Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tctctaaaagctaactttgggaattcctatagtttcctagattataattcctactagttttttttatttcttattagtaatgtggttatttatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAATCGGGCAGACACTCTAGATCCTGCTTTGTTGCGTCCTGGTAGACTTGACA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G090904_T01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G090904_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os02g21970.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
----tctctaaaagctaactttgggaat-tcctat-agtttccta-gattataattcctactagttttttttatttcttattagtaatgtggttatttatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAATCGGGCAGACACTCTAGATCCTGCTTTGTTGCGTCCTGGTAGACTTGACA
      |   | || ||   | | |||| |  ||| |  |||||| | ||  |  |   | || || |    || | || ||   ||       || |    ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||  |||| || || ||||| |||||| |||| ||||| |||||| | ||||
agggatttacacagatattgtcgagaatattttatgaaattcctatgcttgaaggttgaagtatttctcaccatgtgtttttttaaa-------atgtcgaatgcagATGGATGGATTTGATCAAACAGTGAATGTGAAGGTTATAATGGCGACCAACAGGGCGGATACCCTAGACCCTGCTCTGTTACGTCCAGGTAGATTGGACA

upper sequence: GRMZM2G090904_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA18G05730.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
---------------------------------------tctctaaaagctaactttgggaattcctatagtttcctagattataattcctactagttttt-tttatttctta----ttagtaatgtggtta----------tttatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAATCGGGCAGACACTCTAGATCCTGCTTTGTTGCGTCCTGGTAGACTTGACA
                                           |    ||||   || | | || |||   | |||     |  | |    |  ||||||   |||| |||||     | || || |||||           | | |  | ||||||||||| ||||| ||||| || ||||| || |||||||||||||||||  | ||||||||  | || |||||| ||||||||||||| || |||||  
ggtgtctatgaaatgatatttctgttagcttctgtgattatgttttgtgctactattagtacttactaatatctcccgagctgcagtga--atcagttttcacttatctcttaatctctggttatttggtttaattacctgttcttttctacaGATGGATGGTTTTGACCAAACGGTAAATGTTAAAGTTATAATGGCAACTAACAGAGCAGACACCTTGGACCCTGCTCTGTTGCGTCCTGGAAGGCTTGAT-

upper sequence: GRMZM2G090904_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA11G31450.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
----------------------------------------------------------------------------------------tctctaaaagctaactttgggaattcctatagtttcctagattataattcctactagttttttttatttctt--attagtaatgtggttatttatgttg-----cagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAATCGGGCAGACACTCTAGATCCTGCTTTGTTGCGTCCTGGTAGACTTGACA
                                                                                        |   |      || || |     |     || ||   | || || | |||    |  ||||   ||||   |  | |  |  | |  |||  | |  |      ||||||||||| ||||| |||||||| ||||| || ||||| |||||||||||  | ||||||||| | || |||||| ||||||||||||| || |||||  
gtatctatgaaatgatatttctattaggtgctgtgagtatgttgttactactattagtagttactaatttctgctggctgctgtgtattagtttttgtttatctcttaccctctagctatttggttggactacacttctctatgattttagatattctctgaagtgttggtttaattacctgttcttttcttcagATGGATGGTTTTGACCAAACAGTTAATGTTAAAGTTATTATGGCAACTAACAGAGCAGACACTTTGGACCCTGCTCTGTTGCGTCCTGGAAGGCTTGATC

upper sequence: GRMZM2G090904_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA11G31470.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
------------------------------------------------------------------------------tctctaaaagctaactttgggaattccta---------tagtttcctagattataattcctactagttttttttatttctt--attagtaatgtggttatttatgttg-----cagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAATCGGGCAGACACTCTAGATCCTGCTTTGTTGCGTCCTGGTAGACTTGACA
                                                                                 ||   |  ||  ||| |    || ||         || ||   | |  || | ||||   |  ||||   |||||  |  | |  |  | |  |||  | |  |      ||||||||||| ||||| |||||||| ||||| || ||||| |||||||||||  | ||||||||| | || |||||| ||||||||||||| || |||||  
gtatctatgaaatgatatttatgttaggtgctgtgagtaggttgttactactattagtagttactaatttctgatgggctgctgtgaattagtttttgtttctcttaacctctagctatttggttgggctacacttccctatgattttagatattttctgaagtgttggtttaattacctgttcttttcttcagATGGATGGTTTTGACCAAACAGTTAATGTTAAAGTTATTATGGCAACTAACAGAGCAGACACTTTGGACCCTGCTCTGTTGCGTCCTGGAAGGCTTGATC

upper sequence: GRMZM2G090904_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT5G58290.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
tctctaaaagctaactttgggaattc-ctatagtt----tcctagattataattcctactagttttttttatttcttattagtaatgtggttatttatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAATCGGGCAGACACTCTAGATCCTGCTTTGTTGCGTCCTGGTAGACTTGACA
    | | | | ||   ||    ||   | || ||    || ||  || ||      |    ||||  || | || |     || |||| | | ||  | || |||||||||| ||||| || || || ||||| ||||| ||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||| | || |||||||| ||||||||  
---gtgagaacaaataatgaattttagttgtaattcagatcttatgttgtagaata-atggattttagttgtgtccttaacttattgtgttgaatt-cgatgtagATGGATGGATTTGACCAGACCGTGAATGTCAAGGTCATAATGGCAACAAACAGGGCAGACACTCTAGATCCTGCTCTCTTACGTCCTGGAAGACTTGATC

upper sequence: GRMZM2G090904_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv06s0004g08220.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
-----------------------------------------------------------------------------------tctctaaaagctaactttgggaattcctatagtt--tcctagattataattcctactagtttttttta------ttt--cttattagtaatgtggttat-ttatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAATCGGGCAGACACTCTAGATCCTGCTTTGTTGCGTCCTGGTAGACTTGACA
                                                                                    |   ||||     |||||   | |      |||  |   ||  | || || || ||| | ||   ||      |||  ||| || |   || |  ||  || |  | ||||||||||||||||| || || || ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||  |  | |||||||| ||||| ||| 
gtaggtttaaaaggatatggatcttatagagatatggatttaattaaaaaaaaggcctgaaaatcagttgttaactggggatgccaaaaaaaaagggctttgattaatttgtctgttgattacagcatgtacttgcttctattgttagctaaaaatgtttaactttttggatttgggtctaaattcttctccagATGGATGGGTTTGACCAGACTGTGAATGTTAAGGTCATAATGGCAACTAATCGAGCAGACACTCTGGACCCTGCACTTCTTCGTCCTGGAAGACTCGACC

upper sequence: GRMZM2G090904_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: PP1S79_171V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 3
----tctctaaaagctaactttgggaattcctatagtttcctagattataattcctactagttttttttatttcttattagtaatgtggttatttatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAATCGGGCAGACACTCTAGATCCTGCTTTGTTGCGTCCTGGTAGACTTGACA
    |  || |    || ||||      | || |   |  || | || |  ||  |  | ||||| |||||||  |        | |  ||  |   | ||||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||| || ||||| || ||||| || || ||||| || || |||||  |||| |||||  |||| ||  
aattttgctcatttttatcttt---tccttctctctctctctcgtttttgttttgt-tttgttttgtttatttacttaactctttatttttgctatgggtgcagATGGATGGTTTCGATCAAACAGTTAATGTAAAGGTAATTATGGCCACCAATCGAGCGGATACTCTTGACCCCGCTTTACTGCGACCTGGACGACTCGATC

upper sequence: GRMZM2G090904_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: PP1S243_67V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 3
-------------------------------------------------------------------------tctctaaaagctaactttgggaattcctatagtttcctagattataattcctactagttttttttatttcttattagtaatgtggttatttatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAATCGGGCAGACACTCTAGATCCTGCTTTGTTGCGTCCTGGTAGACTTGACA
                                                                         |   | |    |  || |    |   |  |||| | | || | ||  |||         |||      | || |||  | | |   | ||   ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| || || || ||||| || || |||||||| |||||||| || ||||||||||| |||||  | |||||  
gtatgaagtctttttaatttctcagttttttgtctgaagagtccattcctcaaatggtggacctcctaggtgatagatcatttatttctgtacagaactcggtagtcttc-agttcatttttctcgtcgaagtttggctgcttttctta-catttttaatgttctggttacagATGGATGGTTTTGATCAAACAGTCAATGTTAAAGTGATCATGGCTACCAACCGGGCAGATACTCTAGACCCCGCTTTGTTGCGACCTGGACGTCTTGATC

upper sequence: GRMZM2G090904_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: PP1S147_100V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 3
-------------------------------------------tctctaaaagctaactttgggaattcctatagtttcctagattataattcctact-agttttttttatttcttattagtaatgtggttatttatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAATCGGGCAGACACTCTAGATCCTGCTTTGTTGCGTCCTGGTAGACTTGACA
                                             | | | ||| |  ||    |||  || | |  |   ||  | |  || || || || | ||    ||||| ||   |  | ||  | |||  |||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||| || || ||||| ||||| || ||  | |||||  
gtataacatttttctggttcgaagtttgtcaagcatgttctccgattttagagcgatgttcc--aatgtctgttgaattgaagtcttttgtttctgcttaggtgttgcgctttctcatacatgttttg--tgtttg-gttgcagATGGATGGGTTTGATCAGACTGTCAATGTCAAGGTGATCATGGCTACCAATCGAGCAGATACTCTTGACCCCGCTTTATTGCGACCCGGACGTCTTGATC

upper sequence: GRMZM2G090904_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: EFJ38338 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 3
tctctaaaagctaactttgggaattcctatagtttcctagattataattcctactagttttttttatttcttattagtaatgtggttatttatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAATCGGGCAGACACTCTAGATCCTGCTTTGTTGCGTCCTGGTAGACTTGACA
                                                    |   |       ||           | | ||  ||   |   |  ||||||||||| || |||||||| || |||||||||||||| ||||| || || || || |||||| | ||||| ||  | |||||||| || ||||||||||
-------------------------------------------------gtaaaaggaaccgagtagagtaagccgctgacgtccttg--tgcttctcagATGGATGGTTTCGATCAAACCGTGAATGTGAAGGTTATCATGGCTACAAACCGTGCGGACACTTTGGATCCCGCGCTCTTGCGTCCGGGAAGACTTGACA

upper sequence: GRMZM2G090904_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: EFJ04233 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 3
tctctaaaagctaactttgggaattcctatagtttcctagattataattcctactagttttttttatttcttattagtaatgtggttatttatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAATCGGGCAGACACTCTAGATCCTGCTTTGTTGCGTCCTGGTAGACTTGACA
                                            |||     || |  |    | |     |        |||| || |        ||||||||||| || |||||||| || |||||||||||||| ||||| || || || || |||||| | ||||| ||  | |||||||| || ||||||||||
-------------------------------------------gtaaaaggaaccaagtagagtaagccgctgacgtccttgtgcttct--------cagATGGATGGTTTCGATCAAACCGTGAATGTGAAGGTTATCATGGCTACAAACCGTGCGGACACTTTGGATCCCGCGCTCTTGCGTCCGGGAAGACTTGACA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|8665869|gb|BE186685.1|BE186685
EST:     GGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: GGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|5325178|gb|AI783369.1|AI783369
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|31997670|gb|CD661707.1|CD661707
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|22819685|gb|BU499775.1|BU499775
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|116813718|gb|EC856200.1|EC856200
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACGGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|21760243|gb|BQ635784.1|BQ635784
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|22521567|gb|BU080378.1|BU080378
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|211390318|gb|FL404124.1|FL404124
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|32937253|gb|CF042072.1|CF042072
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|60672392|gb|DN475143.1|DN475143
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|78021940|gb|DV490327.1|DV490327
EST:     GCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: GCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|37390393|gb|CF632426.1|CF632426
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|31364533|gb|CD448888.1|CD448888
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|60400635|gb|DN233442.1|DN233442
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|60342267|gb|DN209240.1|DN209240
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|149106686|gb|EE188582.2|EE188582
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|60346677|gb|DN213650.1|DN213650
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|60400510|gb|DN233317.1|DN233317
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|60344005|gb|DN210978.1|DN210978
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|5915467|gb|AW053108.1|AW053108
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|5791424|gb|AI978216.1|AI978216
EST:     TGGTGCTGACCNAANAAGTTCAGNGTTTTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: TGGTGCTGACC-GAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|31910991|gb|CD651701.1|CD651701
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|5455929|gb|AI833619.1|AI833619
EST:     TATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAACCAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: TATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|28911182|gb|CB331811.1|CB331811
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|5871265|gb|AW017736.1|AW017736
EST:     CTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|6095497|gb|AW120164.1|AW120164
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|9951960|gb|BE638543.1|BE638543
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|50333574|gb|CO528700.1|CO528700
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|5847504|gb|AW000583.1|AW000583
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|40336171|gb|CK370241.1|CK370241
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|87151720|gb|DY396509.1|DY396509
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|148937643|gb|EC881836.2|EC881836
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|60401478|gb|DN234285.1|DN234285
EST:     TGGTG-TGGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: TGGTGCT-GACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|78074650|gb|DV503084.1|DV503084
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTTTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|71762983|gb|DR960920.1|DR960920
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|6056676|gb|AW091081.1|AW091081
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|110516945|gb|EE021532.1|EE021532
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|60357801|gb|DN224774.1|DN224774
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|22819703|gb|BU499793.1|BU499793
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|22819070|gb|BU499160.1|BU499160
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|6194670|gb|AW146774.1|AW146774
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGTTTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|211254934|gb|FL426618.1|FL426618
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|33466524|gb|CF243573.1|CF243573
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|20802317|gb|BQ293367.1|BQ293367
EST:     CGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|5296120|gb|AI782995.1|AI782995
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|31362941|gb|CD447298.1|CD447298
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|60356494|gb|DN223467.1|DN223467
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|110192481|gb|EC874379.1|EC874379
EST:     CCGAGAAGTTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CCGAGAAG-TTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|33770636|gb|CF272930.1|CF272930
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|113702567|gb|EE680071.1|EE680071
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|6022605|gb|AW067417.1|AW067417
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|22491127|gb|BU051050.1|BU051050
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|116817277|gb|EC860100.1|EC860100
EST:     CTGGTGCTGGCCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
EST: gi|87151932|gb|DY396721.1|DY396721
EST:     CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAG                         ATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT
genomic: CTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAAT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 48 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 232

TTTCATTGATGAGGTTGATGCTATAGCCACTGCTCGTTTTGATGCTCAGACTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAATCGGGCAGACACTCTAGATCCTGCTTTGTTGCGTCCTGGTAGACTTGACA


Block sizes: 48 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 257

TTTCATTGATGAGGTTGATGCTATAGCCACTGCTCGTTTTGATGCTCAGACTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAATCGGGCAGACACTCTAGATCCTGCTTTGTTGCGTCCTGGTAGACTTGACA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 227

TTTCATTGATGAGGTTGATGCTATAGCCACTGCTCGTTTTGATGCTCAGACTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAATCGGGCAGACACTCTAGATCCTGCTTTGTTGCGTCCTGGTAGACTTGACA


Block sizes: 48 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 181

TTTCATTGATGAGGTTGATGCTATAGCCACTGCTCGTTTTGATGCTCAGACTGGTGCTGACCGAGAAGTTCAGCGTATTCTTATGGAGCTACTCAATCAGgtaaagctta ... tatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAATCGGGCAGACACTCTAGATCCTGCTTTGTTGCGTCCTGGTAGACTTGACA




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aattcctactagttttttttatttcttattagtaatgtggttatttatgttgcagATGGATGGGTTTGATCAAACAGTCAATGTGAAGGTTATAATGGCAACTAATCGGGCAGACACTCTAGATCCTGCTTTGTTGCGTCCTGGTAGACTTGACA
            ttttttttatttctta  TA-rich tract