1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...gtgcagtgaactttattctatgcacatagcttggcgctcagtgacacccccaagtagcctatgatttcatcaatttgctgaacattctgatatcttgcagGTATGGTAGCTGCACTAACCAACGAGAGTGCAACCAGCAAATCTGTTTACTTTGCACTTTGCACATCTGAGATGATCTACATCACACACCTTCTGGAAGA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G090747_T02 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CACTCATGAAGTCATGGGTGGCTTAAAAAATGTCTATGCTATTGGTGCTG GTATGGTAGCTGCACTAACCAACGAGAGTGCAACCAGCAAATCTGTTTACTEST: gi|148950390|gb|EC895955.2|EC895955
genomic: CACTCATGAAGTCATGGGTGGCTTAAAAAATGTCTATGCTATTGGTGCTGgtaatttcta ... tatcttgcagGTATGGTAGCTGCACTAACCAACGAGAGTGCAACCAGCAAATCTGTTTACT
EST: AAGTCATGGGTGGCTTAAAAAATGTCTATGCTATTGGTGCTG GTATGGTAGCTGCACTAACCAACGAGAGTGCAACCAGCAAATCTGTTTACTEST: gi|67026682|gb|CO455431.1|CO455431
genomic: AAGTCATGGGTGGCTTAAAAAATGTCTATGCTATTGGTGCTGgtaatttcta ... tatcttgcagGTATGGTAGCTGCACTAACCAACGAGAGTGCAACCAGCAAATCTGTTTACT
EST: CACTCATGAAGTCATGGGTGGCTTAAAAAATGTCTATGCTATTGGTGCTG GTATGGTAGCTGCACTAACCAACGAGAGTGCAACCAGCAAATCTGTTTACTEST: gi|5847455|gb|AW000534.1|AW000534
genomic: CACTCATGAAGTCATGGGTGGCTTAAAAAATGTCTATGCTATTGGTGCTGgtaatttcta ... tatcttgcagGTATGGTAGCTGCACTAACCAACGAGAGTGCAACCAGCAAATCTGTTTACT
EST: CACTCATGAAGTCATGGGTGGCTTAAAAAATGTCTATGCTATTGGTGCTG GTATGGTAGCTGCACTAACCAACGAGAGTGCAACCAGCAAATCTGTTTACTEST: gi|5525703|gb|AI861596.1|AI861596
genomic: CACTCATGAAGTCATGGGTGGCTTAAAAAATGTCTATGCTATTGGTGCTGgtaatttcta ... tatcttgcagGTATGGTAGCTGCACTAACCAACGAGAGTGCAACCAGCAAATCTGTTTACT
EST: CACTCATGAAGTCATGGGTGGCTTAAAAAATGTCTATGCTATTGGTGCTG GTATGGTAGCTGCACTAACCAACGAGAGTGCAACCAGCAAATCTGTTTACTEST: gi|149111430|gb|EE294933.2|EE294933
genomic: CACTCATGAAGTCATGGGTGGCTTAAAAAATGTCTATGCTATTGGTGCTGgtaatttcta ... tatcttgcagGTATGGTAGCTGCACTAACCAACGAGAGTGCAACCAGCAAATCTGTTTACT
EST: CACTCATGAAGTCATGGGTGGCTTAAAAAATGTCTATGCTATTGGTGCTG GTATGGTAGCTGCACTAACCAACGAGAGTGCAACCAGCAAATCTGTTTACTEST: gi|5268853|gb|AI770817.1|AI770817
genomic: CACTCATGAAGTCATGGGTGGCTTAAAAAATGTCTATGCTATTGGTGCTGgtaatttcta ... tatcttgcagGTATGGTAGCTGCACTAACCAACGAGAGTGCAACCAGCAAATCTGTTTACT
EST: CACTCATGAAGTCATGGGTGGCTTAAAAAATGTCTATGCTATTGGTGCTG GTATGGTAGCTGCACTAACCAACGAGAGTGCAACCAGCAAATCTGTTTACTEST: gi|6020445|gb|AW065373.1|AW065373
genomic: CACTCATGAAGTCATGGGTGGCTTAAAAAATGTCTATGCTATTGGTGCTGgtaatttcta ... tatcttgcagGTATGGTAGCTGCACTAACCAACGAGAGTGCAACCAGCAAATCTGTTTACT
EST: CACTCATGAAGTCATGGGTGGCTTAAAAAATGTCTATGCTATTGGTGCTG GTATGGTAGCTGCACTAACCAACGAGAGTGCAACCAGCAAATCTGTTTACTEST: gi|71320116|gb|DR796811.1|DR796811
genomic: CACTCATGAAGTCATGGGTGGCTTAAAAAATGTCTATGCTATTGGTGCTGgtaatttcta ... tatcttgcagGTATGGTAGCTGCACTAACCAACGAGAGTGCAACCAGCAAATCTGTTTACT
EST: CACTCATGAAGTCATGGGTGGCTTAAAAAATGTCTATGCTATTGGTGCTG GTATGGTAGCTGCACTAACCAACGAGAGTGCAACCAGCAAATCTGTTTACTEST: gi|6056476|gb|AW090866.1|AW090866
genomic: CACTCATGAAGTCATGGGTGGCTTAAAAAATGTCTATGCTATTGGTGCTGgtaatttcta ... tatcttgcagGTATGGTAGCTGCACTAACCAACGAGAGTGCAACCAGCAAATCTGTTTACT
EST: CACTCATGAAGTCATGGGTGGCTTAAAAAATGTCTATGCTATTGGTGCTG GTATGGTAGCTGCACTAACCAACGAGAGTGCAACCAGCAAATCTGTTTACT
genomic: CACTCATGAAGTCATGGGTGGCTTAAAAAATGTCTATGCTATTGGTGCTGgtaatttcta ... tatcttgcagGTATGGTAGCTGCACTAACCAACGAGAGTGCAACCAGCAAATCTGTTTACT
acccccaagtagcctatgatttcatcaatttgctgaacattctgatatcttgcagGTATGGTAGCTGCACTAACCAACGAGAGTGCAACCAGCAAATCTGTTTACTTTGCACTTTGCACATCTGAGATGATCTACATCACACACCTTCTGGAAGA
ttctgat putative branch site (score: 117)
tatgattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgcagtgaactttattctatgcacatagcttggcgctcagtgacacccccaagtagcctatgatttcatcaatttgctgaacattctgatatcttgcagGTATGGTAGCTGCACTAACCAACGAGAGTGCAACCAGCAAATCTGTTTACTTTGCACTTTGCACATCTGAGATGATCTACATCACACACCTTCTGGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA