Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatccacattggaattgttttcctaattaagtttttatgtgattgagccttattagaatttcaattcttgtcatgaaatgttgaagGTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCCGAAAGGAATAAAGGCATTTTATATGAGACTCAATGATGATGACAAGACG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G083836_T01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G083836_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os01g27520.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
gtatccacattggaattgttttcctaattaagtttttatg--tgattgagccttatt-agaatttcaattcttgtcatgaaatgttgaagGTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCCGAAAGGAATAAAGGCATTTTATATGAGACTCAATGATGATGACAAGACG-------------------------
||||| | |||||||||   |   | ||    ||   |||  | | || || || || | | ||| |  |||  || |  | |||| |||||||||||| ||||  |||||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||                          
gtatctatattggaatttaatattttatc---ttccgatgacttactgtgctttgtttacatttttatctctcttcttacattgtttaaggtatttaaccgaggtgatatttaagAAGCCGGTGATTGTTTATAACTATCCCAAAGAAATAAAGGCATTTTATATGAGACTCAATGATGATCAGAAGACTGTAGCTGCTATGGATGTTCTTGTGC

upper sequence: GRMZM2G083836_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os01g27520.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
gtatccacattggaattgttttcctaattaagtttttatg--tgattgagccttatt-agaatttcaattcttgtcatgaaatgttgaagGTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCCGAAAGGAATAAAGGCATTTTATATGAGACTCAATGATGATGACAAGACG
||||| | |||||||||   |   | ||    ||   |||  | | || || || || | | ||| |  |||  || |  | |||| |||||||||||| ||||  |||||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| 
gtatctatattggaatttaatattttatc---ttccgatgacttactgtgctttgtttacatttttatctctcttcttacattgtttaagGTATTTAACCGAGGTGATATTTAAGAAGCCGGTGATTGTTTATAACTATCCCAAAGAAATAAAGGCATTTTATATGAGACTCAATGATGATCAGAAGACT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33100320|gb|CF060280.1|CF060280
EST:     TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAG                         GTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
genomic: TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAGgtatccacat ... aatgttgaagGTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
EST: gi|40334584|gb|CK368654.1|CK368654
EST:     TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAG                         GTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
genomic: TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAGgtatccacat ... aatgttgaagGTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
EST: gi|31355350|gb|CD439707.1|CD439707
EST:     TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAG                         GTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
genomic: TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAGgtatccacat ... aatgttgaagGTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
EST: gi|32843846|gb|CD983527.1|CD983527
EST:     TGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAG                         GTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
genomic: TGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAGgtatccacat ... aatgttgaagGTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
EST: gi|19351358|gb|BM895890.1|BM895890
EST:     TTTGCCAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAG                         GTATTTACCAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
genomic: TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAGgtatccacat ... aatgttgaagGTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
EST: gi|61119073|gb|DN560034.1|DN560034
EST:     TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAG                         GTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
genomic: TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAGgtatccacat ... aatgttgaagGTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
EST: gi|17929648|gb|BM266608.1|BM266608
EST:     TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAG                         GTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
genomic: TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAGgtatccacat ... aatgttgaagGTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
EST: gi|78026378|gb|DV494765.1|DV494765
EST:     CAACAAAGTTGATTGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAG                         GTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
genomic: CAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAGgtatccacat ... aatgttgaagGTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
EST: gi|148938651|gb|EC882983.2|EC882983
EST:     TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAG                         GTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
genomic: TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAGgtatccacat ... aatgttgaagGTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
EST: gi|32929972|gb|CF034784.1|CF034784
EST:     TTTGCCAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAG                         GTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
genomic: TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAGgtatccacat ... aatgttgaagGTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
EST: gi|7238163|gb|AW573385.1|AW573385
EST:     TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAG                         GTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGNTATTGTCTATAACTATCC
genomic: TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAGgtatccacat ... aatgttgaagGTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
EST: gi|32933328|gb|CF038140.1|CF038140
EST:     TTTGACGACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAG                         GTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
genomic: TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAGgtatccacat ... aatgttgaagGTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
EST: gi|148983060|gb|EE028970.2|EE028970
EST:     TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAG                         GTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
genomic: TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAGgtatccacat ... aatgttgaagGTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
EST: gi|5343238|gb|AI795423.1|AI795423
EST:     TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAG                         GTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
genomic: TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAGgtatccacat ... aatgttgaagGTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
EST: gi|149095952|gb|EE181618.2|EE181618
EST:     AAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCTTCTGAGCATGAAAG                         GTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
genomic: AAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAGgtatccacat ... aatgttgaagGTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
EST: gi|78544242|gb|DV621740.1|DV621740
EST:     TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAG                         GTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
genomic: TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAGgtatccacat ... aatgttgaagGTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
EST: gi|33100053|gb|CF060013.1|CF060013
EST:     TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAG                         GTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
genomic: TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAGgtatccacat ... aatgttgaagGTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
EST: gi|15209114|gb|BI430998.1|BI430998
EST:     TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAG                         GTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
genomic: TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAGgtatccacat ... aatgttgaagGTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
EST: gi|148995953|gb|EE035199.2|EE035199
EST:     TTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGGAAAG                         GTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATC
genomic: TTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCAT-GAAAGgtatccacat ... aatgttgaagGTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATC
EST: gi|33099622|gb|CF059582.1|CF059582
EST:     TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAG                         GTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
genomic: TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAGgtatccacat ... aatgttgaagGTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
EST: gi|148958201|gb|EC904407.2|EC904407
EST:     TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAG                         GTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
genomic: TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAGgtatccacat ... aatgttgaagGTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
EST: gi|83279166|gb|DV943174.1|DV943174
EST:     TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAG                         GTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
genomic: TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAGgtatccacat ... aatgttgaagGTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
EST: gi|6403398|gb|AW171873.1|AW171873
EST:     AAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAG                         GTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
genomic: AAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAGgtatccacat ... aatgttgaagGTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
EST: gi|15082868|gb|BI389552.1|BI389552
EST:     TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAG                         GTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
genomic: TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAGgtatccacat ... aatgttgaagGTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
EST: gi|44901355|gb|CK827900.1|CK827900
EST:     TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAG                         GTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
genomic: TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAGgtatccacat ... aatgttgaagGTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttttatgtgattgagccttattagaatttcaattcttgtcatgaaatgttgaagGTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCCGAAAGGAATAAAGGCATTTTATATGAGACTCAATGATGATGACAAGACG
                  ttattagaatttcaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatccacattggaattgttttcctaattaagtttttatgtgattgagccttattagaatttcaattcttgtcatgaaatgttgaagGTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCCGAAAGGAATAAAGGCATTTTATATGAGACTCAATGATGATGACAAGACG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA