Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtttgcattttgttgtccacaattctatgcttgatactgtggctgatgatgccttccttctacttctactgtagTTTATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTTTATCAGCTGGATCAGGAATGCCTTGATGTCTACAAGAGGAAAGTTGACC

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G101874_T01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G101874_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os06g20370.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
----------------------gtatgtttgcattttg----ttgtccacaattctatgcttgatactgtggc-tgatgatgccttccttctacttcta---ctgtagTTTATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTTTATCAGCTGGATCAGGAATGCCTTGATGTCTACAAGAGGAAAGTTGACC
                      ||   |||||  |  |    | ||  |    | | ||| |     ||||   ||||  ||   | |||||  |  ||   ||| |||| ||||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||| || ||| | |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||
gtgcgtgattgatttgttgcttgtgcttttgcgatccgcgtctagtttatgcatttgtgccttgctttgtgttgtgatagtggtgtgcttctgttcttaaaactgcagTTGATATGGGATGAAGTTGGTGAGAGCGACGAGGACCGCGACAAGGTCCTGTACCAGTTAGATCAGGAGTGCCTGGATGTTTACAAGAGGAAAGTTGACC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211437198|gb|FL306605.1|FL306605
EST:     CAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAG                         TTTATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTT
genomic: CAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAGgtatgtttgc ... tctactgtagTTTATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTT
EST: gi|211280480|gb|FL384370.1|FL384370
EST:     CAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAG                         TTTATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTT
genomic: CAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAGgtatgtttgc ... tctactgtagTTTATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTT
EST: gi|211310687|gb|FL360931.1|FL360931
EST:     CAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAG                         TTGATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTT
genomic: CAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAGgtatgtttgc ... tctactgtagTTTATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTT
EST: gi|148932084|gb|EC875451.2|EC875451
EST:     CAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAG                         TTTATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTT
genomic: CAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAGgtatgtttgc ... tctactgtagTTTATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTT
EST: gi|148946917|gb|EC892199.2|EC892199
EST:     CAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAG                         TTTATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTT
genomic: CAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAGgtatgtttgc ... tctactgtagTTTATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTT
EST: gi|26456561|gb|CA828144.1|CA828144
EST:     TACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAG                         TTTATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTT
genomic: TACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAGgtatgtttgc ... tctactgtagTTTATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTT
EST: gi|29168001|gb|CB411261.1|CB411261
EST:     CAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAG                         TTTATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTT
genomic: CAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAGgtatgtttgc ... tctactgtagTTTATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTT
EST: gi|149058039|gb|EE156723.2|EE156723
EST:     CAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAG                         TTTATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTT
genomic: CAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAGgtatgtttgc ... tctactgtagTTTATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTT
EST: gi|30087269|gb|CB885477.1|CB885477
EST:     CAGTGATGGCCGGAGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAG                         TTTATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTT
genomic: CAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAGgtatgtttgc ... tctactgtagTTTATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTT
EST: gi|31558097|gb|CD527309.1|CD527309
EST:     CAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAG                         TTTATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTT
genomic: CAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAGgtatgtttgc ... tctactgtagTTTATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTT
EST: gi|166484709|gb|EG306447.1|EG306447
EST:     TGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAG                         TTTATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTT
genomic: TGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAGgtatgtttgc ... tctactgtagTTTATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTT
EST: gi|30087270|gb|CB885478.1|CB885478
EST:     CAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAG                         TTTATATGGGTTGATGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTT
genomic: CAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAGgtatgtttgc ... tctactgtagTTTATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTT
EST: gi|211137588|gb|FL389534.1|FL389534
EST:     CAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAG                         TTTATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTT
genomic: CAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAGgtatgtttgc ... tctactgtagTTTATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTT
EST: gi|211262089|gb|FL418798.1|FL418798
EST:     CAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAG                         TTTATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTT
genomic: CAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAGgtatgtttgc ... tctactgtagTTTATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTT
EST: gi|211374013|gb|FL281466.1|FL281466
EST:     CAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAARTTGCAG                         TTTATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTT
genomic: CAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAGgtatgtttgc ... tctactgtagTTTATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTT
EST: gi|211511641|gb|FL407272.1|FL407272
EST:     CAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAG                         TTTATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTT
genomic: CAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAGgtatgtttgc ... tctactgtagTTTATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTT
EST: gi|211404049|gb|FL322177.1|FL322177
EST:     CAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAG                         TTGATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTT
genomic: CAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAGgtatgtttgc ... tctactgtagTTTATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTT
EST: gi|211189068|gb|FL364427.1|FL364427
EST:     CAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAG                         TTGATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTT
genomic: CAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAGgtatgtttgc ... tctactgtagTTTATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTT
EST: gi|166585578|gb|EG107408.1|EG107408
EST:     TGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAG                         TTTATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTT
genomic: TGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAGgtatgtttgc ... tctactgtagTTTATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTT
EST: gi|29544808|gb|CB605416.1|CB605416
EST:     CAGTGATGGCCGGAGAAATAACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAG                         TTTATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTT
genomic: CAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAGgtatgtttgc ... tctactgtagTTTATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTT
EST: gi|211154722|gb|FL378545.1|FL378545
EST:     CAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAG                         TTTATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTT
genomic: CAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAGgtatgtttgc ... tctactgtagTTTATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTT
EST: gi|211357081|gb|FL344664.1|FL344664
EST:     CAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAG                         TTGATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTT
genomic: CAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAGgtatgtttgc ... tctactgtagTTTATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTT
EST: gi|211291088|gb|FL325931.1|FL325931
EST:     CAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAG                         TTGATATGGGATGAAGTTGGAGAGAAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCT
genomic: CAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAGgtatgtttgc ... tctactgtagTTTATATGGGATGAAGTTGGAGAGA-GTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCT
EST: gi|211121781|gb|FL425238.1|FL425238
EST:     CAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAG                         TTGATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTT
genomic: CAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAGgtatgtttgc ... tctactgtagTTTATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTT
EST: gi|211197583|gb|FL428825.1|FL428825
EST:     CAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAG                         TTTATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTT
genomic: CAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAGgtatgtttgc ... tctactgtagTTTATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTT
EST: gi|211194870|gb|FL416650.1|FL416650
EST:     CAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAG                         TTTATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTT
genomic: CAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAGgtatgtttgc ... tctactgtagTTTATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTT
EST: gi|211211707|gb|FL374153.1|FL374153
EST:     CAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAG                         TTTATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTT
genomic: CAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAGgtatgtttgc ... tctactgtagTTTATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTT
EST: gi|211353641|gb|FL411984.1|FL411984
EST:     CAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAG                         TTTATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGGCCGTGACAAGGTCCTT
genomic: CAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAGgtatgtttgc ... tctactgtagTTTATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTT
EST: gi|91875287|gb|EB405244.1|EB405244
EST:     CAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAG                         TTTATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTT
genomic: CAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAGgtatgtttgc ... tctactgtagTTTATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 1711

GTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAGgtatgtttgc ... tctactgtagTTTATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTTTATCAGCTGGATCAGGAATGCCTTGATGTCTACAAGAGGAAAGTTGACC


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 228

GTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAGgtatgtttgc ... tctactgtagTTTATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTTTATCAGCTGGATCAGGAATGCCTTGATGTCTACAAGAGGAAAGTTGACC


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 271

GTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAGgtatgtttgc ... tctactgtagTTTATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTTTATCAGCTGGATCAGGAATGCCTTGATGTCTACAAGAGGAAAGTTGACC


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 387

GTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAGgtatgtttgc ... tctactgtagTTTATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTTTATCAGCTGGATCAGGAATGCCTTGATGTCTACAAGAGGAAAGTTGACC




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

caattctatgcttgatactgtggctgatgatgccttccttctacttctactgtagTTTATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTTTATCAGCTGGATCAGGAATGCCTTGATGTCTACAAGAGGAAAGTTGACC
                     ggctgat  putative branch site (score: 387)
                              tgccttccttctactt  putative PPT
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgtttgcattttgttgtccacaattctatgcttgatactgtggctgatgatgccttccttctacttctactgtagTTTATATGGGATGAAGTTGGAGAGAGTGAGGAGGACCGTGACAAGGTCCTTTATCAGCTGGATCAGGAATGCCTTGATGTCTACAAGAGGAAAGTTGACC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGGA