1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...ctcctaaaaaacagttatcttctgagcagatatgcagatattagttgaacaagcgtatcaagcacccttgttaataaaccctggttgtgttttgatgcagCTCTAAATGATGCCTTGAGGGAAGAAGTCCAGCGGCTTAAGATAGCCGCAGGGCAGGTCCCCAACATGAACGGGAATCCCTTCAATGGAGGACTATCACA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G079365_T01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCTGAAACTCCGGTTGCAGGCCATGGAAGAACAAGCTAAACTTCGAGATG CTCTAAATGATGCCTTGAGGGAAGAAGTCCAGCGGCTTAAGATAGCCGCAGEST: gi|78121771|gb|DV540155.1|DV540155
genomic: GCTGAAACTCCGGTTGCAGGCCATGGAAGAACAAGCTAAACTTCGAGATGgtatgtcctt ... tttgatgcagCTCTAAATGATGCCTTGAGGGAAGAAGTCCAGCGGCTTAAGATAGCCGCAG
EST: GCTGAAACTCCGGTTGCAGGCCATGGAAGAACAAGCTAAACTTCGAGATG CTTTAAATGATGCCTTGAGGGAAGAAGTCCAGCGGCTTAAGATAGCCGCAGEST: gi|78107383|gb|DV525801.1|DV525801
genomic: GCTGAAACTCCGGTTGCAGGCCATGGAAGAACAAGCTAAACTTCGAGATGgtatgtcctt ... tttgatgcagCTCTAAATGATGCCTTGAGGGAAGAAGTCCAGCGGCTTAAGATAGCCGCAG
EST: GCTGAAACTCCGGTTGCAGGCCATGGAAGAACAAGCTAAACTTCGAGATG CTCTAAATGATGCCTTGAGGGAAGAAGTCCAGCGGCTTAAGATAGCCGCAGEST: gi|161580529|gb|EY956309.1|EY956309
genomic: GCTGAAACTCCGGTTGCAGGCCATGGAAGAACAAGCTAAACTTCGAGATGgtatgtcctt ... tttgatgcagCTCTAAATGATGCCTTGAGGGAAGAAGTCCAGCGGCTTAAGATAGCCGCAG
EST: CGGTTGCAGGCCATGGAAGAACAAGCTAAACTTCGAGATG CTCTAAATGATGCCTTGGAGGGAAGAAGTCCAGCGGCTTAAGATAGCCGCAEST: gi|113704206|gb|EE681710.1|EE681710
genomic: CGGTTGCAGGCCATGGAAGAACAAGCTAAACTTCGAGATGgtatgtcctt ... tttgatgcagCTCTAAATGATGCCTTG-AGGGAAGAAGTCCAGCGGCTTAAGATAGCCGCA
EST: GCTGAAACTCCGGTTGCAGGCCATGGAAGAACAAGCTAAACTTCGAGATG CTCTAAATGATGCCTTGAGGGAAGAAGTCCAGCGGCTTAAGATAGCCGCAGEST: gi|71416543|gb|DR803743.1|DR803743
genomic: GCTGAAACTCCGGTTGCAGGCCATGGAAGAACAAGCTAAACTTCGAGATGgtatgtcctt ... tttgatgcagCTCTAAATGATGCCTTGAGGGAAGAAGTCCAGCGGCTTAAGATAGCCGCAG
EST: GCTGAAACTCCGGTTGCAGGCCATGGAAGAACAAGCTAAACTTCGAGATG CTCTAAATGATGCCTTGAGGGAAGAAGTCCAGCGGCTTAAGATAGCCGCAGEST: gi|91056252|gb|EB166670.1|EB166670
genomic: GCTGAAACTCCGGTTGCAGGCCATGGAAGAACAAGCTAAACTTCGAGATGgtatgtcctt ... tttgatgcagCTCTAAATGATGCCTTGAGGGAAGAAGTCCAGCGGCTTAAGATAGCCGCAG
EST: GCTGAAACTCCGGTTGCAGGCCATGGAAGAACAAGCTAAATTTCGAGATG CTTTAAATGATGCCTTGAGGGAAGAAGTCCAGCGGCTTAAGATAGCCGCAGEST: gi|148946695|gb|EC891958.2|EC891958
genomic: GCTGAAACTCCGGTTGCAGGCCATGGAAGAACAAGCTAAACTTCGAGATGgtatgtcctt ... tttgatgcagCTCTAAATGATGCCTTGAGGGAAGAAGTCCAGCGGCTTAAGATAGCCGCAG
EST: CGGTTGCAGGCCATGGAAGAACAAGCTAAACTTCGAGATG CTCTAAATGATGCCTTGAGGGAAGAAGTCCAGCGGCTTAAGATAGCCGCAGEST: gi|32832398|gb|CD972076.1|CD972076
