGTACCA
EST: GCTGGCAATGGCTTCCTGCTGTTGGATTCAGAGTTTAATGTCAAAGGACG TTGGGAAAAGCCAGGTCACAGTCCCTTGTTTGGATATGACTTCTGGTACCAEST: gi|31355476|gb|CD439833.1|CD439833
genomic: GCTGGCAATGGCTTCCTGCTGTTGGATTCAGAGTTTAATGTCAAAGGACGgtaagttctt ... ctacatgcagTTGGGAAAAGCCAGGTCACAGTCCCTTGTTTGGATATGACTTCTGGTACCA
EST: GCTGGCAATGGCTTCCTGCTGTTGGATTCAGAGTTTAATGTCAAAGGACG TTGGGAAAAGCCAGGTCACAGTCCCTTGTTTGGATATGACTTCTGGTACCAEST: gi|31356060|gb|CD440417.1|CD440417
genomic: GCTGGCAATGGCTTCCTGCTGTTGGATTCAGAGTTTAATGTCAAAGGACGgtaagttctt ... ctacatgcagTTGGGAAAAGCCAGGTCACAGTCCCTTGTTTGGATATGACTTCTGGTACCA
EST: GCTGGCAATGGCTTCCTGCTGTTGGATTCAGAGTTTAATGTCAAAGGACG TTGGGAAAAGCCAGGTCACAGTCCCTTGTTTGGATATGACTTCTGGTACCAEST: gi|29167955|gb|CB411215.1|CB411215
genomic: GCTGGCAATGGCTTCCTGCTGTTGGATTCAGAGTTTAATGTCAAAGGACGgtaagttctt ... ctacatgcagTTGGGAAAAGCCAGGTCACAGTCCCTTGTTTGGATATGACTTCTGGTACCA
EST: GCTGGCAATGGCTTCCTGCTGTTGGATTCAGAGTTTAATGTCAAAGGACG TTGGGAAAAGCCAGGTCACAGTCCCTTGTTTGGATATGACTTCTGGTACCAEST: gi|14701286|gb|BI233704.1|BI233704
genomic: GCTGGCAATGGCTTCCTGCTGTTGGATTCAGAGTTTAATGTCAAAGGACGgtaagttctt ... ctacatgcagTTGGGAAAAGCCAGGTCACAGTCCCTTGTTTGGATATGACTTCTGGTACCA
EST: GAGTTTAATGTCAAAGGACG TTGGGAAAAGCCAGGTCACAGTCCCTTGTTTGGATATGACTTCTGGTACCAEST: gi|14701287|gb|BI233705.1|BI233705
genomic: GAGTTTAATGTCAAAGGACGgtaagttctt ... ctacatgcagTTGGGAAAAGCCAGGTCACAGTCCCTTGTTTGGATATGACTTCTGGTACCA
EST: TTCAGAGTTTAATGTCAAAGGACG TTGGGAAAAGCCAGGTCACAGTCCCTTGTTTGGATATGACTTCTGGTACCAEST: gi|67031397|gb|CO460146.1|CO460146
genomic: TTCAGAGTTTAATGTCAAAGGACGgtaagttctt ... ctacatgcagTTGGGAAAAGCCAGGTCACAGTCCCTTGTTTGGATATGACTTCTGGTACCA
EST: GCTGGCAATGGCTTCCTGCTGTTGGATTCAGAGTTTAATGTCAAAGGACG TTGGGAAAAGCCAGGTCACAGTCCCTTGTTTGGATATGACTTCTGGTACCA
genomic: GCTGGCAATGGCTTCCTGCTGTTGGATTCAGAGTTTAATGTCAAAGGACGgtaagttctt ... ctacatgcagTTGGGAAAAGCCAGGTCACAGTCCCTTGTTTGGATATGACTTCTGGTACCA
ttcattatgatgatctcagtgtctttattacttattaagtttctgctacatgcagTTGGGAAAAGCCAGGTCACAGTCCCTTGTTTGGATATGACTTCTGGTACCAGCCTCGCCACAAGACGATGATCAGTTCGTCATGGGGAGCCCCTGCAGCG
tttctgct CT-rich tract
tctttattacttatta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgcagatgtatggtaaaattgcttgacatgtgaaaaacagacagattcattatgatgatctcagtgtctttattacttattaagtttctgctacatgcagTTGGGAAAAGCCAGGTCACAGTCCCTTGTTTGGATATGACTTCTGGTACCAGCCTCGCCACAAGACGATGATCAGTTCGTCATGGGGAGCCCCTGCAGCG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
-gcagatg
- - - - - - - - - -tgcttga
- - - - - - - - - - - - - - - - aaaaaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgatgat