Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   		39  
 5'  3'   		40  
 5'  3'   
41  
 5'  3'   		42  
 5'  3'   		43  
 5'  3'   		44  
 5'  3'   		45  
 5'  3'   		46  
 5'  3'   		47  
 5'  3'   		48  
 5'  3'   		49  
 5'  3'   		50  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...acttgcatgtctgttttaatcccatgttctctcttataactatgtatagcatggtaaatgatatcatgctcaagaaaactacatattgttgtggcatcagGAAGCTATGGAGAAGGCTGTGAAGAACAAAGTGGCTAAAGCAGTTGTACCTGCTATTGATGTGATGTTTCAAGCACTAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G068755_T03
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G068755_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os01g60040.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
----acttgcatgtctgttttaatcccatgttctctcttataactatgtatagcatggtaaatgatatcatgctcaagaaaactacatattgttgtggcatcagGAAGCTATGGAGAAGGCTGTGAAGAACAAAGTGGCTAAAGCAGTTGTACCTGCTATTGATGTGATGTTTCAAGCACTAAG
      |  ||| | ||| ||| || |||  |  ||||| ||  |||  ||   | | |   | ||||| |  ||||  |   | | |||| |||||  || ||||| | |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
aagatttctcatctttgtatta-tcacatcctgcctcttgtagttat-catctaaagcttgct-atatcttagtcaaacactgttcgtatt-ttgtgctattagGAATCAATGGAGAAGGCTGTAAAGAACAAAGTGGCCAAAGCAGTTGTACCTGCTATTGATGTGATGTTTCAGGCACTTAG

upper sequence: GRMZM2G068755_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os01g60050.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
acttgcatgtctgttttaatcccatgttctctcttataactatgtatagcat--ggtaaatgatatcatgctcaagaaaactacatattgttgtggcatcagGAAGCTATGGAGAAGGCTGTGAAGAACAAAGTGGCTAAAGCAGTTGTACCTGCTATTGATGTGATGTTTCAAGCACTAAG
|||     |    |    ||      |    |  ||| || |  | | || |   |||  |    ||  ||| ||    ||| |||||| ||| |  |||||||| | |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| ||
actcaaccgatc-taaagatttttcatctctttgtattaccacattttgcctcttgtagttatcgtctagcttaaacgcacttcatatt-ttgcgctatcagGAATCAATGGAGAAGGCTGTAAAGAACAAAATGGCTAAAGCAGTTGTGCCTGCTATCGATGTAATGTTTCAAGCACTTAG

upper sequence: GRMZM2G068755_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA20G32430.2 (Glycine max), 3'ss of exon 3
-acttgcatgtctgttttaatcccatgttctctcttataactatgtatagcatggtaaatgatatcatgctcaagaaaactacatattgttgtggcatcagGAAGCTATGGAGAAGGCTGTGAAGAACAAAGTGGCTAAAGCAGTTGTACCTGCTATTGATGTGATGTTTCAAGCACTAAG
        || |   ||   |    | | | |    |||||||  | |    | || | |    |     | |      | |  | || | ||    | |||| || |||||||| ||  | || |||||||| |||||||| || |||||||| || ||||| |||||||||||  ||||
tcaaaatgtggcgaattctttggggtttacgcatcaataactaaatgtctactagtcatttccttttctgttattttctcaaggtttt-tggttattttagGATGCAATGGAGAAAGCGATAAAAAACAAAGTTGCTAAAGCGGTGGTACCTGCAATAGATGTTATGTTTCAAGCTTTAAG

upper sequence: GRMZM2G068755_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA10G35140.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
acttgcatgtctgttttaatcccatgttctctcttataactatgta-tag-catggtaaatgatatca--tgctcaagaaaactacatattgttgtggcatcagGAAGCTATGGAGAAGGCTGTGAAGAACAAAGTGGCTAAAGCAGTTGTACCTGCTATTGATGTGATGTTTCAAGCACTAAG
   ||      | |||   |   |||          ||| | |||| ||| |||      |  | | |  | ||||||     |  |  || | ||    | |||| || |||||||| ||  | || |||||||| |||||||| || |||||||| || ||||| |||||||||||  ||||
---tggtgaattctttgggttttatgcatcaataactaaatgtgtactagtcatttccttttcttttagtttctcaaggtttttg-actttttggtaattttagGATGCAATGGAGAAAGCAATAAAAAACAAAGTTGCTAAAGCGGTGGTACCTGCAATAGATGTTATGTTTCAAGCTTTAAG

upper sequence: GRMZM2G068755_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv10s0116g00490.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
acttgcatgtctgttttaatcccatgttctctcttataactatgtatagcatggtaaatgatatc------atgctcaa--gaaaactacatattgttgtggcatcagGAAGCTATGGAGAAGGCTGTGAAGAACAAAGTGGCTAAAGCAGTTGTACCTGCTATTGATGTGATGTTTCAAGCACTAAG
       ||  |||   | |  |      | | | ||   | ||  |  | | || | ||| ||       ||||| |     | || || | ||| |||| |   |||| || |||||||| ||  | || |||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||
-------tgggtgtcccagttgctgcaaatgtttgattggtttggtttcctttgttagtgacattttctggatgcttagctacagacaacgt-ttgctgtgactgtagGATGCCATGGAGAAAGCAATTAAAAACAAAGTTGCCAAAGCAGTTGTACCTGCCATTGATGTTATGTTCCAAGCCCTAAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71441120|gb|DR822170.1|DR822170
EST:     AAGCTGCATTCCTCCTATGGGTGGAACTGGAGGCATCAGAGGTCTTCCTT                         GAAGCTATGGAGAAGGCTGTGAAGAACAAAGTGGCTAAAGCAGTTGTACCT
genomic: AAGCTGCATTCCTCCTATGGGTGGAACTGGAGGCATCAGAGGTCTTCCTTgtaagttgat ... gtggcatcagGAAGCTATGGAGAAGGCTGTGAAGAACAAAGTGGCTAAAGCAGTTGTACCT






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atagcatggtaaatgatatcatgctcaagaaaactacatattgttgtggcatcagGAAGCTATGGAGAAGGCTGTGAAGAACAAAGTGGCTAAAGCAGTTGTACCTGCTATTGATGTGATGTTTCAAGCACTAAG
         taaatgatat  TA-rich tract