Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtctattattttgcaaatagtttaccctattcccacattcatatttagttacccttttatctaaattgtttgctttctacagGCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTAAACAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G102639_T01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G102639_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os10g31900.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
gtaagtctattatt-----ttgcaaatagt------ttacccta---ttcccacattcat---atttagttacccttttatctaaattgtttgctttctacagGCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTAAACAAG
||||||||||  |        |||||||||       |||  ||   || | | || |||   || ||| |   || || ||| |  | |||  ||| |  |||||||||||| |||||| |||||||| |||||||| || || |||||||||||||||
gtaagtctatcttgggtgaaggcaaatagtacttttctactgtacactttcaatatccattcaatatagcttttctgtt-tcttatctatttatttttt-tagGCTATTAAGATTTTGAATATGATCAAGCTATATGGAAAACCAATAAGAGTAAACAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|26558877|gb|CA831112.1|CA831112
EST:     ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTAT                         GCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
genomic: ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTATgtaagtctat ... ctttctacagGCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
EST: gi|78090866|gb|DV519240.1|DV519240
EST:     ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTAT                         GCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
genomic: ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTATgtaagtctat ... ctttctacagGCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
EST: gi|91056510|gb|EB166928.1|EB166928
EST:     ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTAT                         GCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
genomic: ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTATgtaagtctat ... ctttctacagGCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
EST: gi|148943004|gb|EC888052.2|EC888052
EST:     ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTAT                         GCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
genomic: ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTATgtaagtctat ... ctttctacagGCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
EST: gi|87157489|gb|DY402278.1|DY402278
EST:     ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTAT                         GCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
genomic: ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTATgtaagtctat ... ctttctacagGCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
EST: gi|33467168|gb|CF244217.1|CF244217
EST:     ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTAT                         GCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
genomic: ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTATgtaagtctat ... ctttctacagGCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
EST: gi|148956981|gb|EC902927.2|EC902927
EST:     ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTAT                         GCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
genomic: ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTATgtaagtctat ... ctttctacagGCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
EST: gi|148933043|gb|EE285938.2|EE285938
EST:     ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTAT                         GCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
genomic: ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTATgtaagtctat ... ctttctacagGCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
EST: gi|78124664|gb|DV543048.1|DV543048
EST:     ACCAGGGATATGGATTTGTAAAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTAT                         GCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGAA
genomic: ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTATgtaagtctat ... ctttctacagGCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
EST: gi|50322326|gb|CO517452.1|CO517452
EST:     ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTAT                         GCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
genomic: ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTATgtaagtctat ... ctttctacagGCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
EST: gi|89762379|gb|DY689990.1|DY689990
EST:     ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTAT                         GCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
genomic: ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTATgtaagtctat ... ctttctacagGCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
EST: gi|94477767|gb|EB706725.1|EB706725
EST:     ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTAT                         GCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
genomic: ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTATgtaagtctat ... ctttctacagGCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
EST: gi|76288123|gb|DV027691.1|DV027691
EST:     ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTAT                         GCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
genomic: ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTATgtaagtctat ... ctttctacagGCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
EST: gi|71425499|gb|DR806709.1|DR806709
EST:     ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTAT                         GCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
genomic: ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTATgtaagtctat ... ctttctacagGCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
EST: gi|31355533|gb|CD439890.1|CD439890
EST:     GAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTAT                         GCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTAT-TCGGGAAGCCCATAAGAGT
genomic: GAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTATgtaagtctat ... ctttctacagGCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATAT-GGGAAGCCCATAAGAGT
EST: gi|76291455|gb|DV031023.1|DV031023
EST:     ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTAT                         GCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
genomic: ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTATgtaagtctat ... ctttctacagGCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
EST: gi|76015742|gb|DT942912.1|DT942912
EST:     ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTAT                         GCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
genomic: ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTATgtaagtctat ... ctttctacagGCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
EST: gi|76290093|gb|DV029661.1|DV029661
EST:     ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTAT                         GCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
genomic: ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTATgtaagtctat ... ctttctacagGCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
EST: gi|148961210|gb|EE011925.2|EE011925
EST:     ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTAT                         GCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
genomic: ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTATgtaagtctat ... ctttctacagGCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
EST: gi|86472905|gb|DY239275.1|DY239275
EST:     ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCGGGAGCGAGGAAGATGCAGATTAT                         GCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
genomic: ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTATgtaagtctat ... ctttctacagGCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
EST: gi|78124734|gb|DV543118.1|DV543118
EST:     ACCAGGGATATGGATTTGTAAAATTCGGGAGCGAGGAAGATGCAGATTAT                         GCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
genomic: ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTATgtaagtctat ... ctttctacagGCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
EST: gi|148938096|gb|EC882358.2|EC882358
EST:     ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTAT                         GCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
genomic: ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTATgtaagtctat ... ctttctacagGCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tattcccacattcatatttagttacccttttatctaaattgtttgctttctacagGCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTAAACAAG
                               atctaaa  putative branch site (score: 3)
                                         tttgctttct  putative PPT
                           ttttatctaaattgtt  TA-rich tract