1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' |
...ctgtgatttgtgactttatgatctgttttgtgaaccctgcttgtttctgtgttccaatgctctgaactgttgccaatttatctgcttggtttctttctagGACTATGATGTCGAGGATACAGCTTTGCCTCTTCAACCGTCGTTGAACTATACTGCACCAGAATTGGTTCGAAGTGGAGATTCTAAAGTTGGCTCTGCTT
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G061681_T01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTGATCAAGCCACAGGTGGTTTGACTTCATCACAGCTATTCCATTATTCG GACTACGATGTCGAGGATACAGCTTTGCCTCTTCAACCGTCGTTGAACTAT
genomic: TTGATCAAGCCACAGGTGGTTTGACTTCATCACAGCTATTCCATTATTCGgttagtaagt ... ttctttctagGACTATGATGTCGAGGATACAGCTTTGCCTCTTCAACCGTCGTTGAACTAT
tctgtgttccaatgctctgaactgttgccaatttatctgcttggtttctttctagGACTATGATGTCGAGGATACAGCTTTGCCTCTTCAACCGTCGTTGAACTATACTGCACCAGAATTGGTTCGAAGTGGAGATTCTAAAGTTGGCTCTGCTT
cttggtttctttct CT-rich tract
aatttatct TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ctgtgatttgtgactttatgatctgttttgtgaaccctgcttgtttctgtgttccaatgctctgaactgttgccaatttatctgcttggtttctttctagGACTATGATGTCGAGGATACAGCTTTGCCTCTTCAACCGTCGTTGAACTATACTGCACCAGAATTGGTTCGAAGTGGAGATTCTAAAGTTGGCTCTGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
-tgtgatt
- - - - - - - - - - - -tgttttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aatgctc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctgttgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgcttgg