Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagttgatctcatttgtgtaatttatcgtactggatgttctggcgtaaaattattctggagttatcaaaattttgtagGCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G079256_T01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G079256_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os09g10600.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
gtaagttgatctcatttgtgtaatttatcgtactggatgttctggcgtaaaattattctggagttatcaaaattttgtagGCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA
||||||||||||||||   | | | |||| |  | |||||||||| | |||   | |      | ||    || ||  ||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||
gtaagttgatctcattcacgaagtgtatcattatagatgttctggtggaaa--cacttaattctcattctcatctt-cagGCACTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGGCGTGGGAAGTTTGACGAATCACGAAA

upper sequence: GRMZM2G079256_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT2G05990.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
gtaagttgatctcatttgtgtaatttatcgtactggatgttctggcgtaaaattattctggagttatcaaaattttgtagGCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA
||||||   | |   ||  |    || | ||        ||      | | | ||  ||     |   |   | |  |||||  | || ||||||||||||||||||||||||||||| || ||  | |||||   
gtaagtcatttttggttcagctgcttttagtttccttcattgctaaattatactaacctatgaatgg-atggtctactagGCACTTAATATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAATTCGACCAGTCACGAGT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211312412|gb|FL116820.1|FL116820
EST:     GGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATTNCTTGT-GGTACATGGGTGCCT                         GCGTTGA-CATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: GGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATT-CTTGTTGGTACATGGGTGCCTgtaagttgat ... aattttgtagGCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|211312423|gb|FL116831.1|FL116831
EST:     AGGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATTCTTGTTGGTACATGGGTGCCT                         GCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATTCTTGTTGGTACATGGGTGCCTgtaagttgat ... aattttgtagGCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|32865280|gb|CF004962.1|CF004962
EST:     AGGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATTCTTGTTGGTACATGGGTGCCT                         GCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATTCTTGTTGGTACATGGGTGCCTgtaagttgat ... aattttgtagGCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|32863455|gb|CF003137.1|CF003137
EST:     AGGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATTCTTGTTGGTACATGGGTGCCT                         GCGTTGAACATATTTGA
genomic: AGGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATTCTTGTTGGTACATGGGTGCCTgtaagttgat ... aattttgtagGCGTTGAACATATTTGA
EST: gi|60345537|gb|DN212510.1|DN212510
EST:     CTTGTTGGTACATGGGTGCCT                         GCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: CTTGTTGGTACATGGGTGCCTgtaagttgat ... aattttgtagGCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|21987661|gb|BQ779189.1|BQ779189
EST:     AGGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATTCTTGTTGGTACATGGGTGCCT                         GCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATTCTTGTTGGTACATGGGTGCCTgtaagttgat ... aattttgtagGCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|32907240|gb|CF012053.1|CF012053
EST:     AGGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATTCTTGTTGGTACATGGGTGCCT                         GCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATTCTTGTTGGTACATGGGTGCCTgtaagttgat ... aattttgtagGCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|78076466|gb|DV504900.1|DV504900
EST:     AGGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATTCTTGTTGGTACATGGGTGCCT                         GCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATTCTTGTTGGTACATGGGTGCCTgtaagttgat ... aattttgtagGCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|211312417|gb|FL116825.1|FL116825
EST:     AGGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATTCTTGTTGGTACATGGGTGCCT                         GCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATTCTTGTTGGTACATGGGTGCCTgtaagttgat ... aattttgtagGCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|211314440|gb|FL116834.1|FL116834
EST:     AGGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATTCTTGTTGGTACATGGGTGCCT                         GCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATTCTTGTTGGTACATGGGTGCCTgtaagttgat ... aattttgtagGCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|32908286|gb|CF013099.1|CF013099
EST:     AGGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATTCTTGTTGGTACATGGGTGCCT                         GCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATTCTTGTTGGTACATGGGTGCCTgtaagttgat ... aattttgtagGCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|67011703|gb|CO440452.1|CO440452
EST:     AGGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATTCTTGTTGGTACATGGGTGCCT                         GCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATTCTTGTTGGTACATGGGTGCCTgtaagttgat ... aattttgtagGCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|87156317|gb|DY401106.1|DY401106
EST:     AGGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATTCTTGTTGGTACATGGGTGCCT                         GCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATTCTTGTTGGTACATGGGTGCCTgtaagttgat ... aattttgtagGCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|211314439|gb|FL116833.1|FL116833
EST:     AGGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATTCTTGTTGGTACATGGGTGCCT                         GCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGNTTGATGAATCA
genomic: AGGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATTCTTGTTGGTACATGGGTGCCTgtaagttgat ... aattttgtagGCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|32911684|gb|CF016496.1|CF016496
EST:     AGGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATTCTTGATGGTACATGGGTGCCT                         GCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATTCTTGTTGGTACATGGGTGCCTgtaagttgat ... aattttgtagGCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|71332949|gb|DR803501.1|DR803501
EST:     AGGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATTCTTGTTGGTACATGGGTGCCT                         GCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATTCTTGTTGGTACATGGGTGCCTgtaagttgat ... aattttgtagGCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|211314448|gb|FL116842.1|FL116842
EST:     GGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATTCTTGT-GGTACATGGGTGCCCT                         GCGT-GAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGAAAAAGTT-GATGA-T
genomic: GGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATTCTTGTTGGTACATGGGTGCC-Tgtaagttgat ... aattttgtagGCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAA-GTTTGATGAAT
EST: gi|211312419|gb|FL116827.1|FL116827
EST:     AGGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATTCTTGTTGGTACATGGGTGCCT                         GCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATTCTTGTTGGTACATGGGTGCCTgtaagttgat ... aattttgtagGCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|211314447|gb|FL116841.1|FL116841
EST:     AGGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATTCTTGTTGGTACATGGGTGCCT                         GCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATTCTTGTTGGTACATGGGTGCCTgtaagttgat ... aattttgtagGCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|211312418|gb|FL116826.1|FL116826
EST:     AGGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATTCTTGTTGGTACATGGGTGCCT                         GCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATTCTTGTTGGTACATGGGTGCCTgtaagttgat ... aattttgtagGCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|211314443|gb|FL116837.1|FL116837
EST:     AGGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATTCTTGTTGGTACATGGGTGCCT                         GCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATTCTTGTTGGTACATGGGTGCCTgtaagttgat ... aattttgtagGCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|22819573|gb|BU499663.1|BU499663
EST:     AGGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATTCTTGTTGGTACATGGGTGCCT                         GCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATTCTTGTTGGTACATGGGTGCCTgtaagttgat ... aattttgtagGCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|211314444|gb|FL116838.1|FL116838
EST:     AGGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATTCTTGTTGGTACATGGGTGCCT                         GCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATTCTTGTTGGTACATGGGTGCCTgtaagttgat ... aattttgtagGCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|31356068|gb|CD440425.1|CD440425
EST:     AGGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATTCTTGTTGGTACATGGGTGCCT                         GCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATTCTTGTTGGTACATGGGTGCCTgtaagttgat ... aattttgtagGCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|211312415|gb|FL116823.1|FL116823
EST:     AGGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATTCTTGTTGGTACATGGGTGCCT                         GCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATTCTTGTTGGTACATGGGTGCCTgtaagttgat ... aattttgtagGCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|26559923|gb|CA832158.1|CA832158
EST:     AGGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATTCTTGTTGGTACATGGGTGCCT                         GCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATTCTTGTTGGTACATGGGTGCCTgtaagttgat ... aattttgtagGCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|211310397|gb|FL116818.1|FL116818
EST:     AGGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATTCTTGTTGGTACATGGGTGCCT                         GCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATTCTTGTTGGTACATGGGTGCCTgtaagttgat ... aattttgtagGCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|211314445|gb|FL116839.1|FL116839
EST:     AGGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATTCTTGTTGG-ACATGGGTGCCT                         GCGTT-AACATATTTGA-ACCAGCTTGAGACGTGAAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATTCTTGTTGGTACATGGGTGCCTgtaagttgat ... aattttgtagGCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|211310393|gb|FL116814.1|FL116814
EST:     AGGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATTCTTGTTGGTACATGGGTGCCT                         GCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGT
genomic: AGGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATTCTTGTTGGTACATGGGTGCCTgtaagttgat ... aattttgtagGCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 48 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 242

ATTTATAGCTGGAGTTGCTGATGATAATGGTTATGGTTGGGCAATTGCTAAGGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATTCTTGTTGGTACATGGGTGCCTgtaagttgat ... aattttgtagGCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 149

ATTTATAGCTGGAGTTGCTGATGATAATGGTTATGGTTGGGCAATTGCTAAGGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATTCTTGTTGGTACATGGGTGCCTgtaagttgat ... aattttgtagGCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA


Block sizes: 46 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 66

ATTTATAGCTGGAGTTGCTGATGATAATGGTTATGGTTGGGCAATTGCTAAGGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATTCTTGTTGGTACATGGGTGCCTgtaagttgat ... aattttgtagGCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA


Block sizes: 45 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 97

ATTTATAGCTGGAGTTGCTGATGATAATGGTTATGGTTGGGCAATTGCTAAGGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAGATTCTTGTTGGTACATGGGTGCCTgtaagttgat ... aattttgtagGCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatcgtactggatgttctggcgtaaaattattctggagttatcaaaattttgtagGCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA
                                      ttatcaaaattttgta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaagttgatctcatttgtgtaatttatcgtactggatgttctggcgtaaaattattctggagttatcaaaattttgtagGCGTTGAACATATTTGAGACAAGCTTGAGACGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAAGCT