Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgttctctatttcctccttcctacttgcaccaatttaatgtttgtgtttatgtaatcattgtgagcaatcactttggaagtgttctaaatctgtaacatttgctggcagCTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGATGGCCCGGCCTCCAATTTGGCCTGCTGCACCAGCGCAAGCTTGGTATCCGCAACAAGCAGCATATCCACAACAA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G081812_T01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211062251|gb|FL249756.1|FL249756
EST:     CTAGGCATGGCATTTCCTCCGCGACCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAAT                         CTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGATGGCCCGGCCTCCAATTTGGCCTGC
genomic: CTAGGCATGGCATTTCCTCCGCGACCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAATgtatgttctc ... ttgctggcagCTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGATGGCCCGGCCTCCAATTTGGCCTGC
EST: gi|31361671|gb|CD446028.1|CD446028
EST:     CTAGGCATGGCATTTCCTCCGCGACCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAAT                         CTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGATGGCCCGGCCTCCAATTTGGCCTGC
genomic: CTAGGCATGGCATTTCCTCCGCGACCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAATgtatgttctc ... ttgctggcagCTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGATGGCCCGGCCTCCAATTTGGCCTGC
EST: gi|71325031|gb|DR799198.1|DR799198
EST:     CTAGGCATGGCATTTCCTCCGCGACCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAAT                         CTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGATGGCCCGGCCTCCAATTTGGCCTGC
genomic: CTAGGCATGGCATTTCCTCCGCGACCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAATgtatgttctc ... ttgctggcagCTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGATGGCCCGGCCTCCAATTTGGCCTGC
EST: gi|24462593|gb|BM660124.1|BM660124
EST:     CTAGGCATGGCATTTCCTCCGCGACCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAAT                         CTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGATGGCCCGGCCTCCAATTTGGCCTGC
genomic: CTAGGCATGGCATTTCCTCCGCGACCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAATgtatgttctc ... ttgctggcagCTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGATGGCCCGGCCTCCAATTTGGCCTGC
EST: gi|74034907|gb|DT535397.1|DT535397
EST:     AGGCATGGGCATTTCCTCCGCGAACCAGCTTATGGNGTGGCACCTCCAAT                         CTATAATCCTGCACTCAATCC
genomic: AGGCATGG-CATTTCCTCCGCGA-CCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAATgtatgttctc ... ttgctggcagCTATAATCCTGCACTCAATCC
EST: gi|26457010|gb|CA828593.1|CA828593
EST:     CTAGGCATGGCATTTCCTCCGCGACCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAAT                         CTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGATGGCCCG
genomic: CTAGGCATGGCATTTCCTCCGCGACCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAATgtatgttctc ... ttgctggcagCTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGATGGCCCG
EST: gi|22818963|gb|BU499053.1|BU499053
EST:     CTAGGCATGGCATTTCCTCCGCGACCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAAT                         CTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGAT
genomic: CTAGGCATGGCATTTCCTCCGCGACCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAATgtatgttctc ... ttgctggcagCTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGAT
EST: gi|17930578|gb|BM267538.1|BM267538
EST:     AGGCATGGCATTT-CTCCCGCGACCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAAT                         CTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGATGGCCCGGCCTCCAATTTGGCCTGC
genomic: AGGCATGGCATTTCCT-CCGCGACCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAATgtatgttctc ... ttgctggcagCTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGATGGCCCGGCCTCCAATTTGGCCTGC
EST: gi|87155380|gb|DY400169.1|DY400169
EST:     CTAGGCATGGCATTTCCTCCGCGACCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAAT                         CTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGATGGCCCGGCCTCCAATTTGGCCTGC
genomic: CTAGGCATGGCATTTCCTCCGCGACCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAATgtatgttctc ... ttgctggcagCTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGATGGCCCGGCCTCCAATTTGGCCTGC
EST: gi|26457257|gb|CA828840.1|CA828840
EST:     CTAGGCATGGCATTTCCTCCGCGACCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAAT                         CTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGATGGCCCGGCCTCCAATTTGGCCTGC
genomic: CTAGGCATGGCATTTCCTCCGCGACCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAATgtatgttctc ... ttgctggcagCTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGATGGCCCGGCCTCCAATTTGGCCTGC
EST: gi|29946767|gb|CB816315.1|CB816315
EST:     CTAGGCATGGCATTTCCTCCGCGACCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAAT                         CTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGATGGCCCGGCCTCCAATTTGGCCTGC
genomic: CTAGGCATGGCATTTCCTCCGCGACCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAATgtatgttctc ... ttgctggcagCTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGATGGCCCGGCCTCCAATTTGGCCTGC
EST: gi|32910104|gb|CF014916.1|CF014916
EST:     CTAGGCATGGCATTTCCTCCGCGACCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAAT                         CTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGATGGCCCGGCCTCCAATTTGGCCTGC
genomic: CTAGGCATGGCATTTCCTCCGCGACCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAATgtatgttctc ... ttgctggcagCTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGATGGCCCGGCCTCCAATTTGGCCTGC
EST: gi|32943947|gb|CF048766.1|CF048766
EST:     CTAGGCATGGCATTTCCTCCGCGACCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAAT                         CTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGATGGCCCGGCCTCCAATTTGGCCTGC
genomic: CTAGGCATGGCATTTCCTCCGCGACCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAATgtatgttctc ... ttgctggcagCTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGATGGCCCGGCCTCCAATTTGGCCTGC
EST: gi|26559878|gb|CA832113.1|CA832113
EST:     CTAGGCATGGCATTTCCTCCGCGACCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAAT                         CTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGATG
genomic: CTAGGCATGGCATTTCCTCCGCGACCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAATgtatgttctc ... ttgctggcagCTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGATG
EST: gi|22543269|gb|BU093707.1|BU093707
EST:     CTAGGCATGGCATTTCCTCCGCGACCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAAT                         CTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGATGGCCCGGCCTCCAATTTGGCCTGC
genomic: CTAGGCATGGCATTTCCTCCGCGACCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAATgtatgttctc ... ttgctggcagCTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGATGGCCCGGCCTCCAATTTGGCCTGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atcattgtgagcaatcactttggaagtgttctaaatctgtaacatttgctggcagCTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGATGGCCCGGCCTCCAATTTGGCCTGCTGCACCAGCGCAAGCTTGGTATCCGCAACAAGCAGCATATCCACAACAA
                            ttctaaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgttctctatttcctccttcctacttgcaccaatttaatgtttgtgtttatgtaatcattgtgagcaatcactttggaagtgttctaaatctgtaacatttgctggcagCTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGATGGCCCGGCCTCCAATTTGGCCTGCTGCACCAGCGCAAGCTTGGTATCCGCAACAAGCAGCATATCCACAACAA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAAGCT