Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...atttgcttgtcgagcaaaaaagtgcattttttatcataatgtttaacaaatctactagttcgcttcatacagtgactgcattatttacatctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAAACTGGACTGATTAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G061928_T02
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G061928_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os04g59040.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
----atttgcttgtcgagcaaaaaagtgcattttttatcat-aatgtttaacaaatctactagttcgcttcatacagtgactgcattatttacatctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAAACTGGACTGATTAAG
     | || ||  |||    | |||  | || | ||   |   |   | |||   |    |     | |  |  | || || |   ||||| |||      ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
attgttctgtttaacgattctagaag--ctttatctacagtcggttcctgacagtgcatgcaacctacatggt-taatggcttc--catttatatcacaccacagGTTGTTGAGATCACCAAGGGAAGCAAAGTGAAATATGAGCTTGACAAGAAAACTGGACTGATTAAG

upper sequence: GRMZM2G061928_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA07G05390.2 (Glycine max), 3'ss of exon 3
atttgcttgtcgagcaaaaaagtgcattttttatcataatgtt--taacaaatctactagttcgcttcatacagtgactgcattatttacatctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAAACTGGACTGATTAAG
 | | | ||   | |    |  | |||| || | || ||  ||  ||  |  | |  || ||    |  | || ||  | | |  |      || | |||||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||| || |||||||| || |||||| | ||||||
-tattcatgcaaaactgtcac-tccattcttgaccagaaatttcctactatgtatgttatttatgcttgttcaatgcttacttgctcagttgctatttgcagGTTGTGGAGATCACTAAGGGAAGCAAGGTCAAATACGAACTTGACAAAAAGACTGGATTAATTAAG

upper sequence: GRMZM2G061928_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA19G45050.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
atttgcttgtcgagcaaaaaagtgcattttttatcataatgtttaacaaatctactagttcgcttcatacagtgactgcattatttacatcttta-tgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAAACTGGACTGATTAAG
 | |     | |    |  |         | ||| ||    ||    |  |  | |   |    |  || |  |       |  ||      |   |||||||||| |||||||| || |||||||| || || ||||| ||||||||||| |||||| ||||||||
-tatagcaattgcatgatgacaccacacctatataattccattcttgatttgcatttagttttctagtaaaagggtgtttctgcttgttcaatggctgcagGTTGTGGAGATCACTAAAGGAAGCAAGGTCAAGTATGAACTTGACAAGAAGACTGGATTGATTAAG

upper sequence: GRMZM2G061928_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA03G42280.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
-atttgcttgtcgagcaaaaa-agtgcattttttatcataatgtttaacaaatctactagttcgcttcatacagtgactgcattatttacatctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAAACTGGACTGATTAAG
 ||       | |    |  | |   ||  | | ||   | | || |      | | || ||  |||   |  | || |   |  ||      |   || ||||||| |||||||| || |||||||| || |||||||| ||||||||||| || ||| ||||||||
catacagcaattgcatgatcacaccacacctctaattccattcttgagttg--caattaattttcttgtaaaggggagtttctgcttgttcaatggttgtagGTTGTGGAGATCACTAAAGGAAGCAAGGTCAAATATGAACTTGACAAGAAGACAGGATTGATTAAG

upper sequence: GRMZM2G061928_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT1G01050.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
atttgcttgtcgagcaaaaaagtgcattttttatcataatgtttaacaaatctactagttcgcttcatacagtgactgcattat--ttacatctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAAACTGGACTGATTAAG
                   ||||   ||  |  || |  |  | |||| |     | |||   |  || |  | |     ||||  ||  ||  ||||  |||||||||||||||| || |||||||| || ||||| ||||||||||| || || ||||| || |||
-----------------gtaagttttttcctactctttgttctaaacagagtatgttgtt-attagattctctaatcattttatctttggatgattat-tagGTTGTTGAGATCACTAAAGGAAGCAAGGTCAAATACGAGCTTGACAAAAAGACAGGACTCATCAAG

upper sequence: GRMZM2G061928_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT2G46860.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
atttgcttgtcgagcaaaaaagtgcattttttatcataatgtttaacaaatctact--agttcgcttcatacagtgactgcattatttaca-----tctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAAACTGGACTGATTAAG
                    | ||  | ||   | ||||     |  ||  || ||  | |     ||   |  |   |   |||   | |     ||| |   ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| || || || || || |||
------------------gtattgtctcttaacttataac-ccaagtaagccttctttaatctctctctctctcttggtctgttaacgagagagcctctctggtcagGTGGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTGAAATATGAACTCGACAAAAAGACCGGTCTTATCAAG

upper sequence: GRMZM2G061928_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv02s0025g02980.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
atttgcttgtcgagcaaaaaagtgcattttttatcataatgtttaacaaatctactagttcgcttcatacagtgactgcattatttacatcttta-tgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAAACTGGACTGATTAAG
                             | |  ||| ||  ||   |    ||    |    |   | | || | | |||  | |||  | ||  |||||||||||||||| || || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
----------------------------gtatgccatcattcttctgattcttatccctcatttattttctgtcatt-catcgtctactcccttggtgcagGTTGTTGAGATAACGAAAGGAAGTAAAGTTAAGTATGAGCTTGACAAGAAAACTGGGCTGATTAAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211407096|gb|FL112927.1|FL112927
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211402002|gb|FL112896.1|FL112896
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211270185|gb|FL112868.1|FL112868
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|31356747|gb|CD441104.1|CD441104
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|31355864|gb|CD440221.1|CD440221
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|67014869|gb|CO443618.1|CO443618
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211402006|gb|FL112900.1|FL112900
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211402013|gb|FL112907.1|FL112907
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211404548|gb|FL112915.1|FL112915
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211270189|gb|FL112872.1|FL112872
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211091461|gb|FK999164.1|FK999164
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211402014|gb|FL112908.1|FL112908
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211404549|gb|FL112916.1|FL112916
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211402003|gb|FL112897.1|FL112897
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211404557|gb|FL112924.1|FL112924
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|7118905|gb|AW497510.1|AW497510
EST:     TCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: TCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211270184|gb|FL112867.1|FL112867
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211407095|gb|FL112926.1|FL112926
EST:     GTTCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|60339231|gb|DN206204.1|DN206204
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|60356641|gb|DN223614.1|DN223614
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211098874|gb|FK999203.1|FK999203
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGKGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211402012|gb|FL112906.1|FL112906
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211404550|gb|FL112917.1|FL112917
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|1531734|gb|AA051884.1|AA051884
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAA
EST: gi|60348025|gb|DN214998.1|DN214998
EST:     CTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: CTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|60344717|gb|DN211690.1|DN211690
EST:     TTGAGATCGGTCTTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: TTGAGATCGGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|7216723|gb|AW562845.1|AW562845
EST:     GCCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GNTGNTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211091460|gb|FK999163.1|FK999163
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211270194|gb|FL112877.1|FL112877
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|60343029|gb|DN210002.1|DN210002
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|60396650|gb|DN229518.1|DN229518
EST:     GTCTTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|67017766|gb|CO446515.1|CO446515
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211399469|gb|FL112895.1|FL112895
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211093927|gb|FK999180.1|FK999180
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211402015|gb|FL112909.1|FL112909
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211399460|gb|FL112886.1|FL112886
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|5846897|gb|AI999980.1|AI999980
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211407098|gb|FL112929.1|FL112929
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211404554|gb|FL112921.1|FL112921
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211404546|gb|FL112913.1|FL112913
EST:     GTCCWGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211402011|gb|FL112905.1|FL112905
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|31353516|gb|CD437873.1|CD437873
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|76285559|gb|DV025127.1|DV025127
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211404552|gb|FL112919.1|FL112919
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211399457|gb|FL112883.1|FL112883
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211404547|gb|FL112914.1|FL112914
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|18177630|gb|BM378840.1|BM378840
EST:     GTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211399465|gb|FL112891.1|FL112891
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|76285558|gb|DV025126.1|DV025126
EST:     CTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: CTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|5325087|gb|AI783278.1|AI783278
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211399468|gb|FL112894.1|FL112894
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|32851386|gb|CD991067.1|CD991067
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211270190|gb|FL112873.1|FL112873
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211267755|gb|FL112864.1|FL112864
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTTAAATATGAGCTTGACAAGAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTT-AAATATGAGCTTGACAAGAA
EST: gi|211267756|gb|FL112865.1|FL112865
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|31909407|gb|CD650903.1|CD650903
EST:     GATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|60351510|gb|DN218483.1|DN218483
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|60346798|gb|DN213771.1|DN213771
EST:     CCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAA
genomic: CCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCAC-AAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAA
EST: gi|211270187|gb|FL112870.1|FL112870
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211399467|gb|FL112893.1|FL112893
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|60339839|gb|DN206812.1|DN206812
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211399455|gb|FL112881.1|FL112881
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211407097|gb|FL112928.1|FL112928
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAKCAAAKTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211270193|gb|FL112876.1|FL112876
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211399459|gb|FL112885.1|FL112885
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|14243411|gb|BG841076.2|BG841076
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|13237307|gb|BG355321.1|BG355321
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|60348523|gb|DN215496.1|DN215496
EST:     CTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: CTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|29129886|gb|CB380590.1|CB380590
EST:     CTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: CTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|31355702|gb|CD440059.1|CD440059
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|78104562|gb|DV522980.1|DV522980
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|31349512|gb|CD433869.1|CD433869
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211404553|gb|FL112920.1|FL112920
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|5325092|gb|AI783283.1|AI783283
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|33090854|gb|CF050848.1|CF050848
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTAAAAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211399456|gb|FL112882.1|FL112882
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211404558|gb|FL112925.1|FL112925
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|31909409|gb|CD650904.1|CD650904
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211270186|gb|FL112869.1|FL112869
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|60358335|gb|DN225308.1|DN225308
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211399461|gb|FL112887.1|FL112887
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211399464|gb|FL112890.1|FL112890
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211270197|gb|FL112880.1|FL112880
EST:     GGCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGNT                         GNTGGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTG-TTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAA
EST: gi|33770718|gb|CF273012.1|CF273012
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|213191211|gb|FM191435.1|FM191435
EST:     GCTCCTGCTGTTTTC-ATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211270195|gb|FL112878.1|FL112878
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

acaaatctactagttcgcttcatacagtgactgcattatttacatctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAAACTGGACTGATTAAG
 gtttaac  putative branch site (score: 3)
                                          catcttt  putative PPT
                                  attatttacatcttta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
atttgcttgtcgagcaaaaaagtgcattttttatcataatgtttaacaaatctactagttcgcttcatacagtgactgcattatttacatctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAAACTGGACTGATTAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAA