Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagtgttcctttgtacttcctgagaacatgttcatttgttagtgaatgcatctcgacagcctttgtctcttttaaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCAAGGATGGCTACATGATCTCATCTGGTCAGCCAGTGAACGAGTACATTG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G099352_T04
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G099352_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os03g38000.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
gtgagtgttcctttgtacttcctgaga-acatgttcatttgtta------gtgaatgcatctcgacagcctttgtctcttttaaaataa-cagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCAAGGATGGCTACATGATCTCATCTGGTCAGCCAGTGAACGAGTACATTG
||||||    | ||||||      |   |||||| ||  ||| |      ||  |  |||       |   |  || ||||     ||  ||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
gtgagt---tccttgtacaataaaaattacatgtgcaaatgtgatattttgtacacacattaaagttgaactgatccctttattcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCAAGGATGGTTACATGATCTCATCTGGTCAGCCAGTCAATGAGTACATTG

upper sequence: GRMZM2G099352_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 1
lower sequence: PP1S127_74V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 4
--------------gtg-agtgttcctttgtacttcctgagaacatgttcatttgttagtgaatgcatctcgacagcctttgt-ctcttttaaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCAAGGATGGCTACATGATCTCATCTGGTCAGCCAGTGAACGAGTACATTG
               ||  |      | ||| |   |  | ||| |    |||| ||  | | |  ||    |    ||   | || | |     |||||||| || ||||| ||||||||  | ||     | || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    || || ||||| ||||| |
acatcttctctagtatgcggcaagtatctgt-caagcaaaaaactttacaatttttttttaattaaatgcaaatgatctcgttgctgtatgttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTCAAGGATGGTTACATGATCTCATCTGGGAGCCCTGTCAACGATTACATCG

upper sequence: GRMZM2G099352_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 1
lower sequence: PP1S31_178V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 4
-----------gtgagtgttcctttgtacttcctgagaacatgttcatt--tgttagtgaatgcatctcgacagcctttgtctctt--ttaaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCAAGGATGGCTACATGATCTCATCTGGTCAGCCAGTGAACGAGTACATTG
              | || | |  |||     |||  |   ||     |  |||  ||  || |||||        || || | |   |     | ||||||||| ||||||||||||||  | ||     | || |||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||    || || ||||| |||||||
aattgagctttagcactgcttcactgttacatctggaagattgcaggatattgtatgtagattcatctttgtctaattagtttgtgggtggcggtcacagGTGATAGTGAGTGGAAAGCTTCGTGCAGCTCGTGCAAAGTCCATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATATCATCTGGAAGCCCTGTCAACGACTACATTG

upper sequence: GRMZM2G099352_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 1
lower sequence: PP1S41_146V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 4
----------gtga-gtgttcctttgtacttcctgagaaca-tgttcattt--gttagtgaatgcatctcgacagcctttgtctcttttaa-aataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCAAGGATGGCTACATGATCTCATCTGGTCAGCCAGTGAACGAGTACATTG
          |||| || |    | ||   ||      ||| |  ||  |   |||||   |    | |   | |  |   |  | | |   |||   |||| || || |||||||||||  | ||     |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||    || || ||||| ||||| |
acttgataatgtgatgtatggagtagtggctctgacttacagtcatcgctacagttagcagaattgtgtaatctgattagttgacgtgtgggaattgtagGTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTCAAGGATGGCTACATGATTTCATCAGGAAGCCCCGTCAACGATTACATCG

upper sequence: GRMZM2G099352_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 1
lower sequence: PP1S29_222V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 4
----gtgagtgttcctttgtacttcctgagaacatgttcatttgttagtgaatgca---tctcgacagcctttgtctcttttaaaa--------taacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCAAGGATGGCTACATGATCTCATCTGGTCAGCCAGTGAACGAGTACATTG
     |  | ||    |  ||   | |||        || |||||     |  |||   | |     || | |  | |  | ||          | |||||| || || ||||||||| |  | |||   || |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||    || || || || || ||||
aagcatttgagtgtgatcatatgccgtgaagtagccctcgtttgtagaatatagcagaatgtgcgatgcttgtaacacaatcaaggggctgggtttacagGTCATTGTCAGTGGAAAGTTGCGTGCCGCTAGGGCCAAGTCTATGAAATTCAAGGATGGCTACATGATCTCATCCGGAAGCCCCGTCAATGATTATATTG

upper sequence: GRMZM2G099352_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 1
lower sequence: PP1S454_3V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 4
---------------gtgagtgttcctttgtacttcctgagaacatgttcatttgttagtgaatgcatctcgacagcctttgtctcttttaaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCAAGGATGGCTACATGATCTCATCTGGTCAGCCAGTGAACGAGTACATTG
                  ||||   ||    ||  ||  | |   | |   |  ||  ||| | ||||   |  |   | |       ||    |  ||||| || || ||||| |||||  | |||   || |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||    || || || || ||||| |
tcctttttctcatggagtagtgcgtctgaagacacccgaatactttctggttaagtaggtgcaagcattgtgtgacgatgttagcgggtttggcttgcagGTCATTGTCAGTGGCAAGCTGCGTGCCGCTAGGGCCAAGTCTATGAAGTTCAAGGACGGCTACATGATTTCATCCGGAAGCCCTGTCAATGATTACATCG

upper sequence: GRMZM2G099352_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 1
lower sequence: PP1S136_175V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 4
---------------gtgagtgttcctttgtacttcctgagaacatgttcatttgttagtgaatgcat-ctcgacagcctttgtctcttttaaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCAAGGATGGCTACATGATCTCATCTGGTCAGCCAGTGAACGAGTACATTG
                    | |    | ||      |   |  |   ||| || | ||  |     | ||| ||    |   ||  | | |   |  ||||||||||| |||||||||||  | ||     | ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||    || || ||||| |||||||
atggagtttgaactgaaatatatgatgtggttaacgtttgtactactatcagttatcagctatcagttgctcaacgtattccatcg-tgtgacggttgcagGTGATCGTAAGTGGAAAGCTGCGCGCAGCTCGTGCCAAGTCCATGAAGTTCAAGGACGGCTATATGATTTCATCAGGAAGCCCTGTCAACGATTACATTG

upper sequence: GRMZM2G099352_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 1
lower sequence: EFJ31038 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 4
gtgagtgttcctttgtacttcctgagaacatgttcatttgttagtgaatgcatctcgacagcctttgtctcttttaaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCAAGGATGGCTACATGATCTCATCTGGTCAGCCAGTGAACGAGTACATTG
      ||      | ||| |  |  |   || || |  | | || | |  ||  |         || ||| |||       |||||||| ||||| || |||||| | |||||| | |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| |||||    || |||||||||| ||| |
------gtatggacgaact-ctcggcattttgctcttcaggttgtaactttattcc---------tggctccttt-------cagGTGATTGTGAGCGGCAAGCTCCGAGCCCAACGCGCCAAGTCGATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATCTCGTCTGGCAGCCCCGTGAACGAGTTCATCG

upper sequence: GRMZM2G099352_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 1
lower sequence: EFJ34304 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 4
gtgagtgttcctttgtacttcctgagaacatgttcatttgttagtgaatgcatctcgacagcctttgtctcttttaaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCAAGGATGGCTACATGATCTCATCTGGTCAGCCAGTGAACGAGTACATTG
      ||      | ||| |  |  |   || || |  | | || | | |||  |         || ||| |||       |||||||| ||||| || |||||| | |||||| | |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| |||||    || |||||||||| |||||
------gtatggacgaact-ctcggcattttgctcttcaggttgtaacttcattcc---------tggctccttt-------cagGTGATTGTGAGCGGCAAGCTCCGAGCCCAACGCGCCAAGTCGATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATCTCGTCTGGCAGCCCCGTGAACGAGTTCATTG

upper sequence: GRMZM2G099352_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 1
lower sequence: EFJ34676 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 4
gtgagtgttcctttgtacttcctgagaacatgttcatttgttagtgaatgcatctcgacagcctttgtctcttttaaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCAAGGATGGCTACATGATCTCATCTGGTCAGCCAGTGAACGAGTACATTG
      ||      | ||| |  |  |   || || |  | | || | |  ||  |         || ||| |||       |||||||| ||||| || |||||| | |||||| | |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| |||||    || |||||||||| |||||
------gtatggacgaact-ctcggcattttgctcttcaggttgtaactttattcc---------tggctccttt-------cagGTGATTGTGAGCGGCAAGCTCCGAGCCCAACGCGCCAAGTCGATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATCTCGTCTGGCAGCCCCGTGAACGAGTTCATTG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32862940|gb|CF002622.1|CF002622
EST:     GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|29545002|gb|CB605180.1|CB605180
EST:     GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|6540618|gb|AW225280.1|AW225280
EST:     CAAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: CAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|148940207|gb|EC884975.2|EC884975
EST:     GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGGGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|13557963|gb|BG549319.1|BG549319
EST:     GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|91876194|gb|EB406151.1|EB406151
EST:     GCTACGGTGTTTTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|37379543|gb|CF626516.1|CF626516
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|15426980|gb|BI542802.1|BI542802
EST:     GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|28911403|gb|BM075425.2|BM075425
EST:     GTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|60342068|gb|DN209041.1|DN209041
EST:     GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|74243889|gb|DT651803.1|DT651803
EST:     GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|31909983|gb|CD651193.1|CD651193
EST:     GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|71445502|gb|DR826552.1|DR826552
EST:     GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|5713842|gb|AI943827.1|AI943827
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|166645399|gb|EG158529.1|EG158529
EST:     TATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: TATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|37374483|gb|CF623604.1|CF623604
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|4887427|gb|AI677526.1|AI677526
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|37388633|gb|CF631526.1|CF631526
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|88751101|gb|DY535242.1|DY535242
EST:     GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|29545035|gb|CB605213.1|CB605213
EST:     GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|14529240|gb|BI096373.1|BI096373
EST:     GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|71445501|gb|DR826551.1|DR826551
EST:     GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|28911348|gb|BM074837.2|BM074837
EST:     GTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|60398429|gb|DN231245.1|DN231245
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|31910330|gb|CD651369.1|CD651369
EST:     GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|31664142|gb|CD573322.1|CD573322
EST:     GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|32865418|gb|CF005100.1|CF005100
EST:     GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|89250739|gb|DY622525.1|DY622525
EST:     GCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|30306735|gb|CD001408.1|CD001408
EST:     CAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: CAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|27521967|gb|CA989073.1|CA989073
EST:     GCTACGGTGTTTTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|60341589|gb|DN208562.1|DN208562
EST:     GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|94478638|gb|EB707596.1|EB707596
EST:     GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|6742594|gb|AW313409.1|AW313409
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|16926690|gb|BM079758.1|BM079758
EST:     GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|76019501|gb|DT946671.1|DT946671
EST:     GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|211138256|gb|FL356401.1|FL356401
EST:     GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|31405890|gb|CD484622.1|CD484622
EST:     GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|71774007|gb|DR971894.1|DR971894
EST:     GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|21828608|gb|BQ703292.1|BQ703292
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|24763191|gb|CA398374.1|CA398374
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|211416665|gb|FL317443.1|FL317443
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|17921579|gb|BM259230.1|BM259230
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|211098205|gb|FL312088.1|FL312088
EST:     ATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: ATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|28911352|gb|BM348864.2|BM348864
EST:     GTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|88751339|gb|DY535480.1|DY535480
EST:     GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|211149446|gb|FL325047.1|FL325047
EST:     GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|166568495|gb|EG206949.1|EG206949
EST:     CAAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: CAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|47962772|gb|CN845481.1|CN845481
EST:     GGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTCGTGAG                         GTGATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|60342368|gb|DN209341.1|DN209341
EST:     GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|71425280|gb|DR806590.1|DR806590
EST:     TTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: TTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|18383691|gb|BM416891.1|BM416891
EST:     AGGGTTGTGAG                         GTGATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCCAAGAGCCCAGTCCATGAAGTTC
genomic: AGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|213186778|gb|FM188940.1|FM188940
EST:     GTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|32911113|gb|CF015925.1|CF015925
EST:     ACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: ACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|22520626|gb|BU079437.1|BU079437
EST:     CCAAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: CCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|60352449|gb|DN219422.1|DN219422
EST:     GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|16927388|gb|BM080457.1|BM080457
EST:     GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|5608080|gb|AI901747.1|AI901747
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|88755067|gb|DY539208.1|DY539208
EST:     GCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 1181

GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCAAGGATGGCTACATGATCTCATCTGGTCAGCCAGTGAACGAGTACATTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 1056

GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCAAGGATGGCTACATGATCTCATCTGGTCAGCCAGTGAACGAGTACATTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 1043

GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCAAGGATGGCTACATGATCTCATCTGGTCAGCCAGTGAACGAGTACATTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 749

GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttc ... aaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCAAGGATGGCTACATGATCTCATCTGGTCAGCCAGTGAACGAGTACATTG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgttcatttgttagtgaatgcatctcgacagcctttgtctcttttaaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCAAGGATGGCTACATGATCTCATCTGGTCAGCCAGTGAACGAGTACATTG
                               cctttgtctctttta  CT-rich tract
                                     tctcttttaaaataa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgagtgttcctttgtacttcctgagaacatgttcatttgttagtgaatgcatctcgacagcctttgtctcttttaaaataacagGTGATCGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCAAGGATGGCTACATGATCTCATCTGGTCAGCCAGTGAACGAGTACATTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGATG