1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...gtcgtcaagtattattatatgatatgtgctttgtttagtatgctgtgcctatgattgataataaaactaaggattatttctaacctgacatgctattcagGTGAAATTCCGCGCAGAAGCTCAAAGCCTGAAGGAAGAGCTGGACAAGGCAAATAGTAGATTGTTATCCATGGAAGAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G067350_T01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGCGGTTAAGARGGCAATACACAGAAACTTTATTCAAGGTCACCAACCAG GTGAAATTCCACACAGAAGCTCAAAGCCTGAAGGAAGAGCTGGACAAGGCAEST: gi|149016977|gb|EE045644.2|EE045644
genomic: AGCGGTTAAGAAGGCAATACACAGAAACTTTATTCAAGGTCACCAACCAGgttggttgct ... tgctattcagGTGAAATTCCGCGCAGAAGCTCAAAGCCTGAAGGAAGAGCTGGACAAGGCA
EST: AGCGGTTAAGAAGGCAATACACAGAAACTTTATTCAAGGTCACCAACCAG GTGAAATTCCGCGCAGAAGCTCAAAGCCTGAAGGAAGAGCTGGACAAGGCA
genomic: AGCGGTTAAGAAGGCAATACACAGAAACTTTATTCAAGGTCACCAACCAGgttggttgct ... tgctattcagGTGAAATTCCGCGCAGAAGCTCAAAGCCTGAAGGAAGAGCTGGACAAGGCA
tgcctatgattgataataaaactaaggattatttctaacctgacatgctattcagGTGAAATTCCGCGCAGAAGCTCAAAGCCTGAAGGAAGAGCTGGACAAGGCAAATAGTAGATTGTTATCCATGGAAGAG
ataataaaactaagga TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtcgtcaagtattattatatgatatgtgctttgtttagtatgctgtgcctatgattgataataaaactaaggattatttctaacctgacatgctattcagGTGAAATTCCGCGCAGAAGCTCAAAGCCTGAAGGAAGAGCTGGACAAGGCAAATAGTAGATTGTTATCCATGGAAGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA