Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgcaactgcagccacttttgcaaatttctgctgtctgctttgtgtgtgagatttgatactttatgctcacatattattgacttccctgcagATATGGCAAGCATTTGCAGGTGTTAGTGCTCGGAGGATTACTGGGTACTACAACAATTTGCTTGATGACAGGACTGCGATATTGGATGAAAAGGATCCCG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G095868_T02
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G095868_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os03g17540.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
gtgcaactgcagccacttttgcaaatttctgctgtctgctttgtgtgtgagatttgatactttatgctcacatattattgacttccctgcagATATGGCAAGCATTTGCAGGTGTTAGTGCTCGGAGGATTACTGGGTACTACAACAATTTGCTTGATGACAGGACTGCGATATTGGATGAAAAGGATCCCG
||||||||| | |||   ||     |  ||| | |    |   | |   |||| | |||| | |  |||||||||  |||| ||   ||||||| |||||||||||||  |||||| ||||||| |  |||||||||||||||||||| || || |||||  | |||| |  ||||||||||||| | || |
gtgcaactgtaaccagaattatctgta-ctgtttttatatccttataatagatat-atacct-acactcacatatggttgattttattgcagATGTGGCAAGCATTTGTGGGTGTTGGTGCTCGTAAAATTACTGGGTACTACAACAAATTACTAGATGAAGGTACTGAGGAATTGGATGAAAAGAACCCTG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gctttgtgtgtgagatttgatactttatgctcacatattattgacttccctgcagATATGGCAAGCATTTGCAGGTGTTAGTGCTCGGAGGATTACTGGGTACTACAACAATTTGCTTGATGACAGGACTGCGATATTGGATGAAAAGGATCCCG
                                      tattgac  putative branch site (score: 2)
                                            cttccctgc  CT-rich tract
              atttgatactttat  TA-rich tract