Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttatgacttcaaatgttttagtattcatatttcttttctctctccttaatctattgctcatccagctcgtagttttaacaatatacattattttttccagATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAATGTGCCAAATTCTAAAACATTAGTCGACTTTGATTTTGATGAAAATAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G087105_T02
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G087105_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os11g07970.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
ttatgacttcaaatgttttagtattcatatttcttttctctctccttaat-ctattgctcatccagctcgtagttttaacaatat--acatt--attttttccagATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAATGTGCCAAATTCTAAAACATTAGTCGACTTTGATTTTGATGAAAATAAG
| | || ||  | || ||    | |  | ||| ||||   | |  ||||| |  |  |  |||    |  |  |  | |  || |   ||||  |||||| ||||| |||| | ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||| |||| ||||||||   | ||| |||||||||||||||||||||||
tgaagatttttagtgctt----actgcttttttttttaattttgtttaataccgtcacagatctta-taatcatgctgatcatcttggcatttgatttttgccagACTCTCCGACTTTGGTCTGCTGAAAGTTGCAAATACATGAATGAGTACATTGTTCCAAGTTCTAAAATGCTGGTCAACTTTGATTTTGATGAAAATAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|26557289|gb|CA829524.1|CA829524
EST:     CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGCTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAG                         ATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAAT
genomic: CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAGgtgggtgctg ... ttttttccagATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAAT
EST: gi|211402413|gb|FL355655.1|FL355655
EST:     CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAG                         AT-CTCCGCCTTTGGTCTGCT
genomic: CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAGgtgggtgctg ... ttttttccagATTCTCTGCCTTTGGTCTGCT
EST: gi|148986029|gb|EE029876.2|EE029876
EST:     CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAG                         ATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAAT
genomic: CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAGgtgggtgctg ... ttttttccagATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAAT
EST: gi|148991227|gb|EE032692.2|EE032692
EST:     CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAG                         ATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAAT
genomic: CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAGgtgggtgctg ... ttttttccagATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAAT
EST: gi|78085484|gb|DV513877.1|DV513877
EST:     CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAG                         ATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAAT
genomic: CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAGgtgggtgctg ... ttttttccagATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAAT
EST: gi|211359036|gb|FL316883.1|FL316883
EST:     CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAG                         ATTCTTCCGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAA
genomic: CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAGgtgggtgctg ... ttttttccagATTCT-CTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAA
EST: gi|37422877|gb|CF649154.1|CF649154
EST:     CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAG                         ATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAAT
genomic: CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAGgtgggtgctg ... ttttttccagATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAAT
EST: gi|211108624|gb|FL325821.1|FL325821
EST:     CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAG                         ATTCTCCGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAAT
genomic: CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAGgtgggtgctg ... ttttttccagATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAAT
EST: gi|76021370|gb|DT948540.1|DT948540
EST:     CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAG                         ATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAAT
genomic: CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAGgtgggtgctg ... ttttttccagATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAAT
EST: gi|211218803|gb|FL348984.1|FL348984
EST:     CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAG                         ATTCTCCGCCTTTGGTCTGCTG
genomic: CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAGgtgggtgctg ... ttttttccagATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTG
EST: gi|6021302|gb|AW066230.1|AW066230
EST:     CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAG                         ATTCTCCGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAAT
genomic: CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAGgtgggtgctg ... ttttttccagATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAAT
EST: gi|211134525|gb|FL362066.1|FL362066
EST:     CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAG                         ATTCTCCGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTTATGAATGAGTACAAT
genomic: CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAGgtgggtgctg ... ttttttccagATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAAT
EST: gi|211131870|gb|FL366543.1|FL366543
EST:     CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAG                         ATTCTCCGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAA
genomic: CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAGgtgggtgctg ... ttttttccagATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAA
EST: gi|211303809|gb|FL321304.1|FL321304
EST:     CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAG                         ATTCTCCGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAAT
genomic: CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAGgtgggtgctg ... ttttttccagATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAAT
EST: gi|71441001|gb|DR822051.1|DR822051
EST:     CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAG                         ATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAAT
genomic: CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAGgtgggtgctg ... ttttttccagATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAAT
EST: gi|211046537|gb|FL332034.1|FL332034
EST:     CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAG                         ATTCTCCGCCTTT
genomic: CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAGgtgggtgctg ... ttttttccagATTCTCTGCCTTT
EST: gi|211231251|gb|FL350932.1|FL350932
EST:     CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAG                         ATTCTCCGCCTTTGGTCTGCTGAAAG
genomic: CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAGgtgggtgctg ... ttttttccagATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAG
EST: gi|211258210|gb|FL352266.1|FL352266
EST:     CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAG                         ATTCTCCGCCTTTGGTCTGCTGAA
genomic: CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAGgtgggtgctg ... ttttttccagATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAA
EST: gi|211475490|gb|FL344064.1|FL344064
EST:     CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAG                         ATTCTCCGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGT
genomic: CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAGgtgggtgctg ... ttttttccagATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGT
EST: gi|211267657|gb|FL340177.1|FL340177
EST:     CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAG                         ATTCTCCGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCA
genomic: CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAGgtgggtgctg ... ttttttccagATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCA
EST: gi|211222348|gb|FL320272.1|FL320272
EST:     CTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACCTGGAGTTGGAGATAAG                         ATTCTCCGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGA
genomic: CTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAAC-TGGAGTTGGAGATAAGgtgggtgctg ... ttttttccagATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGA
EST: gi|211135362|gb|FL349820.1|FL349820
EST:     CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATNAG                         AT-CTCCGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAG
genomic: CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAGgtgggtgctg ... ttttttccagATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAG
EST: gi|74238280|gb|DT646194.1|DT646194
EST:     CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAG                         ATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAAT
genomic: CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAGgtgggtgctg ... ttttttccagATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAAT
EST: gi|78107838|gb|DV526256.1|DV526256
EST:     CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAG                         ATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAAT
genomic: CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAGgtgggtgctg ... ttttttccagATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAAT
EST: gi|50337804|gb|CO532930.1|CO532930
EST:     CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAG                         ATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAAT
genomic: CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAGgtgggtgctg ... ttttttccagATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAAT
EST: gi|211337796|gb|FL343836.1|FL343836
EST:     CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAG                         AATCTACCGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGC
genomic: CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAGgtgggtgctg ... ttttttccagATTCT-CTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttaatctattgctcatccagctcgtagttttaacaatatacattattttttccagATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAATGTGCCAAATTCTAAAACATTAGTCGACTTTGATTTTGATGAAAATAAG
                           ttttaac  putative branch site (score: 2)
                                          ttattttttcc  putative PPT
                        tagttttaacaatata  TA-rich tract