Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttagtgctcctgtgcactatgagggtctgttcattttctgatgattggtgaatgcatgtcgacagccttatttgttctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCAAGGATGGCTACATGATCTCATCTGGTCAGCCAGTGAATGAGTACATCG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G074300_T02
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G074300_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os03g38000.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
gttagtgctcctgtgcactatgagg-gtctgttcattttctgatgattggtgaatgcat----gtcga-cagccttatttgttctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCAAGGATGGCTACATGATCTCATCTGGTCAGCCAGTGAATGAGTACATCG
|| ||| | | ||| || ||  |      ||| ||  |  ||||  || ||  |  |||    || || | |     ||| |||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
gtgagttc-cttgtacaataaaaattacatgtgcaaatg-tgatattttgtacacacattaaagttgaactgatccctttattcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCAAGGATGGTTACATGATCTCATCTGGTCAGCCAGTCAATGAGTACATTG

upper sequence: GRMZM2G074300_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: PP1S127_74V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 4
gttagtgctcctgtgcactatgagggtctgttca---------ttttctgatgattggtgaatgcatgtcgacagccttatt----tgttctaata-cagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCAAGGATGGCTACATGATCTCATCTGGTCAGCCAGTGAATGAGTACATCG
     | |||  ||   |    ||  |||||  |         ||| |   |  ||  | | |  |||   |    ||  ||    | |  |  || ||||| |||||||| ||||||||  | ||     | || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    || || || || |||||||
acatcttctctagtatgcggcaagtatctgtcaagcaaaaaactttacaatttttttttaattaaatgcaaatgatctcgttgctgtatgttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTCAAGGATGGTTACATGATCTCATCTGGGAGCCCTGTCAACGATTACATCG

upper sequence: GRMZM2G074300_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: PP1S31_178V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 4
------gttagtgctcctgtgcactatgagggtctgttcattttctgatgattg---gtgaatgcatgtc-gacagccttatttgtt-----ctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCAAGGATGGCTACATGATCTCATCTGGTCAGCCAGTGAATGAGTACATCG
      | |   || |   | |||| | |   ||||     || | |   ||||   ||  || ||| |  | |    |  |||||      |    |||||| || ||||||||||||||  | ||     | || |||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||    || || || || ||||| |
aattgagctttagcactgcttcactgttaca-tctggaagattgcaggatattgtatgtagattcatctttgtctaattagtttgtgggtggcggtcacagGTGATAGTGAGTGGAAAGCTTCGTGCAGCTCGTGCAAAGTCCATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATATCATCTGGAAGCCCTGTCAACGACTACATTG

upper sequence: GRMZM2G074300_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: PP1S41_146V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 4
----gttagtgctcc-tgtgcactatgagggtctg---ttcattttctg--atgattggtgaatgcatgtcgacagccttatt----tgttctaat-acagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCAAGGATGGCTACATGATCTCATCTGGTCAGCCAGTGAATGAGTACATCG
    | || ||     | || | || | || ||||   | || |    |  |   || |   |    |||   | |  |  ||    |||   |||   |||||||||| |||||||||||  | ||     |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||    || || || || |||||||
acttgataatgtgatgtatggagta-gtggctctgacttacagtcatcgctacagttagcagaattgtgtaatctgattagttgacgtgtgggaattgtagGTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTCAAGGATGGCTACATGATTTCATCAGGAAGCCCCGTCAACGATTACATCG

upper sequence: GRMZM2G074300_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: PP1S29_222V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 4
------gttagtgctcctgtgcactatgagggtctgttcattttctgatgattggtgaatgc---atgtcgacagccttattt--gttctaa---tacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCAAGGATGGCTACATGATCTCATCTGGTCAGCCAGTGAATGAGTACATCG
       | ||||      |   |  ||| |      || |||   ||  || |  |||||    |||     | |   ||    |  ||     ||||||||||||| ||||||||| |  | ||    || |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||    || || ||||| || || |
aagcatttgagtgtgatcatatgccgtgaagtagccctcgtttgtagaatatagcagaatgtgcgatgcttgtaacacaatcaaggggctgggtttacagGTCATTGTCAGTGGAAAGTTGCGTGCCGCTAGGGCCAAGTCTATGAAATTCAAGGATGGCTACATGATCTCATCCGGAAGCCCCGTCAATGATTATATTG

upper sequence: GRMZM2G074300_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: PP1S454_3V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 4
-------gttagtgctcctgtgcactatgagg-gtctgttcattttctgatga--ttggtgaatgcat-gt-cgacagccttatttgttctaa--tacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCAAGGATGGCTACATGATCTCATCTGGTCAGCCAGTGAATGAGTACATCG
         |  ||     ||||      ||    | |   | |||||| | |  | |||| | |||| ||  |||    |||   | | |    | ||||||||||| ||||| |||||  | ||    || |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||    || || ||||| |||||||
tcctttttctcatggagtagtgcgtctgaagacacccgaatactttctggttaagtaggtgcaagcattgtgtgacgatgttagcgggtttggcttgcagGTCATTGTCAGTGGCAAGCTGCGTGCCGCTAGGGCCAAGTCTATGAAGTTCAAGGACGGCTACATGATTTCATCCGGAAGCCCTGTCAATGATTACATCG

upper sequence: GRMZM2G074300_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: PP1S136_175V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 4
-----gttagtgctcctgtgcactatgagg-----gtctgttcattttctgatgattggtgaatgcatgtcgacagccttatttgttctaa----tacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCAAGGATGGCTACATGATCTCATCTGGTCAGCCAGTGAATGAGTACATCG
     ||| |  ||    |  |  ||| ||     || ||| |   |     | ||  |  |     ||   |  |  ||   |  | | |    | ||||| || || |||||||||||  | ||     | ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||    || || || || ||||| |
atggagtttgaactgaaatatatgatgtggttaacgtttgtactactatcagttatcagctatcagttgctcaacgtattccatcgtgtgacggttgcagGTGATCGTAAGTGGAAAGCTGCGCGCAGCTCGTGCCAAGTCCATGAAGTTCAAGGACGGCTATATGATTTCATCAGGAAGCCCTGTCAACGATTACATTG

upper sequence: GRMZM2G074300_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: EFJ31038 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 4
gttagtgctcctgtgcactatgagggtctgttcattttctgatgattggtgaatgcatgtcgacagccttatt--tgttctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCAAGGATGGCTACATGATCTCATCTGGTCAGCCAGTGAATGAGTACATCG
                         || ||  |    |||    |||      | || || |  | | |||||  ||      | ||||| |||||||| || |||||| | || ||| | |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| |||||    || ||||| |||| |||||
-------------------------gtatggacgaactctcggcattttgctcttcaggttg-taactttattcctggctcctttcagGTGATTGTGAGCGGCAAGCTCCGAGCCCAACGCGCCAAGTCGATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATCTCGTCTGGCAGCCCCGTGAACGAGTTCATCG

upper sequence: GRMZM2G074300_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: EFJ34304 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 4
gttagtgctcctgtgcactatgagggtctgttcattttctgatgattggtgaatgcatgtcgacagccttatt--tgttctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCAAGGATGGCTACATGATCTCATCTGGTCAGCCAGTGAATGAGTACATCG
                         || ||  |    |||    |||      | || || |  | | | |||  ||      | ||||| |||||||| || |||||| | || ||| | |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| |||||    || ||||| |||| ||| |
-------------------------gtatggacgaactctcggcattttgctcttcaggttg-taacttcattcctggctcctttcagGTGATTGTGAGCGGCAAGCTCCGAGCCCAACGCGCCAAGTCGATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATCTCGTCTGGCAGCCCCGTGAACGAGTTCATTG

upper sequence: GRMZM2G074300_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: EFJ34676 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 4
gttagtgctcctgtgcactatgagggtctgttcattttctgatgattggtgaatgcatgtcgacagccttatt--tgttctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCAAGGATGGCTACATGATCTCATCTGGTCAGCCAGTGAATGAGTACATCG
                         || ||  |    |||    |||      | || || |  | | |||||  ||      | ||||| |||||||| || |||||| | || ||| | |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| |||||    || ||||| |||| ||| |
-------------------------gtatggacgaactctcggcattttgctcttcaggttg-taactttattcctggctcctttcagGTGATTGTGAGCGGCAAGCTCCGAGCCCAACGCGCCAAGTCGATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATCTCGTCTGGCAGCCCCGTGAACGAGTTCATTG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211264435|gb|FL070938.1|FL070938
EST:     GCTATGGCGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|22546268|gb|BU098579.1|BU098579
EST:     CTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAATT
genomic: CTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGA-GTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAA-GCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTT
EST: gi|26457601|gb|CA829184.1|CA829184
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|211507270|gb|FL197054.1|FL197054
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|37424890|gb|CF650179.1|CF650179
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|148933725|gb|EC877641.2|EC877641
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCCAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|211374869|gb|FL197001.1|FL197001
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAA
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAA
EST: gi|4874453|gb|AI673973.1|AI673973
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAA
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAA
EST: gi|32164835|gb|CD670153.1|CD670153
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|9254109|gb|BE344577.1|BE344577
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|27522126|gb|CA989232.1|CA989232
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|211514357|gb|FL197096.1|FL197096
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTNGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTT
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATT-GTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTT
EST: gi|211512006|gb|FL197086.1|FL197086
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCCAGTCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|29576818|gb|CB616930.1|CB616930
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|32864638|gb|CF004320.1|CF004320
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|76284526|gb|DV024094.1|DV024094
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|32850480|gb|CD990161.1|CD990161
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|211507269|gb|FL197053.1|FL197053
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGNCTCAA-GAGCCAAGTCCATGAAGGT
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGG-CTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAG-T
EST: gi|15053894|gb|BI359439.1|BI359439
EST:     GCTATGGCGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGT
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGT
EST: gi|22546706|gb|BU099017.1|BU099017
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|148991020|gb|EE032461.2|EE032461
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCACAGAG
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAG
EST: gi|21626375|gb|BQ621296.1|BQ621296
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCATGGCTCATAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|211369553|gb|FL196974.1|FL196974
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|211372204|gb|FL196985.1|FL196985
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|29947264|gb|CB816565.1|CB816565
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|6918465|gb|AW399995.1|AW399995
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|211374868|gb|FL197000.1|FL197000
EST:     GCTATGGKGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGKGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCA
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCA
EST: gi|22545535|gb|BU097894.1|BU097894
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|211504914|gb|FL197044.1|FL197044
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGC-AAGTCCATGAAGT
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGT
EST: gi|211514361|gb|FL197100.1|FL197100
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|211512000|gb|FL197080.1|FL197080
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTGAGT
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGT
EST: gi|211372194|gb|FL196975.1|FL196975
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|84351642|gb|DW246047.1|DW246047
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAAGGTTGTGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCA
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCA
EST: gi|211372206|gb|FL196987.1|FL196987
EST:     CTATGGTGTTCTTCGCTTTNGT-ATGGAGAGTGGTGC-AAGGGGTGTGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCC
genomic: CTATGGTGTTCTTCGCTTT-GTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCC
EST: gi|9952937|gb|BE639520.1|BE639520
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAA
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAA
EST: gi|91057136|gb|EB167554.1|EB167554
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCANAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|18654852|gb|BM499657.1|BM499657
EST:     GCTATGGGGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|89248143|gb|DY619929.1|DY619929
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|5398800|gb|AI812144.1|AI812144
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|211507274|gb|FL197058.1|FL197058
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|211031757|gb|FL369434.1|FL369434
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|31664617|gb|CD573550.1|CD573550
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|28930830|gb|CB334191.1|CB334191
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|211502555|gb|FL197027.1|FL197027
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGTCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcattttctgatgattggtgaatgcatgtcgacagccttatttgttctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCAAGGATGGCTACATGATCTCATCTGGTCAGCCAGTGAATGAGTACATCG
                                            ttctaat  putative branch site (score: 2)
                                        tttgttct  CT-rich tract
                                     ttatttgttctaata  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gttagtgctcctgtgcactatgagggtctgttcattttctgatgattggtgaatgcatgtcgacagccttatttgttctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCAAGGATGGCTACATGATCTCATCTGGTCAGCCAGTGAATGAGTACATCG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG