Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgccttctctgctttagcggttgaagagaatgaggttctttcagtttggtcactgatgcaccgttttccctctatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTTTCAGTCCCATTGAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G101217_T03
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G101217_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os01g68390.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
gtgccttctctgctttagcggttgaagagaatgaggttctt---tcagtttggtcactgatgcaccgttttccctctatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTTTCAGTCCCATTGAAG
|||  ||||     |   |  | | |   | ||   || ||   ||||||||  |  ||||||   || ||   ||| ||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||| || || |||||||||||||||||||||||| |||||
gtgttttcttaagctgttcaatagcatgtagtgtcatttttctgtcagtttgacccttgatgcgtggtctt---tctctggtgcagCCATGGTATGCCTATGCAATAGCTGCATCAATCCTCCGTACAGCAAATCTTTCAGTCCCACTGAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211531113|gb|FL426903.1|FL426903
EST:     TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG                         CCATGGTATGCCTACGCAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
genomic: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
EST: gi|211153475|gb|FL406036.1|FL406036
EST:     TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG                         CCATGGTATGCCTACGCAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCYT
genomic: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
EST: gi|211057983|gb|FL426573.1|FL426573
EST:     TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG                         CCATGGTATGCCTACGCAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
genomic: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
EST: gi|211269212|gb|FL410574.1|FL410574
EST:     TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG                         CCATGGTATGCCTACGCAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
genomic: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
EST: gi|76924073|gb|DV169790.1|DV169790
EST:     TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG                         CCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
genomic: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
EST: gi|93012306|gb|EB637826.1|EB637826
EST:     TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG                         CCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
genomic: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
EST: gi|71312573|gb|DR792811.1|DR792811
EST:     TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG                         CCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
genomic: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
EST: gi|50325602|gb|CO520728.1|CO520728
EST:     TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG                         CCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
genomic: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
EST: gi|211209580|gb|FL394645.1|FL394645
EST:     TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG                         CCATGGTATGCCTACGCAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
genomic: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
EST: gi|89250708|gb|DY622494.1|DY622494
EST:     GTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCCGTGGAGCTCTTTAAG                         CCATGGTATGCCCTACACAATAGCAGCATCCATTCTGCGTACAGCAAATCT
genomic: GTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCC-GTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCC-TACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCT
EST: gi|211491486|gb|FL425979.1|FL425979
EST:     TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG                         CCATGGTATGCCTACGCAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
genomic: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
EST: gi|37417541|gb|CF646424.1|CF646424
EST:     GTATAAGAAGCATGATATCGCCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG                         CCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
genomic: GTATAAGAAGCATGATATCGC-TTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
EST: gi|93012540|gb|EB638060.1|EB638060
EST:     TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG                         CCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
genomic: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
EST: gi|211063350|gb|FL405207.1|FL405207
EST:     TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG                         CCATGGTATGCCTACGCAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACA
genomic: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACA
EST: gi|101391071|gb|EB817469.1|EB817469
EST:     TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG                         CCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
genomic: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
EST: gi|211197467|gb|FL425782.1|FL425782
EST:     TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG                         CCATGGTATGCCTACGCAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
genomic: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
EST: gi|211164475|gb|FL391064.1|FL391064
EST:     TGTATAAGANGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG                         CCATGGTATGCCTACGCAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
genomic: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
EST: gi|211428747|gb|FL388358.1|FL388358
EST:     GTATAAGAAGCATGATRATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG                         CCATGGTATGCCTACGCAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
genomic: GTATAAGAAGCATGAT-ATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
EST: gi|211524044|gb|FL387968.1|FL387968
EST:     TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG                         CCATGGTATGCCTACGCAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
genomic: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
EST: gi|76281532|gb|DV021100.1|DV021100
EST:     TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG                         CCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
genomic: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
EST: gi|148959299|gb|EE010710.2|EE010710
EST:     TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG                         CCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
genomic: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
EST: gi|211054342|gb|FL401189.1|FL401189
EST:     TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG                         CCATGGTATGCCTACGCAATAGCAGCATCGATTC
genomic: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTC
EST: gi|211428657|gb|FL384948.1|FL384948
EST:     GGATAAGAAGCATGATATCCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG                         CCATGGTATGCCTACGCAATAGCAGCATCGATTCTGCGT
genomic: GTATAAGAAGCATGATATC-GCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGT
EST: gi|148960597|gb|EE011219.2|EE011219
EST:     TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG                         CCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATTCT
genomic: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAAT-CT
EST: gi|211085712|gb|FL420035.1|FL420035
EST:     TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG                         CCATGGTATGCCTACGCAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
genomic: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
EST: gi|71418854|gb|DR804568.1|DR804568
EST:     TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG                         CCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
genomic: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
EST: gi|50337135|gb|CO532261.1|CO532261
EST:     TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG                         CCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
genomic: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
EST: gi|71327533|gb|DR800378.1|DR800378
EST:     TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG                         CCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
genomic: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
EST: gi|50336106|gb|CO531232.1|CO531232
EST:     TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG                         CCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
genomic: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
EST: gi|71303088|gb|DR787655.1|DR787655
EST:     TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAG                         CCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT
genomic: TGTATAAGAAGCATGATATCGCTTGGTTTACTCCCGTGGAGCTCTTTAAGgtgccttctc ... tatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gaatgaggttctttcagtttggtcactgatgcaccgttttccctctatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTTTCAGTCCCATTGAAG
                       cactgat  putative branch site (score: 3)
                               caccgttttccctct  CT-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgccttctctgctttagcggttgaagagaatgaggttctttcagtttggtcactgatgcaccgttttccctctatggtgcagCCATGGTATGCCTACACAATAGCAGCATCGATTCTGCGTACAGCAAATCTTTCAGTCCCATTGAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGAAG