Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagacagttcggcttcctgttgtaccttgtgttagagttgtgtactctggatgggatgctgattgtgtttttgcaaatgcagGATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G064023_T03
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G064023_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os02g10070.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
-------------------------------------------------gtaagacagttcg-gcttcctgttgt--accttgtgttagagttgtgtactctggatgg-gatgct-gattgtgtttttg-----caaatgcagGATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG
                                                    ||  | |  | ||   |||| |     || |     | |   ||| ||||| |    |||| | |||||||||| |       | ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||
gtaagtcaattagtttttgttcgttcgtgctaaatgtgtggttgaaactaccagttactatgtgccatctgtggctaggctcgaaagtggggaatgtgctctgaaaaaagatgtttgattgtgtttctaaatattatatgcagGATCTCAAGTCCCAGCTGCAGGAATTGATTCCTGAACAACAG

upper sequence: GRMZM2G064023_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os11g33240.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
-----------------------------------------------------------------------gtaagacagttcggcttcctgttgtacct---------tgtgttagagttg----tgtactctggatgggatgctgattgtgtttttgcaaatg---------cagGATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG
                                                                       |  ||  |      || |||  |||  ||         ||   |  |||||    ||| ||||| |   |||| |   | ||| ||   ||||          |||||||||||||||||| |||||||||||||||| || || |||
gtaagacaataatagtttgtttgtttctttgtttgtttgttcgtgctataaatatttgcatggttgaaattgatagttaccctctctaccttctgtggctggctacgattgaaattaagttggaaatgtgctctgaaaaagatgtttgatttgtgttcctaaatattatgctttcagGATCTTAAGTCCCAGCTGCAGGAATTGATTCCCGAGCAACAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211269895|gb|FL099815.1|FL099815
EST:     CCACGCTGGGTGGTGTGAGATGGCTGCAGATGCAGAGCGCGTCCGATCTC                         GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG
genomic: CCACGCTGGGTGGTGTGAGATGGCTGCAGATGCAGAGCGCGTCCGATCTCgtaagacagt ... gcaaatgcagGATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG
EST: gi|211399063|gb|FL099822.1|FL099822
EST:     CCACGCTGGGTGGTGTGAGATGGCTGCAGATGCAGAGCGCGTCCGATCTC                         GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG
genomic: CCACGCTGGGTGGTGTGAGATGGCTGCAGATGCAGAGCGCGTCCGATCTCgtaagacagt ... gcaaatgcagGATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG
EST: gi|8103179|gb|AW927835.1|AW927835
EST:     CCACGCTGGGTGGTGTGAGATGGCTGCAGATGCAGAGCGCGTCCGATCTC                         GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG
genomic: CCACGCTGGGTGGTGTGAGATGGCTGCAGATGCAGAGCGCGTCCGATCTCgtaagacagt ... gcaaatgcagGATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG
EST: gi|211269896|gb|FL099816.1|FL099816
EST:     CCACGCTGGGTGGTGTGAGATGGCTGCAGATGCAGAGCGCGTCCGATCTC                         GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG
genomic: CCACGCTGGGTGGTGTGAGATGGCTGCAGATGCAGAGCGCGTCCGATCTCgtaagacagt ... gcaaatgcagGATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG
EST: gi|76287895|gb|DV027463.1|DV027463
EST:     CCACGCTGGGTGGTGTGAGATGGCTGCAGATGCAGAGCGCGTCCGATCTC                         GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG
genomic: CCACGCTGGGTGGTGTGAGATGGCTGCAGATGCAGAGCGCGTCCGATCTCgtaagacagt ... gcaaatgcagGATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG
EST: gi|149082725|gb|EE171943.2|EE171943
EST:     CCACGCTGGGTGGTGTGAGATGGCTGCAGATGCAGAGCGCGTCCGATCTC                         GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG
genomic: CCACGCTGGGTGGTGTGAGATGGCTGCAGATGCAGAGCGCGTCCGATCTCgtaagacagt ... gcaaatgcagGATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG
EST: gi|211269899|gb|FL099819.1|FL099819
EST:     CCACGCTGGGTGGTGTGAGATGGCTGCAGATGCAGAGCGCGTCCGATCTC                         GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG
genomic: CCACGCTGGGTGGTGTGAGATGGCTGCAGATGCAGAGCGCGTCCGATCTCgtaagacagt ... gcaaatgcagGATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG
EST: gi|211269892|gb|FL099812.1|FL099812
EST:     CCACGCTGGGTGGTGTGAGATGGCTGCAGATGCAGAGCGCGTCCGATCTC                         GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG
genomic: CCACGCTGGGTGGTGTGAGATGGCTGCAGATGCAGAGCGCGTCCGATCTCgtaagacagt ... gcaaatgcagGATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG
EST: gi|71450120|gb|DR831170.1|DR831170
EST:     CCACGCTGGGTGGTGTGAGATGGCTGCAGATGCAGAGCGCGTCCGATCTC                         GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG
genomic: CCACGCTGGGTGGTGTGAGATGGCTGCAGATGCAGAGCGCGTCCGATCTCgtaagacagt ... gcaaatgcagGATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG
EST: gi|211269897|gb|FL099817.1|FL099817
EST:     CCACGCTGGGTGGTGTGAGATGGCTGCAGATGCAGAGCGCGTCCGATCTC                         GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG
genomic: CCACGCTGGGTGGTGTGAGATGGCTGCAGATGCAGAGCGCGTCCGATCTCgtaagacagt ... gcaaatgcagGATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG
EST: gi|211269890|gb|FL099810.1|FL099810
EST:     CCACGCTGGGTGGTGTGAGATGGCTGCAGATGCAGAGCGCGTCCGATCTC                         GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG
genomic: CCACGCTGGGTGGTGTGAGATGGCTGCAGATGCAGAGCGCGTCCGATCTCgtaagacagt ... gcaaatgcagGATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG
EST: gi|211399064|gb|FL099823.1|FL099823
EST:     CCACGCTGGGTGGTGTGAGATGGCTGCAGATGCAGAGCGCGTCCGATCTC                         GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG
genomic: CCACGCTGGGTGGTGTGAGATGGCTGCAGATGCAGAGCGCGTCCGATCTCgtaagacagt ... gcaaatgcagGATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG
EST: gi|213174510|gb|FM184748.1|FM184748
EST:     CCACGCTGGGTGGTGTGAGATGGCTGCAGATGCAGAGCGCGTCCGATCTC                         GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG
genomic: CCACGCTGGGTGGTGTGAGATGGCTGCAGATGCAGAGCGCGTCCGATCTCgtaagacagt ... gcaaatgcagGATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG
EST: gi|211399065|gb|FL099824.1|FL099824
EST:     CCACGCTGGGTGGTGTGAGATGGCTGCAGATGCAGAGCGCGTCCGATCTC                         GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG
genomic: CCACGCTGGGTGGTGTGAGATGGCTGCAGATGCAGAGCGCGTCCGATCTCgtaagacagt ... gcaaatgcagGATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG
EST: gi|211269891|gb|FL099811.1|FL099811
EST:     CCACGCTGGGTGGTATGAGATGGCTGCAGATGCAGAGCGCGTCCGATCTC                         GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG
genomic: CCACGCTGGGTGGTGTGAGATGGCTGCAGATGCAGAGCGCGTCCGATCTCgtaagacagt ... gcaaatgcagGATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG
EST: gi|211269894|gb|FL099814.1|FL099814
EST:     CCACGCTGGGTGGTGTGAGATGGCTGCAGATGCAGAGCGCGTCCGATCTC                         GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG
genomic: CCACGCTGGGTGGTGTGAGATGGCTGCAGATGCAGAGCGCGTCCGATCTCgtaagacagt ... gcaaatgcagGATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG
EST: gi|211269901|gb|FL099821.1|FL099821
EST:     CCACGCTGGGTGGTGTGAGATGGCTGCAGATGCAGAGCGCGTCCGATCTC                         GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG
genomic: CCACGCTGGGTGGTGTGAGATGGCTGCAGATGCAGAGCGCGTCCGATCTCgtaagacagt ... gcaaatgcagGATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG
EST: gi|148967125|gb|EE018300.2|EE018300
EST:     CCACGCTGGGTGGTGTGAGATGGCTGCAGATGCAGAGCGCGTCCGATCTC                         GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG
genomic: CCACGCTGGGTGGTGTGAGATGGCTGCAGATGCAGAGCGCGTCCGATCTCgtaagacagt ... gcaaatgcagGATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG
EST: gi|211269889|gb|FL099809.1|FL099809
EST:     CCACGCTGGGTGGTGTGAGATGGCTGCAGATGCAGAGCGCGTCCGATCTC                         GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG
genomic: CCACGCTGGGTGGTGTGAGATGGCTGCAGATGCAGAGCGCGTCCGATCTCgtaagacagt ... gcaaatgcagGATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG
EST: gi|211269900|gb|FL099820.1|FL099820
EST:     CCACGCTGGGTGGTGTGAGATGGCTGCAGATGCAGAGCGCGTCCGATCTC                         GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG
genomic: CCACGCTGGGTGGTGTGAGATGGCTGCAGATGCAGAGCGCGTCCGATCTCgtaagacagt ... gcaaatgcagGATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG
EST: gi|211269898|gb|FL099818.1|FL099818
EST:     CCACGCTGGGTGGTGTGAGATGGCTGCAGATGCAGAGCGCGTCCGATCTC                         GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG
genomic: CCACGCTGGGTGGTGTGAGATGGCTGCAGATGCAGAGCGCGTCCGATCTCgtaagacagt ... gcaaatgcagGATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG
EST: gi|149077813|gb|EE166538.2|EE166538
EST:     CCACGCTGGGTGGTGTGAGATGGCTGCAGATGCAGAGCGCGTCCGATCTC                         GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG
genomic: CCACGCTGGGTGGTGTGAGATGGCTGCAGATGCAGAGCGCGTCCGATCTCgtaagacagt ... gcaaatgcagGATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG
EST: gi|211269893|gb|FL099813.1|FL099813
EST:     CCACGCTGGGTGGTGTGAGATGGCTGCAGATGCAGAGCGCGTCCGATCTC                         GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG
genomic: CCACGCTGGGTGGTGTGAGATGGCTGCAGATGCAGAGCGCGTCCGATCTCgtaagacagt ... gcaaatgcagGATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG
EST: gi|149090362|gb|EE179668.2|EE179668
EST:     CCACGCTGGGTGGTGTGAGATGGCTGCAGATGCAGAGCGCGTCCGATCTC                         GATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG
genomic: CCACGCTGGGTGGTGTGAGATGGCTGCAGATGCAGAGCGCGTCCGATCTCgtaagacagt ... gcaaatgcagGATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtgttagagttgtgtactctggatgggatgctgattgtgtttttgcaaatgcagGATCTTAAGTCCCAGTTGCAGGAATTGATTCCGGAACAGCAG
                             tgctgat  putative branch site (score: 3)
                                        tttttgc  putative PPT
                                      tgttttt  TA-rich tract