Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgttagaagtgtcttttggttgaacttgtttgaagctctgcctggacactctttagttttataaagaggaatcctgtgattgtttggggagttgttcagtcaggtgtatattaagacactgcattgctcttacccctcgctttgctcttactactttttttgctggcattcttttgtgcatggtgtccaaaatagGTAAGAATGGATGGAGAGTTGAACTATCTCGTAATTCCAGTGGTCGTGGTGGTCGTGATCGGTATGGTGGATCTGAGTCGAAGTGCTATGAATGTGGTGA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G080930_T03
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G080930_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os02g54770.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
gtatgttagaagtgtcttttggttgaacttgtttgaagctctgcctggacactctttagttttataaagaggaatcctgtgattgtttggggagttgttcagtcaggtgtatattaagacactgcattgctcttacccctcgctttgctcttactactttttttgctggcattcttttg--tgcatggtgtcc---aaaatagGTAAGAATGGATGGAGAGTTGAACTATCTCGTAATTCCAGTGGTCGTGGTGGTCGTGATCGGTATGGTGGATCTGAGTCGAAGTGCTATGAATGTGGTGA
                                                                                                   || |||  |  |||    |    ||||    |  | ||  |    ||    ||| |   |   ||    | |||  ||    ||| ||||  |      |||||| |||||||||||||||||||| || || || || || ||| | || || |||||||||||  ||||||| ||||||  |||||||||||| ||||||||
---------------------------------------------------------------------------------------------------caatcatcttcata----ggttgtgcaagctttgtccctgtgtagttagaattaatttatgcattatcaggatttgttcaaatgcgtggttcctcttttaatagGCAAGAATGGATGGAGAGTTGAGCTCTCACGGAACTCAAGTAGCCGCGGAGGTCGTGATCGACATGGTGGGTCTGAGATGAAGTGCTATGAGTGTGGTGA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211274557|gb|FL349470.1|FL349470
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCGGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAGAGTTGAACTATCTCGTAATTCCAGTGGTCGTGGTG
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCGGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttaga ... tccaaaatagGTAAGAATGGATGGAGAGTTGAACTATCTCGTAATTCCAGTGGTCGTGGTG
EST: gi|211470387|gb|FL342153.1|FL342153
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCGGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAGAGTTGAACTATCTCGTAATTCCAGTGGTCGTGGTG
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCGGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttaga ... tccaaaatagGTAAGAATGGATGGAGAGTTGAACTATCTCGTAATTCCAGTGGTCGTGGTG
EST: gi|211047373|gb|FL359874.1|FL359874
EST:     TGATTTTKACGACAGGAGGGATGCGGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAGAGTTGAACTATCTCGTAATTCCAGTGGTCGTGGTG
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCGGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttaga ... tccaaaatagGTAAGAATGGATGGAGAGTTGAACTATCTCGTAATTCCAGTGGTCGTGGTG
EST: gi|211416748|gb|FL321413.1|FL321413
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCGGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAGAGTTGAACTATCTCGTAATTCCAGTGGTCGTGGTG
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCGGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttaga ... tccaaaatagGTAAGAATGGATGGAGAGTTGAACTATCTCGTAATTCCAGTGGTCGTGGTG
EST: gi|211310251|gb|FL338861.1|FL338861
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCGGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAGAGTTGAACTATCTCGTAATTCCAGTGGTCGTGGTG
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCGGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttaga ... tccaaaatagGTAAGAATGGATGGAGAGTTGAACTATCTCGTAATTCCAGTGGTCGTGGTG
EST: gi|211055147|gb|FL320204.1|FL320204
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCGGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAGAGTTGAACTATCTCGTAATTCCAGTGGTCGTGGTG
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCGGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttaga ... tccaaaatagGTAAGAATGGATGGAGAGTTGAACTATCTCGTAATTCCAGTGGTCGTGGTG
EST: gi|211072623|gb|FL332514.1|FL332514
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCGGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAGAGTTGAACTATCTCGTAATTCCAGTGGTCGTGGTG
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCGGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttaga ... tccaaaatagGTAAGAATGGATGGAGAGTTGAACTATCTCGTAATTCCAGTGGTCGTGGTG
EST: gi|211091140|gb|FL328973.1|FL328973
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCGGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAGAGTTGAACTATCTCGTAATTCCAGTGGTCGTGGTG
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCGGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttaga ... tccaaaatagGTAAGAATGGATGGAGAGTTGAACTATCTCGTAATTCCAGTGGTCGTGGTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttgctcttactactttttttgctggcattcttttgtgcatggtgtccaaaatagGTAAGAATGGATGGAGAGTTGAACTATCTCGTAATTCCAGTGGTCGTGGTGGTCGTGATCGGTATGGTGGATCTGAGTCGAAGTGCTATGAATGTGGTGA
    ctcttac  putative branch site (score: 3)
       ttactacttttttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgttagaagtgtcttttggttgaacttgtttgaagctctgcctggacactctttagttttataaagaggaatcctgtgattgtttggggagttgttcagtcaggtgtatattaagacactgcattgctcttacccctcgctttgctcttactactttttttgctggcattcttttgtgcatggtgtccaaaatagGTAAGAATGGATGGAGAGTTGAACTATCTCGTAATTCCAGTGGTCGTGGTGGTCGTGATCGGTATGGTGGATCTGAGTCGAAGTGCTATGAATGTGGTGA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGTGGA