1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...ttaactcatgttgcaagtgcaaagctgattaatactctagttcacttgttgcagccttttacgccatcgtacttatgaaactgactttgtccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAAGGAACTAGTGGGAAATGGGGCCTGTGGATTCTCCACAAACTTGTGCTTA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G086497_T01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTTTGTTAT-TCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAG ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAAEST: gi|40334535|gb|CK368605.1|CK368605
genomic: CTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAGgtatgatcta ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAA
EST: GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAG ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAAEST: gi|16919565|gb|BM074252.1|BM074252
genomic: GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAGgtatgatcta ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAA
EST: GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAG ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAAEST: gi|71306896|gb|DR789603.1|DR789603
genomic: GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAGgtatgatcta ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAA
EST: GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAG ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAAEST: gi|93014938|gb|EB640458.1|EB640458
genomic: GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAGgtatgatcta ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAA
EST: GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAG ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAAEST: gi|76935254|gb|DV174267.1|DV174267
genomic: GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAGgtatgatcta ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAA
EST: GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAG ACTATATATGTTTTGGG-TTCCGTGTTCCTEST: gi|149004864|gb|EE039372.2|EE039372
genomic: GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAGgtatgatcta ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCT
EST: GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAG ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAAEST: gi|32928610|gb|CF033422.1|CF033422
genomic: GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAGgtatgatcta ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAA
EST: AACCCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAG ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAAEST: gi|91051591|gb|EB162009.1|EB162009
genomic: AA-CCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAGgtatgatcta ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAA
EST: GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAG ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGEST: gi|71315913|gb|DR794644.1|DR794644
genomic: GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAGgtatgatcta ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTG
EST: AACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTTGCTCA-G ACTATATATGTTTTTTGGCTTEST: gi|60355709|gb|DN222682.1|DN222682
genomic: AACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATT-GCTCAAGgtatgatcta ... ccttattcagACTATATATGTTTTT-GGCTT
EST: GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAG ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAAEST: gi|26456832|gb|CA828415.1|CA828415
genomic: GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAGgtatgatcta ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAA
EST: GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAG ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAAEST: gi|149101732|gb|EE187869.2|EE187869
genomic: GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAGgtatgatcta ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAA
EST: GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAG ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAAEST: gi|20507680|gb|BQ279727.1|BQ279727
genomic: GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAGgtatgatcta ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAA
EST: GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAG ACTATATATGCTCTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAAEST: gi|78075810|gb|DV504244.1|DV504244
genomic: GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAGgtatgatcta ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAA
EST: GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAG ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAAEST: gi|149077476|gb|EE166172.2|EE166172
genomic: GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAGgtatgatcta ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAA
EST: GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAG ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAAEST: gi|20507678|gb|BQ279726.1|BQ279726
genomic: GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAGgtatgatcta ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAA
EST: CTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAG ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAAEST: gi|211021098|gb|FL442866.1|FL442866
genomic: CTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAGgtatgatcta ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAA
EST: TGCTGCTGATGTATTGCTCAAG ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTYCCTTTGTTCATTGATACTGATCAAEST: gi|211067046|gb|FL326742.1|FL326742
genomic: TGCTGCTGATGTATTGCTCAAGgtatgatcta ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAA
EST: GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAG ACTATATATGTWWTTGGCTTCGGTGTACCTTTGTTCATTGATACTGATCAAEST: gi|149077477|gb|EE166173.2|EE166173
genomic: GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAGgtatgatcta ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAA
EST: GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAG ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAAEST: gi|71310300|gb|DR791442.1|DR791442
genomic: GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAGgtatgatcta ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAA
EST: GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAG ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAAEST: gi|71306891|gb|DR789602.1|DR789602
genomic: GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAGgtatgatcta ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAA
EST: GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAG ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAA
genomic: GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAGgtatgatcta ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAA
ttgttgcagccttttacgccatcgtacttatgaaactgactttgtccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAAGGAACTAGTGGGAAATGGGGCCTGTGGATTCTCCACAAACTTGTGCTTA
aactgac putative branch site (score: 69)
ctttgtccttattc CT-rich tract
ttatgaaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttaactcatgttgcaagtgcaaagctgattaatactctagttcacttgttgcagccttttacgccatcgtacttatgaaactgactttgtccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAAGGAACTAGTGGGAAATGGGGCCTGTGGATTCTCCACAAACTTGTGCTTA
- - - - tgttgca
- - - - - - - - - - - -gctgatt