genomic: CGGTTGCAGGCCATGGAAGAACAAGCTAAACTTCGAGATGgtatgtcctt ... tttgatgcagCTCTAAATGATGCCTTGAGGGAAGAAGTCCAGCGGCTTAAGATAGCCGCAG
EST: GCTGAAACTCCGGTTGCAGGCCATGGAAGAACAAGCTAAACTTCGAGATG CTCTAAATGATGCCTTGAGGGAAGAAGTCCAGCGGCTTAAGATAGCCGCAGEST: gi|74242434|gb|DT650348.1|DT650348
genomic: GCTGAAACTCCGGTTGCAGGCCATGGAAGAACAAGCTAAACTTCGAGATGgtatgtcctt ... tttgatgcagCTCTAAATGATGCCTTGAGGGAAGAAGTCCAGCGGCTTAAGATAGCCGCAG
EST: GCTGAAACTCCGGTTGCAGGCCATGGAAGAACAAGCTAAACTTCGAGATG CTTTAAATGATGCCTTGAGGGAAGAAGTCCAGCGGCTTAAGATAGCCGCAGEST: gi|50332296|gb|CO527422.1|CO527422
genomic: GCTGAAACTCCGGTTGCAGGCCATGGAAGAACAAGCTAAACTTCGAGATGgtatgtcctt ... tttgatgcagCTCTAAATGATGCCTTGAGGGAAGAAGTCCAGCGGCTTAAGATAGCCGCAG
EST: GCTGAAACTCCGGTTGCAGGCCATGGAAGAACAAGCTAAACTTCGAGATG CTCTAAATGATGCCTTGAGGGAAGAAGTCCAGCGGCTTAAGATAGCCGCAGEST: gi|76016952|gb|DT944122.1|DT944122
genomic: GCTGAAACTCCGGTTGCAGGCCATGGAAGAACAAGCTAAACTTCGAGATGgtatgtcctt ... tttgatgcagCTCTAAATGATGCCTTGAGGGAAGAAGTCCAGCGGCTTAAGATAGCCGCAG
EST: GCTGAAACTCCGGTTGCAGGCCATGGAAGAACAAGCTAAACTTCGAGATG CTCTAAATGATGCCTTGAGGGAAGAAGTCCAGCGGCTTAAGATAGCCGCAGEST: gi|93011791|gb|EB637311.1|EB637311
genomic: GCTGAAACTCCGGTTGCAGGCCATGGAAGAACAAGCTAAACTTCGAGATGgtatgtcctt ... tttgatgcagCTCTAAATGATGCCTTGAGGGAAGAAGTCCAGCGGCTTAAGATAGCCGCAG
EST: GCTGAAACTCCGGTGGCAGGCCATGGAAGAACAAGCTAAATTTCGAGATG CTCTAAATGATGCCTTGAGGGAAGAAGTCCAGCGGCTTAAGATAGCCGCAGEST: gi|78084457|gb|DV512850.1|DV512850
genomic: GCTGAAACTCCGGTTGCAGGCCATGGAAGAACAAGCTAAACTTCGAGATGgtatgtcctt ... tttgatgcagCTCTAAATGATGCCTTGAGGGAAGAAGTCCAGCGGCTTAAGATAGCCGCAG
EST: CCGGTTGCAGGCCATGGAAGAACAAGCTAAACTTCGAGATG CTTTAAGTGATGCCCTGGGGGAAGAAGTCCAGCGGCTTAAGATAGCCGCAG
genomic: CCGGTTGCAGGCCATGGAAGAACAAGCTAAACTTCGAGATGgtatgtcctt ... tttgatgcagCTCTAAATGATGCCTTGAGGGAAGAAGTCCAGCGGCTTAAGATAGCCGCAG
tgaacaagcgtatcaagcacccttgttaataaaccctggttgtgttttgatgcagCTCTAAATGATGCCTTGAGGGAAGAAGTCCAGCGGCTTAAGATAGCCGCAGGGCAGGTCCCCAACATGAACGGGAATCCCTTCAATGGAGGACTATCACA
ttgttaataaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ctcctaaaaaacagttatcttctgagcagatatgcagatattagttgaacaagcgtatcaagcacccttgttaataaaccctggttgtgttttgatgcagCTCTAAATGATGCCTTGAGGGAAGAAGTCCAGCGGCTTAAGATAGCCGCAGGGCAGGTCCCCAACATGAACGGGAATCCCTTCAATGGAGGACTATCACA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - taaaaaa
- - - - - - - - -tcttctg
- - - - - - - - - - - - - - -atatgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaacaag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctggttg