1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...accgagcttcaagcacagagtcgttttccccgcatctgctcgtatttagctgggggggttgctgacagaaccgccttatcttttgttgcaaatggcacagGGGTTCCGCTACGTTGCGTCTGGGCCAATGGTCCGGTCTTCGTACAAGGCAGGTGAATTCTACATCAAGGCTATGATCGAAGCGGAGCGAGCCAAGGGAA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G071714_T01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATGTTACGCCTGAAGCTTTTGAGAAGTATCGGGCCCTTGGTGTCGAAATG GGGTTCCGCTACGTTGCGTCTGGGCCAATGGTCCGGTCTTCGTACAAGGCAEST: gi|76011109|gb|DT938279.1|DT938279
genomic: ATGTTACGCCTGAAGCTTTTGAGAAGTATCGGGCCCTTGGTGTCGAAATGgtatgcctat ... aatggcacagGGGTTCCGCTACGTTGCGTCTGGGCCAATGGTCCGGTCTTCGTACAAGGCA
EST: ATGTTACGCCTGAAGCTTTTGAGAAGTATCGGGCCCTTGGTGTCGAAATG GGGTTCCGCTACGTTGCGTCTGGGCCAATGGTCCGGTCTTCGTACAAGGCAEST: gi|71300475|gb|DR786295.1|DR786295
genomic: ATGTTACGCCTGAAGCTTTTGAGAAGTATCGGGCCCTTGGTGTCGAAATGgtatgcctat ... aatggcacagGGGTTCCGCTACGTTGCGTCTGGGCCAATGGTCCGGTCTTCGTACAAGGCA
EST: ATGTTACGCCTGAAGCTTTTGAGAAGTATCGGGCCCTTGGTGTCGAAATG GGGTTCCGCTACGTTGCGTCTGGGCCAATGGTCCGGTCTTCGTACAAGGCAEST: gi|93281868|gb|EB674132.1|EB674132
genomic: ATGTTACGCCTGAAGCTTTTGAGAAGTATCGGGCCCTTGGTGTCGAAATGgtatgcctat ... aatggcacagGGGTTCCGCTACGTTGCGTCTGGGCCAATGGTCCGGTCTTCGTACAAGGCA
EST: ATGTTACGCCTGAAGCTTTTGAGAAGTATCGGGCCCTTGGTGTCGAAATG GGGTTCCGCTACGTTGCGTCTGGGCCAATGGTCCGGTCTTCGTACAAGGCAEST: gi|71313819|gb|DR793500.1|DR793500
genomic: ATGTTACGCCTGAAGCTTTTGAGAAGTATCGGGCCCTTGGTGTCGAAATGgtatgcctat ... aatggcacagGGGTTCCGCTACGTTGCGTCTGGGCCAATGGTCCGGTCTTCGTACAAGGCA
EST: ATGTTACGCCTGAAGCTTTTGAGAAGTATCGGGCCCTTGGTGTCGAAATG GGGTTCCGCTACGTTGCGTCTGGGCCAATGGTCCGGTCTTCGTACAAGGCAEST: gi|74244796|gb|DT652710.1|DT652710
genomic: ATGTTACGCCTGAAGCTTTTGAGAAGTATCGGGCCCTTGGTGTCGAAATGgtatgcctat ... aatggcacagGGGTTCCGCTACGTTGCGTCTGGGCCAATGGTCCGGTCTTCGTACAAGGCA
EST: ATGTTACGCCTGAAGCTTTTGAGAAGTATCGGGCCCTTGGTGTCGAAATG GGGTTCCGCTACGTTGCGTCTGGGCCAATGGTCCGGTCTTCGTACAAGGCAEST: gi|71307735|gb|DR790086.1|DR790086
genomic: ATGTTACGCCTGAAGCTTTTGAGAAGTATCGGGCCCTTGGTGTCGAAATGgtatgcctat ... aatggcacagGGGTTCCGCTACGTTGCGTCTGGGCCAATGGTCCGGTCTTCGTACAAGGCA
EST: ATGTTACGCCTGAAGCTTTTGAGAAGTATCGGGCCCTTGGTGTCGAAATG GGGTTCCGCTACGTTGCGTCTGGGCCAATGGTCCGGTCTTCGTACAAGGCAEST: gi|88748428|gb|DY532569.1|DY532569
genomic: ATGTTACGCCTGAAGCTTTTGAGAAGTATCGGGCCCTTGGTGTCGAAATGgtatgcctat ... aatggcacagGGGTTCCGCTACGTTGCGTCTGGGCCAATGGTCCGGTCTTCGTACAAGGCA
EST: ATGTTACGCCTGAAGCTTTTGAGAAGTATCGGGCCCTTGGTGTCGAAATG GGGTTCCGCTACGTTGCGTCTGGGCCAATGGTCCGGTCTTCGTACAAGGCA
genomic: ATGTTACGCCTGAAGCTTTTGAGAAGTATCGGGCCCTTGGTGTCGAAATGgtatgcctat ... aatggcacagGGGTTCCGCTACGTTGCGTCTGGGCCAATGGTCCGGTCTTCGTACAAGGCA
ttagctgggggggttgctgacagaaccgccttatcttttgttgcaaatggcacagGGGTTCCGCTACGTTGCGTCTGGGCCAATGGTCCGGTCTTCGTACAAGGCAGGTGAATTCTACATCAAGGCTATGATCGAAGCGGAGCGAGCCAAGGGAA
tgctgac putative branch site (score: 141)
ttatctttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| accgagcttcaagcacagagtcgttttccccgcatctgctcgtatttagctgggggggttgctgacagaaccgccttatcttttgttgcaaatggcacagGGGTTCCGCTACGTTGCGTCTGGGCCAATGGTCCGGTCTTCGTACAAGGCAGGTGAATTCTACATCAAGGCTATGATCGAAGCGGAGCGAGCCAAGGGAA
- - - - -caagcac
- - - - - - - - - - - - - - - -gcatctg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gctgggg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gttgctg