1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...aattgttaggatatccttgtcagtatgctccatttgttcaccttgtttttcctctgctatgtagtcttttatttactaaactgttttgttcgattttcagGGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G093902_T02 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CAGGCCGAGTCGCTACGCTACAAGCTTCTTGGTGGACTAGCCGTGAGAAG GGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGEST: gi|211411263|gb|FK965131.1|FK965131
genomic: CAGGCCGAGTCGCTACGCTACAAGCTTCTTGGTGGACTAGCCGTGAGAAGgttacgcact ... cgattttcagGGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTG
EST: CAGGCCGAGTCGCTCCGCTACAAGCTTCTTGGTGGACTAGCCGTGAGAAG GGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGEST: gi|74235988|gb|DT643902.1|DT643902
genomic: CAGGCCGAGTCGCTACGCTACAAGCTTCTTGGTGGACTAGCCGTGAGAAGgttacgcact ... cgattttcagGGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTG
EST: CTACGCTACAAGCTTCTTGGTGGACTAGCCGTGAGAAG GGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGEST: gi|74240382|gb|DT648296.1|DT648296
genomic: CTACGCTACAAGCTTCTTGGTGGACTAGCCGTGAGAAGgttacgcact ... cgattttcagGGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTG
EST: CAGGCCGAGTCGCTACGCTACAAGCTTCTTGGTGGACTAGCCGTGAGAAG GGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGEST: gi|148973769|gb|EE024903.2|EE024903
genomic: CAGGCCGAGTCGCTACGCTACAAGCTTCTTGGTGGACTAGCCGTGAGAAGgttacgcact ... cgattttcagGGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTG
EST: CAGGCCGAGTCGCTACGCTACAAGCTTCTTGGTGGACTAGCCGTGAGAAG GGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGEST: gi|16917288|gb|BM073218.1|BM073218
genomic: CAGGCCGAGTCGCTACGCTACAAGCTTCTTGGTGGACTAGCCGTGAGAAGgttacgcact ... cgattttcagGGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTG
EST: CAGGCCGAGTCGCTACGCTACAAGCTTCTTGGTGGACTAGCCGTGAGAAG GGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGEST: gi|211413802|gb|FK965136.1|FK965136
genomic: CAGGCCGAGTCGCTACGCTACAAGCTTCTTGGTGGACTAGCCGTGAGAAGgttacgcact ... cgattttcagGGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTG
EST: CAGGCCGAGTCGCTCCGCTACAAGCTTCTTGGTGGACTAGCCGTGAGAAG GGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGEST: gi|4646893|gb|AI621968.1|AI621968
genomic: CAGGCCGAGTCGCTACGCTACAAGCTTCTTGGTGGACTAGCCGTGAGAAGgttacgcact ... cgattttcagGGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTG
EST: CAGGCCGAGTCGCTACGCTACAAGCTTCTTGGTGGACTAGCCGTGAGAAG GGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGEST: gi|50328603|gb|CO523729.1|CO523729
genomic: CAGGCCGAGTCGCTACGCTACAAGCTTCTTGGTGGACTAGCCGTGAGAAGgttacgcact ... cgattttcagGGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTG
EST: CTAGCCGTGAGAAG GGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGEST: gi|60347103|gb|DN214076.1|DN214076
genomic: CTAGCCGTGAGAAGgttacgcact ... cgattttcagGGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTG
EST: CAGGCCGAGTCGCTACGCTACAAGCTTCTTGGTGGACTAGCCGTGAGAAG GGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGEST: gi|76013473|gb|DT940643.1|DT940643
genomic: CAGGCCGAGTCGCTACGCTACAAGCTTCTTGGTGGACTAGCCGTGAGAAGgttacgcact ... cgattttcagGGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTG
EST: CAGGCCGAGTCGCTACGCTACAAGCTTCTTGGTGGACTAGCCGTGAGAAG GGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGEST: gi|211411261|gb|FK965129.1|FK965129
genomic: CAGGCCGAGTCGCTACGCTACAAGCTTCTTGGTGGACTAGCCGTGAGAAGgttacgcact ... cgattttcagGGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTG
EST: CAGGCCGAGTCGCTCCGCTACAAGCTTCTTGGTGGACTAGCCGTGAGAAG GGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGEST: gi|4647182|gb|AI622257.1|AI622257
genomic: CAGGCCGAGTCGCTACGCTACAAGCTTCTTGGTGGACTAGCCGTGAGAAGgttacgcact ... cgattttcagGGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTG
EST: CAGGCCGAGTCGNTACGCTNCAAGCTTCTTGGTGGACTAGCCGTGAGAAG GGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGEST: gi|60397108|gb|DN229927.1|DN229927
genomic: CAGGCCGAGTCGCTACGCTACAAGCTTCTTGGTGGACTAGCCGTGAGAAGgttacgcact ... cgattttcagGGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTG
EST: CAGGCCGAGTCGCTACGCTACAAGCTTCTTGGTGGACTAGCCGTGAGAAG GGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGEST: gi|88757758|gb|DY541899.1|DY541899
genomic: CAGGCCGAGTCGCTACGCTACAAGCTTCTTGGTGGACTAGCCGTGAGAAGgttacgcact ... cgattttcagGGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTG
EST: CAGGCCGAGTCGCTACGCTACAAGCTTCTTGGTGGACTAGCCGTGAGAAG GGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGEST: gi|12971830|gb|BG267679.1|BG267679
genomic: CAGGCCGAGTCGCTACGCTACAAGCTTCTTGGTGGACTAGCCGTGAGAAGgttacgcact ... cgattttcagGGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTG
EST: CTAGCCGTGAGAAG GGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGEST: gi|78109693|gb|DV528109.1|DV528109
genomic: CTAGCCGTGAGAAGgttacgcact ... cgattttcagGGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTG
EST: CAGGCCGAGTCGCTACGCTACAAGCTTCTTGGTGGACTAGCCGTGAGAAG GGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGEST: gi|211053864|gb|FL037807.1|FL037807
genomic: CAGGCCGAGTCGCTACGCTACAAGCTTCTTGGTGGACTAGCCGTGAGAAGgttacgcact ... cgattttcagGGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTG
EST: CAGGCCGAGTCGCTCCGCTACAAGCTTCTTGGTGGACTAGCCGTGAGAAG GGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGEST: gi|60398401|gb|DN231217.1|DN231217
genomic: CAGGCCGAGTCGCTACGCTACAAGCTTCTTGGTGGACTAGCCGTGAGAAGgttacgcact ... cgattttcagGGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTG
EST: CAGGCCGAGTCGCTACGCTACAAGCTTCTTGGTGGACTAGCCGTGAGAAG GGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGEST: gi|50339749|gb|CO534875.1|CO534875
genomic: CAGGCCGAGTCGCTACGCTACAAGCTTCTTGGTGGACTAGCCGTGAGAAGgttacgcact ... cgattttcagGGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTG
EST: CAGGCCGAGTCGCTACGCTACAAGCTTCTTGGTGGACTAGCCGTGAGAAG GGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGEST: gi|60346506|gb|DN213479.1|DN213479
genomic: CAGGCCGAGTCGCTACGCTACAAGCTTCTTGGTGGACTAGCCGTGAGAAGgttacgcact ... cgattttcagGGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTG
EST: CAGGCCGAGTCGCTCCGCTACAAGCTTCTTGGTGGACTAGCCGTGAGAAG GGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGEST: gi|74244112|gb|DT652026.1|DT652026
genomic: CAGGCCGAGTCGCTACGCTACAAGCTTCTTGGTGGACTAGCCGTGAGAAGgttacgcact ... cgattttcagGGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTG
EST: CAGGCCGAGTCGCTACGCTACAAGCTTCTTGGTGGACTAGCCGTGAGAAG GGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGEST: gi|78024902|gb|DV493289.1|DV493289
genomic: CAGGCCGAGTCGCTACGCTACAAGCTTCTTGGTGGACTAGCCGTGAGAAGgttacgcact ... cgattttcagGGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTG
EST: CAGGCCGAGTCGCTACGCTACAAGCTTCTTGGTGGACTAGCCGTGAGAAG GGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTG
genomic: CAGGCCGAGTCGCTACGCTACAAGCTTCTTGGTGGACTAGCCGTGAGAAGgttacgcact ... cgattttcagGGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTG
tttttcctctgctatgtagtcttttatttactaaactgttttgttcgattttcagGGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG
tactaaa putative branch site (score: 1)
ttttgttc putative PPT
ttttatttactaaact TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aattgttaggatatccttgtcagtatgctccatttgttcaccttgtttttcctctgctatgtagtcttttatttactaaactgttttgttcgattttcagGGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA