1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...gacatgtggatatgcaaattatttgctgtgtctgtatggactcacttcatatgtggtactgatcagtaattaatgatgacttgtattgttgtcttttcagAGAATGCTCGTGTAATGGTCCTAGCTGCTACAAACAGGCCTTCTGAGCTAGATGAGGCCATCCTAAGGCGCTTTACTCAGATATTTGAGATTGGAATTCC
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G075584_T02 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TAATATGAAGACAGAGTTCATGTCCCTCTGGGATGGCTTCACCACTGATC AGAATGCTCGTGTAATGGTCCTAGCTGCTACAAACAGGCCTTCTGAGCTEST: gi|148964391|gb|EC905767.2|EC905767
genomic: TAATATGAAGACAGAGTTCATGTCCCTCTGGGATGGCTTCACCACTGATCgtgagtcctt ... gtcttttcagAGAATGCTCGTGTAATGGTCCTAGCTGCTACAAACAGGCCTTCTGAGCT
EST: TAATATGAAGACAGAGTTCATGTCCCTCTGGGATGGCTTCACCACTGATC AGAATGCTCGTGTAATGGTCCTAGCTGCTACAAACAGGCCTTCTGAGCTAGEST: gi|74245966|gb|DT653880.1|DT653880
genomic: TAATATGAAGACAGAGTTCATGTCCCTCTGGGATGGCTTCACCACTGATCgtgagtcctt ... gtcttttcagAGAATGCTCGTGTAATGGTCCTAGCTGCTACAAACAGGCCTTCTGAGCTAG
EST: TAATATGAAGACAGAGTTCATGTCCCTCTGGGATGGCTTCACCACTGATC AGAATGCTCGTGTAATGGTCCTAGCTGCTACAAACAGGCCTTCTGAGCTAG
genomic: TAATATGAAGACAGAGTTCATGTCCCTCTGGGATGGCTTCACCACTGATCgtgagtcctt ... gtcttttcagAGAATGCTCGTGTAATGGTCCTAGCTGCTACAAACAGGCCTTCTGAGCTAG
ttcatatgtggtactgatcagtaattaatgatgacttgtattgttgtcttttcagAGAATGCTCGTGTAATGGTCCTAGCTGCTACAAACAGGCCTTCTGAGCTAGATGAGGCCATCCTAAGGCGCTTTACTCAGATATTTGAGATTGGAATTCC
ttgtcttttc CT-rich tract
taattaatgat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gacatgtggatatgcaaattatttgctgtgtctgtatggactcacttcatatgtggtactgatcagtaattaatgatgacttgtattgttgtcttttcagAGAATGCTCGTGTAATGGTCCTAGCTGCTACAAACAGGCCTTCTGAGCTAGATGAGGCCATCCTAAGGCGCTTTACTCAGATATTTGAGATTGGAATTCC
- catgtgg
- - - - - tatgcaa
- - - - - - - - - - -tttgctg
- - - - - - - - - - - - - - - -ctgtatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ggtactg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - atgatga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtattg