Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtactgcacaccattttttgttttgttatggttatcactggaacattttttaataccccattacttagccctgccgctcttctttgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAGCCGGTGCCCAGAGTTCTGTCTTGCAACTGAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G060564_T04
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G060564_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os03g03180.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
--gtactgcacaccattttttgtt--ttgttatggttatcactggaacattttttaataccccattacttagccctgccgctcttctttgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAGCCGGTGCCCAGAGTTCTGTCTTGCAACTGAG
  |   |     | ||||| |  |  ||| ||||||||  |   ||||||| | | | ||| |  |   |  |  | ||   |  || |||  |||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| ||||||
gtggggtttcttctattttcttctacttgctatggttag-atacgaacattgtgttagacctccctgaatc-cattcccctgcacctctgtcttgtagATATGTCTGCTGTGCTGGGTACATGCCATGCAGTGGGAAGTGTGGTGAAAGCCGATGCCCAGAGTTCTGTCTTGCTACTGAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|37416319|gb|CF645810.1|CF645810
EST:     TGCGTGTCGCACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATG
EST: gi|211520841|gb|FL034048.1|FL034048
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGG
EST: gi|71768983|gb|DR966920.1|DR966920
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
EST: gi|211520834|gb|FL034041.1|FL034041
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
EST: gi|211520840|gb|FL034047.1|FL034047
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCA
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCA
EST: gi|211397639|gb|FL034039.1|FL034039
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAS
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
EST: gi|211520835|gb|FL034042.1|FL034042
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
EST: gi|78090964|gb|DV519338.1|DV519338
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACCTGCCATGCAGTGCAAAGTGTGGCCAGAG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
EST: gi|211520842|gb|FL034049.1|FL034049
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTG
EST: gi|211520839|gb|FL034046.1|FL034046
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
EST: gi|101396680|gb|EB820265.1|EB820265
EST:     TGCGTGTCGTACGTGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGACAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTTGGCTACATGCCATGCAGTGGACAGTGTGGCGAGA
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCT-GGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGA
EST: gi|211520837|gb|FL034044.1|FL034044
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
EST: gi|211520836|gb|FL034043.1|FL034043
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
EST: gi|211520838|gb|FL034045.1|FL034045
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggaacattttttaataccccattacttagccctgccgctcttctttgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAGCCGGTGCCCAGAGTTCTGTCTTGCAACTGAG
        ttttaat  putative branch site (score: 3)
                             ccctgccgctcttctt  putative PPT
     attttttaata  TA-rich tract