1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' |
gttactctggtatctgctaggactcacttatatatcaattgcaaaagtttatttgtaacggaaactcttgatttgaggtgtattaaattgattgtattgtcaatgttcacagACGGATGACATACTGCAGCTGTCAAAACAGATAAAGGAGAAAATGGCAGAAGTTGATGCCTTTG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G069916_T01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAG GEST: gi|148932069|gb|EC875423.2|EC875423
genomic: GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAGgttactctgg ... atgttcacag-
EST: GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAG GEST: gi|148932069|gb|EC875423.2|EC875423
genomic: GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAGgttactctgg ... atgttcacag-
EST: GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAG GEST: gi|148932069|gb|EC875423.2|EC875423
genomic: GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAGgttactctgg ... atgttcacag-
EST: GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAG GEST: gi|76920400|gb|DV168155.1|DV168155
genomic: GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAGgttactctgg ... atgttcacag-
EST: GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAG GEST: gi|76920400|gb|DV168155.1|DV168155
genomic: GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAGgttactctgg ... atgttcacag-
EST: GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAG GEST: gi|76920400|gb|DV168155.1|DV168155
genomic: GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAGgttactctgg ... atgttcacag-
EST: GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAG GEST: gi|76920400|gb|DV168155.1|DV168155
genomic: GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAGgttactctgg ... atgttcacag-
EST: GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAG GEST: gi|87157671|gb|DY402460.1|DY402460
genomic: GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAGgttactctgg ... atgttcacag-
EST: GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAG ACGGATGACATACTGCAGCTGTCAAAACAGATAAAGGAGAAAATGGCAGAAEST: gi|22549221|gb|BU101422.1|BU101422
genomic: GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAGgttactctgg ... atgttcacagACGGATGACATACTGCAGCTGTCAAAACAGATAAAGGAGAAAATGGCAGAA
EST: GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAG ACGGATGACATACTGCAGCTGTCAAAACAGATAAAGGAGAAAEST: gi|88756297|gb|DY540438.1|DY540438
genomic: GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAGgttactctgg ... atgttcacagACGGATGACATACTGCAGCTGTCAAAACAGATAAAGGAGAAA
EST: GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAG GEST: gi|88756297|gb|DY540438.1|DY540438
genomic: GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAGgttactctgg ... atgttcacag-
EST: GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAG GEST: gi|88756297|gb|DY540438.1|DY540438
genomic: GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAGgttactctgg ... atgttcacag-
EST: GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAG GEST: gi|88756297|gb|DY540438.1|DY540438
genomic: GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAGgttactctgg ... atgttcacag-
EST: GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAG GEST: gi|71312972|gb|DR793008.1|DR793008
genomic: GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAGgttactctgg ... atgttcacag-
EST: GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAG GEST: gi|71312972|gb|DR793008.1|DR793008
genomic: GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAGgttactctgg ... atgttcacag-
EST: GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAG GEST: gi|71312972|gb|DR793008.1|DR793008
genomic: GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAGgttactctgg ... atgttcacag-
EST: GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAG GEST: gi|71312972|gb|DR793008.1|DR793008
genomic: GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAGgttactctgg ... atgttcacag-
EST: GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAG G
genomic: GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAGgttactctgg ... atgttcacag-
acggaaactcttgatttgaggtgtattaaattgattgtattgtcaatgttcacagACGGATGACATACTGCAGCTGTCAAAACAGATAAAGGAGAAAATGGCAGAAGTTGATGCCTTTG
tattaaattgattgta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttactctggtatctgctaggactcacttatatatcaattgcaaaagtttatttgtaacggaaactcttgatttgaggtgtattaaattgattgtattgtcaatgttcacagACGGATGACATACTGCAGCTGTCAAAACAGATAAAGGAGAAAATGGCAGAAGTTGATGCCTTTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT