Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtactgcacaccattttttgttttgttatggttatcactggaacattttttaataccccattacttagccctgccgctcttctttgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAGCCGGTGCCCAGAGTTCTGTCTTGCAACTGAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G060564_T01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G060564_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os03g03180.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
--gtactgcacaccattttttgtt--ttgttatggttatcactggaacattttttaataccccattacttagccctgccgctcttctttgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAGCCGGTGCCCAGAGTTCTGTCTTGCAACTGAG
  |   |     | ||||| |  |  ||| ||||||||  |   ||||||| | | | ||| |  |   |  |  | ||   |  || |||  |||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| ||||||
gtggggtttcttctattttcttctacttgctatggttag-atacgaacattgtgttagacctccctgaatc-cattcccctgcacctctgtcttgtagATATGTCTGCTGTGCTGGGTACATGCCATGCAGTGGGAAGTGTGGTGAAAGCCGATGCCCAGAGTTCTGTCTTGCTACTGAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211520836|gb|FL034043.1|FL034043
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
EST: gi|37416319|gb|CF645810.1|CF645810
EST:     TGCGTGTCGCACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATG
EST: gi|211520841|gb|FL034048.1|FL034048
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGG
EST: gi|71449020|gb|DR830070.1|DR830070
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
EST: gi|211520834|gb|FL034041.1|FL034041
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
EST: gi|78078643|gb|DV507055.1|DV507055
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
EST: gi|91048377|gb|EB158795.1|EB158795
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
EST: gi|50336576|gb|CO531702.1|CO531702
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
EST: gi|76011810|gb|DT938980.1|DT938980
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
EST: gi|211520840|gb|FL034047.1|FL034047
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCA
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCA
EST: gi|211397639|gb|FL034039.1|FL034039
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAS
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
EST: gi|211397637|gb|FL034037.1|FL034037
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
EST: gi|101399172|gb|EB821460.1|EB821460
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
EST: gi|71330287|gb|DR801905.1|DR801905
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
EST: gi|74234235|gb|DT642149.1|DT642149
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
EST: gi|26456824|gb|CA828407.1|CA828407
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
EST: gi|76284637|gb|DV024205.1|DV024205
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
EST: gi|148953515|gb|EE153023.2|EE153023
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
EST: gi|211520833|gb|FL034040.1|FL034040
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
EST: gi|149095487|gb|EE181140.2|EE181140
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
EST: gi|20512803|gb|BQ280001.1|BQ280001
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
EST: gi|71447386|gb|DR828436.1|DR828436
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
EST: gi|211397638|gb|FL034038.1|FL034038
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAS
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
EST: gi|211520838|gb|FL034045.1|FL034045
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
EST: gi|148930645|gb|EC872835.2|EC872835
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
EST: gi|211520842|gb|FL034049.1|FL034049
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTG
EST: gi|76014988|gb|DT942158.1|DT942158
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
EST: gi|78090964|gb|DV519338.1|DV519338
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACCTGCCATGCAGTGCAAAGTGTGGCCAGAG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
EST: gi|148937865|gb|EC882083.2|EC882083
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
EST: gi|148949975|gb|EC895492.2|EC895492
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
EST: gi|211520835|gb|FL034042.1|FL034042
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
EST: gi|74245152|gb|DT653066.1|DT653066
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
EST: gi|149089290|gb|EE178503.2|EE178503
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
EST: gi|101396680|gb|EB820265.1|EB820265
EST:     TGCGTGTCGTACGTGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGACAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTTGGCTACATGCCATGCAGTGGACAGTGTGGCGAGA
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCT-GGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGA
EST: gi|71321160|gb|DR797280.1|DR797280
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
EST: gi|71311330|gb|DR791989.1|DR791989
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
EST: gi|78107038|gb|DV525456.1|DV525456
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
EST: gi|211520837|gb|FL034044.1|FL034044
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
EST: gi|71312763|gb|DR792909.1|DR792909
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
EST: gi|211520839|gb|FL034046.1|FL034046
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
EST: gi|71768464|gb|DR966401.1|DR966401
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
EST: gi|71315575|gb|DR794393.1|DR794393
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
EST: gi|50337111|gb|CO532237.1|CO532237
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 71

TGGACCTTGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAGCCGGTGCCCAGAGTTCTGTCTTGCAACTGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 45 (downstream exon)
Score: 78

TGGACCTTGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAGCCGGTGCCCAGAGTTCTGTCTTGCAACTGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 78

TGGACCTTGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAGCCGGTGCCCAGAGTTCTGTCTTGCAACTGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 100

TGGACCTTGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAGCCGGTGCCCAGAGTTCTGTCTTGCAACTGAG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggaacattttttaataccccattacttagccctgccgctcttctttgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAGCCGGTGCCCAGAGTTCTGTCTTGCAACTGAG
        ttttaat  putative branch site (score: 100)
                             ccctgccgctcttctt  putative PPT
     attttttaata  TA-rich tract