1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
gtatatataagtatatataagtgtattctgttgccattccaatatctatgcctctcacttactattggtttcttatcatgtaattcgtgacaaaattaatgtaatctaatcatgttatttatgctagGCAAAGATATTCCACCATGGCTCAATAAGTCTTATAACTGAGCCCTGTAAAACTGCACATATTGCAGCTGCCAGAGCTGCTAAAGATGCTGGAGTACTTG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G072091_T01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTGATATGCTACTTGAAGAAAAAGAACTTGATCTTGATCTTATACGGAAG GCAAAGATATTCCACCATGGCTCAATAAGTCTTATAACTGAGCCCCTGTAAEST: gi|211319359|gb|FL167947.1|FL167947
genomic: CTGATATGCTACTTGAAGAAAAAGAACTTGATCTTGATCTTATACGGAAGgtatatataa ... tttatgctagGCAAAGATATTCCACCATGGCTCAATAAGTCTTATAACTGAGCCC-TGTAA
EST: CTGATATGCTACTTGAAGAAAAAGAACTTGATCTTGATCTTATACGGAAG GCAAAGATATTCCACCATGGCTCAATAAGTCTTATAACTGAGCCCTGTAAAEST: gi|76016703|gb|DT943873.1|DT943873
genomic: CTGATATGCTACTTGAAGAAAAAGAACTTGATCTTGATCTTATACGGAAGgtatatataa ... tttatgctagGCAAAGATATTCCACCATGGCTCAATAAGTCTTATAACTGAGCCCTGTAAA
EST: CTGATATGCTACTTGAAGAAAAAGAACTTGATCTTGATCTTATACGGAAG GCAAAGATATTTCCACCATGGCTCAATAEST: gi|71443889|gb|DR824939.1|DR824939
genomic: CTGATATGCTACTTGAAGAAAAAGAACTTGATCTTGATCTTATACGGAAGgtatatataa ... tttatgctagGCAAAGATATT-CCACCATGGCTCAATA
EST: CTGATATGCTACTTGAAGAAAAAGAACTTGATCTTGATCTTATACGGAAG GCAAAGATATTCCACCATGGCTCAATAAGTCTTATAACTGAGCCCTGTAAAEST: gi|71446386|gb|DR827436.1|DR827436
genomic: CTGATATGCTACTTGAAGAAAAAGAACTTGATCTTGATCTTATACGGAAGgtatatataa ... tttatgctagGCAAAGATATTCCACCATGGCTCAATAAGTCTTATAACTGAGCCCTGTAAA
EST: CTGATATGCTACTTGAAGAAAAAGAACTTGATCTTGATCTTATACGGAAG GCAAAGATATTCCACCATGGCTCAATAAGTCTTATAACTGAGCCCTGTAAA
genomic: CTGATATGCTACTTGAAGAAAAAGAACTTGATCTTGATCTTATACGGAAGgtatatataa ... tttatgctagGCAAAGATATTCCACCATGGCTCAATAAGTCTTATAACTGAGCCCTGTAAA
ttatcatgtaattcgtgacaaaattaatgtaatctaatcatgttatttatgctagGCAAAGATATTCCACCATGGCTCAATAAGTCTTATAACTGAGCCCTGTAAAACTGCACATATTGCAGCTGCCAGAGCTGCTAAAGATGCTGGAGTACTTG
atctaat putative branch site (score: 50)
aaaattaatgtaatct TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatatataagtatatataagtgtattctgttgccattccaatatctatgcctctcacttactattggtttcttatcatgtaattcgtgacaaaattaatgtaatctaatcatgttatttatgctagGCAAAGATATTCCACCATGGCTCAATAAGTCTTATAACTGAGCCCTGTAAAACTGCACATATTGCAGCTGCCAGAGCTGCTAAAGATGCTGGAGTACTTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA