1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
gttggtgaaatttttagtagctgctataatatgcaaccttaaattgttaacaactgaattcattctattcccttgctcagATAGCAAAGCTGTGCATGATACCTGCATCATGTCTTCTGGAGGTTGTCTTTGATCATGTACATTATTCCCGGGACACAAAGCTGAGCATAATGGTTGTGC
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G071378_T02 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTGTTGGGATGAATGTGAGCTTGATGTGGAACTCTGTGGGCTTTTATCAG ATAGCAAAGCTGTGCATGATACCTGCATCATGTCTTCTGGAGGTTGTCTTTEST: gi|149076589|gb|EE165223.2|EE165223
genomic: TTGTTGGGATGAATGTGAGCTTGATGTGGAACTCTGTGGGCTTTTATCAGgttggtgaaa ... ccttgctcagATAGCAAAGCTGTGCATGATACCTGCATCATGTCTTCTGGAGGTTGTCTTT
EST: TTGTTGGGATGAATGTGAGCTTGATGTGGAACTCTGTGGGCTTTTATCAG ATAGCAAAGCTGTGCATGATACCTGCATCATGTCTTCTGGAGGTTGTCTTTEST: gi|148931458|gb|EC874447.2|EC874447
genomic: TTGTTGGGATGAATGTGAGCTTGATGTGGAACTCTGTGGGCTTTTATCAGgttggtgaaa ... ccttgctcagATAGCAAAGCTGTGCATGATACCTGCATCATGTCTTCTGGAGGTTGTCTTT
EST: TTGTTGGGATGAATGTGAGCTTGATGTGGAACTCTGTGGGCTTTTATCAG ATAGCAAAGCTGTGCATGATACCTGCATCATGTCTTCTGGAGGTTGTCTTTEST: gi|149078292|gb|EE167056.2|EE167056
genomic: TTGTTGGGATGAATGTGAGCTTGATGTGGAACTCTGTGGGCTTTTATCAGgttggtgaaa ... ccttgctcagATAGCAAAGCTGTGCATGATACCTGCATCATGTCTTCTGGAGGTTGTCTTT
EST: TTGTTGGGATGAATGTGAGCTTGATGTGGAACTCTGTGGGCTTTTATCAG ATAGCAAAGCTGTGCATGATACCTGCATCATGTCTTCTGGAGGTTGTCTTTEST: gi|148968976|gb|EE019670.2|EE019670
genomic: TTGTTGGGATGAATGTGAGCTTGATGTGGAACTCTGTGGGCTTTTATCAGgttggtgaaa ... ccttgctcagATAGCAAAGCTGTGCATGATACCTGCATCATGTCTTCTGGAGGTTGTCTTT
EST: TTGTTGGGATGAATGTGAGCTTGATGTGGAACTCTGTGGGCTTTTATCAG ATAGCAAAGCTGTGCATGATACCTGCATCATGTCTTCTGGAGGTTGTCTTTEST: gi|67041554|gb|CO467809.1|CO467809
genomic: TTGTTGGGATGAATGTGAGCTTGATGTGGAACTCTGTGGGCTTTTATCAGgttggtgaaa ... ccttgctcagATAGCAAAGCTGTGCATGATACCTGCATCATGTCTTCTGGAGGTTGTCTTT
EST: TTGTTGGGATGAATGTGAGCTTGATGTGGAACTCTGTGGGCTTTTATCAG ATAGCAAAGCTGTGCATGATACCTGCATCCTGTCTTCTGGAGGGTGTCTTTEST: gi|76282823|gb|DV022391.1|DV022391
genomic: TTGTTGGGATGAATGTGAGCTTGATGTGGAACTCTGTGGGCTTTTATCAGgttggtgaaa ... ccttgctcagATAGCAAAGCTGTGCATGATACCTGCATCATGTCTTCTGGAGGTTGTCTTT
EST: TTGTTGGGATGAATGTGAGCTTGATGTGGAACTCTGTGGGCTTTTATCAG ATAGCAAAGCTGTGCATGATACCTGCATCATGTCTTCTGGAGGTTGTCTTTEST: gi|71446961|gb|DR828011.1|DR828011
genomic: TTGTTGGGATGAATGTGAGCTTGATGTGGAACTCTGTGGGCTTTTATCAGgttggtgaaa ... ccttgctcagATAGCAAAGCTGTGCATGATACCTGCATCATGTCTTCTGGAGGTTGTCTTT
EST: TTGTTGGGATGAATGTGAGCTTGATGTGGAACTCTGTGGGCTTTTATCAG ATAGCAAAGCTGTGCATGATACCTGCATCATGTCTTCTGGAGGTTGTCTTT
genomic: TTGTTGGGATGAATGTGAGCTTGATGTGGAACTCTGTGGGCTTTTATCAGgttggtgaaa ... ccttgctcagATAGCAAAGCTGTGCATGATACCTGCATCATGTCTTCTGGAGGTTGTCTTT
ataatatgcaaccttaaattgttaacaactgaattcattctattcccttgctcagATAGCAAAGCTGTGCATGATACCTGCATCATGTCTTCTGGAGGTTGTCTTTGATCATGTACATTATTCCCGGGACACAAAGCTGAGCATAATGGTTGTGC
tgttaac putative branch site (score: 121)
ttcattctattccctt putative PPT
ttaaattgttaacaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttggtgaaatttttagtagctgctataatatgcaaccttaaattgttaacaactgaattcattctattcccttgctcagATAGCAAAGCTGTGCATGATACCTGCATCATGTCTTCTGGAGGTTGTCTTTGATCATGTACATTATTCCCGGGACACAAAGCTGAGCATAATGGTTGTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA