Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaaaggaaatgtcctatctttgtattatgcctgtccttggtgcttacctcctttcagtatttcatttcatggtaaccaatttgtcaaatgcagAAGTTGGATCACAGATGGAATGGTGTAACCAGTCGAGCTCTTTAGGATATGATGGCCAAGATAATTTCTATCCG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G098174_T01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G098174_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os01g22630.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
gtaaaag---gaaatgtc---ctatctttgtattatgcctgtccttggtgcttacctcctttcagtatttcatttcatggtaaccaatttgtcaaatgcagAAGTTGGATCACAGATGGAATGGTGTAACCAGTCGAGCTCTTTAGGATATGATGGCCAAGATAATTTCTATCCG
||||||    ||| || |    |   || ||        | ||  | ||||||   | || |   |||    |    | ||||   |||| |  |||||||||||||||||||  | |||||||| |||  |    |||||||||||||||||||||||||| |  |  | ||||
gtaaaaacatgaactggcagcttgctttcgtccacatgttatctgttgtgctttatttctctt--tatgctgtcgggtcgtaatacatttattgaatgcagAAGTTGGATCACCTACGGAATGGTATAATAACCAAAGCTCTTTAGGATATGATGGCCAAGACATCTATTTTCCG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71419126|gb|DR804656.1|DR804656
EST:     AAATGTTTTTGTTCCTGCTACTGCAACTCCCTACCAATATGGTTATGCAG                         AAGTTGGATCACAGATGGAATGGTGTAACCAGTCGAGCTCTTTAGGATATG
genomic: AAATGTTTTTGTTCCTGCTACTGCAACTCCCTACCAATATGGTTATGCAGgtaaaaggaa ... tcaaatgcagAAGTTGGATCACAGATGGAATGGTGTAACCAGTCGAGCTCTTTAGGATATG
EST: gi|93012172|gb|EB637692.1|EB637692
EST:     AAATGTTTTTGTTCCTGCTACTGCAACTCCCTACCAATATGGTTATGCAG                         AAGTTGGATCACAGATGGAATGGTGTAACCAGTCGAGCTCTTTAGGATATG
genomic: AAATGTTTTTGTTCCTGCTACTGCAACTCCCTACCAATATGGTTATGCAGgtaaaaggaa ... tcaaatgcagAAGTTGGATCACAGATGGAATGGTGTAACCAGTCGAGCTCTTTAGGATATG
EST: gi|211180431|gb|FL072957.1|FL072957
EST:     AAATGTTTTTGTTCCTGCTACTGCAACTCCCTACCAATATGGTTATGCAG                         AAGTTGGATCACAGATGGAATGGGTGTAACCCCGTCGAGCTCTTTAGGATA
genomic: AAATGTTTTTGTTCCTGCTACTGCAACTCCCTACCAATATGGTTATGCAGgtaaaaggaa ... tcaaatgcagAAGTTGGATCACAGATGGAATGG-TGTAACCA-GTCGAGCTCTTTAGGATA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 47 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 61

AGTGTGAATTGCATGGAGATGGGAATGACTCCTGATGTAATGTATGGACAAAATGTTTTTGTTCCTGCTACTGCAACTCCCTACCAATATGGTTATGCAGgtaaaaggaa ... tcaaatgcagAAGTTGGATCACAGATGGAATGGTGTAACCAGTCGAGCTCTTTAGGATATGATGGCCAAGATAATTTCTATCCG


Block sizes: 49 (upstream exon), 45 (downstream exon)
Score: 57

AGTGTGAATTGCATGGAGATGGGAATGACTCCTGATGTAATGTATGGACAAAATGTTTTTGTTCCTGCTACTGCAACTCCCTACCAATATGGTTATGCAGgtaaaaggaa ... tcaaatgcagAAGTTGGATCACAGATGGAATGGTGTAACCAGTCGAGCTCTTTAGGATATGATGGCCAAGATAATTTCTATCCG


Block sizes: 46 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 64

AGTGTGAATTGCATGGAGATGGGAATGACTCCTGATGTAATGTATGGACAAAATGTTTTTGTTCCTGCTACTGCAACTCCCTACCAATATGGTTATGCAGgtaaaaggaa ... tcaaatgcagAAGTTGGATCACAGATGGAATGGTGTAACCAGTCGAGCTCTTTAGGATATGATGGCCAAGATAATTTCTATCCG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 91

AGTGTGAATTGCATGGAGATGGGAATGACTCCTGATGTAATGTATGGACAAAATGTTTTTGTTCCTGCTACTGCAACTCCCTACCAATATGGTTATGCAGgtaaaaggaa ... tcaaatgcagAAGTTGGATCACAGATGGAATGGTGTAACCAGTCGAGCTCTTTAGGATATGATGGCCAAGATAATTTCTATCCG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggtgcttacctcctttcagtatttcatttcatggtaaccaatttgtcaaatgcagAAGTTGGATCACAGATGGAATGGTGTAACCAGTCGAGCTCTTTAGGATATGATGGCCAAGATAATTTCTATCCG
                               tggtaac  putative branch site (score: 91)
                   tatttcattt  TA-rich tract