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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...agacagtttctgaaatgagaaactgcattctagtgtgaagtgaacactcgtatagttatgcagtgatagaatgaccttatatttgccttattgatcacagTGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTGAAGAAGGGTGTTCTTCCTTGGCACGTACTCTTTGGGCTCTTTGTCTACA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G060357_T01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G060357_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os02g42890.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
agacagtttctgaaatgagaaactgcattctagtgtgaagtgaacactcgtatagttatgc---agtgatagaatgaccttatatt-tgc-cttattgatcacagTGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTGAAGAAGGGTGTTCTTCCTTGGCACGTACTCTTTGGGCTCTTTGTCTACA
      ||  || | |     |   |   |  ||| ||  |         ||||  | | |   | || |   |    ||| ||   ||| | | |  ||  ||||||||| | || || ||  | |||||||||||  ||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||
-----tttattgtagtagttgatatctgcccggtgagagttttttttatatataactttacttgattgttgacaacttcttgtaaaatgcgcctgtctattgcagTGGATATTCGGGTTTGTTGCTTTCTTCTTCCCCCGTGCTTCGCCAAGCGTGAGGAAGGGTGTTCTTCCTTGGCATATACTGTTTGGGCTCTTCGTCTACA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78180333|gb|DV550706.1|DV550706
EST:     GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAG                         TGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
genomic: GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAGgtaaggccat ... ttgatcacagTGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
EST: gi|8577184|gb|BE129821.1|BE129821
EST:     GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAG                         TGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
genomic: GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAGgtaaggccat ... ttgatcacagTGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
EST: gi|148938242|gb|EC882533.2|EC882533
EST:     GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAG                         TGAATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
genomic: GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAGgtaaggccat ... ttgatcacagTGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
EST: gi|5871074|gb|AW017515.1|AW017515
EST:     GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAG                         TGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
genomic: GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAGgtaaggccat ... ttgatcacagTGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
EST: gi|60354340|gb|DN221313.1|DN221313
EST:     GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAG                         TGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
genomic: GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAGgtaaggccat ... ttgatcacagTGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
EST: gi|37378717|gb|CF626065.1|CF626065
EST:     ATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAG                         TGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCCTGGTGCTGCGCCAAACGT
genomic: ATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAGgtaaggccat ... ttgatcacagTGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTT-CCCTGGTGCTGCGCCAAACGT
EST: gi|211275486|gb|FL301567.1|FL301567
EST:     GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAG                         TGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCCCCAAACGTG
genomic: GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAGgtaaggccat ... ttgatcacagTGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
EST: gi|211273679|gb|FL301561.1|FL301561
EST:     GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAG                         TGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAA
genomic: GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAGgtaaggccat ... ttgatcacagTGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAA
EST: gi|32866290|gb|CF005972.1|CF005972
EST:     GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAG                         TGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
genomic: GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAGgtaaggccat ... ttgatcacagTGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
EST: gi|116813940|gb|EC856434.1|EC856434
EST:     ATTAC-TTGTATGGTA-TCAG                         TGGATAATTGGATTCGTCACG-TCTTCTACCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
genomic: ATTACTTTGTATGGTATTCAGgtaaggccat ... ttgatcacagTGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
EST: gi|110200635|gb|EC882532.1|EC882532
EST:     GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAG                         TGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
genomic: GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAGgtaaggccat ... ttgatcacagTGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
EST: gi|211273682|gb|FL301564.1|FL301564
EST:     GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAG                         TGGATAATTTGGAT-CGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAA-CGT
genomic: GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAGgtaaggccat ... ttgatcacagTGGATAATT-GGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGT
EST: gi|32865638|gb|CF005320.1|CF005320
EST:     GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAG                         TGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
genomic: GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAGgtaaggccat ... ttgatcacagTGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
EST: gi|149009145|gb|EE041281.2|EE041281
EST:     GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAG                         TGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
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EST: gi|76932976|gb|DV173262.1|DV173262
EST:     ATTGTGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAG                         TGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
genomic: ATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAGgtaaggccat ... ttgatcacagTGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
EST: gi|148994878|gb|EE034278.2|EE034278
EST:     GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAG                         TGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
genomic: GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAGgtaaggccat ... ttgatcacagTGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
EST: gi|116816394|gb|EC859132.1|EC859132
EST:     GCCTGCAC-C-TGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAG                         TGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
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EST: gi|148959552|gb|EC905522.2|EC905522
EST:     GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAG                         TGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
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EST: gi|148941514|gb|EC886445.2|EC886445
EST:     GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAG                         TGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCCAAACGT
genomic: GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAGgtaaggccat ... ttgatcacagTGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCC-AAACGT
EST: gi|211352579|gb|FL245097.1|FL245097
EST:     GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAG                         TGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTG
genomic: GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAGgtaaggccat ... ttgatcacagTGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTG
EST: gi|211431035|gb|FL480959.1|FL480959
EST:     GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAG                         TGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGT-STGCGCCAAACGTG
genomic: GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAGgtaaggccat ... ttgatcacagTGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
EST: gi|37400916|gb|CF637818.1|CF637818
EST:     GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAG                         TGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
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EST: gi|6194523|gb|AW146627.1|AW146627
EST:     GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAG                         TGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
genomic: GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAGgtaaggccat ... ttgatcacagTGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
EST: gi|50323464|gb|CO518590.1|CO518590
EST:     GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAG                         TGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
genomic: GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAGgtaaggccat ... ttgatcacagTGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
EST: gi|211352575|gb|FL245093.1|FL245093
EST:     GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAG                         TGGATAATTGGATTCGTCACGTTC
genomic: GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAGgtaaggccat ... ttgatcacagTGGATAATTGGATTCGTCACGTTC
EST: gi|32917108|gb|CF021920.1|CF021920
EST:     GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAG                         TGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
genomic: GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAGgtaaggccat ... ttgatcacagTGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
EST: gi|32835103|gb|CD974781.1|CD974781
EST:     GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAG                         TGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
genomic: GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAGgtaaggccat ... ttgatcacagTGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
EST: gi|149106897|gb|EE188797.2|EE188797
EST:     GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAG                         TGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
genomic: GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAGgtaaggccat ... ttgatcacagTGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
EST: gi|71436474|gb|DR817524.1|DR817524
EST:     GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAG                         TGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
genomic: GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAGgtaaggccat ... ttgatcacagTGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
EST: gi|86472332|gb|DY238702.1|DY238702
EST:     GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAG                         TGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
genomic: GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAGgtaaggccat ... ttgatcacagTGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
EST: gi|211273674|gb|FL301556.1|FL301556
EST:     GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAG                         TGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAA-CGTG
genomic: GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAGgtaaggccat ... ttgatcacagTGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
EST: gi|32832233|gb|CD971911.1|CD971911
EST:     GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAG                         TGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
genomic: GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAGgtaaggccat ... ttgatcacagTGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
EST: gi|22472656|gb|BU037136.1|BU037136
EST:     GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAG                         TGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
genomic: GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAGgtaaggccat ... ttgatcacagTGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
EST: gi|149080500|gb|EE169531.2|EE169531
EST:     GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAG                         TGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
genomic: GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAGgtaaggccat ... ttgatcacagTGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
EST: gi|32834443|gb|CD974121.1|CD974121
EST:     GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAG                         TGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
genomic: GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAGgtaaggccat ... ttgatcacagTGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
EST: gi|149106896|gb|EE188796.2|EE188796
EST:     GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAG                         TGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
genomic: GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAGgtaaggccat ... ttgatcacagTGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
EST: gi|32865637|gb|CF005319.1|CF005319
EST:     GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAG                         TGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
genomic: GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAGgtaaggccat ... ttgatcacagTGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
EST: gi|148994879|gb|EE034279.2|EE034279
EST:     GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAG                         TGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
genomic: GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAGgtaaggccat ... ttgatcacagTGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
EST: gi|116822640|gb|EC866050.1|EC866050
EST:     TACTTTGTATGGTATTCAG                         TGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
genomic: TACTTTGTATGGTATTCAGgtaaggccat ... ttgatcacagTGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
EST: gi|87156548|gb|DY401337.1|DY401337
EST:     GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAG                         TGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
genomic: GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAGgtaaggccat ... ttgatcacagTGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
EST: gi|211354977|gb|FL245102.1|FL245102
EST:     GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAG                         TGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTC
genomic: GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAGgtaaggccat ... ttgatcacagTGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTC
EST: gi|78021259|gb|DV489646.1|DV489646
EST:     GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAG                         TGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
genomic: GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAGgtaaggccat ... ttgatcacagTGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
EST: gi|6022534|gb|AW067567.1|AW067567
EST:     GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAG                         TGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
genomic: GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAGgtaaggccat ... ttgatcacagTGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
EST: gi|211352580|gb|FL245098.1|FL245098
EST:     GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAG                         TGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
genomic: GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAGgtaaggccat ... ttgatcacagTGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
EST: gi|148957898|gb|EC904053.2|EC904053
EST:     CCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTTC-G                         TGGATAATTGGATTCGTCACGTTC
genomic: CCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATT-CAGgtaaggccat ... ttgatcacagTGGATAATTGGATTCGTCACGTTC
EST: gi|211352576|gb|FL245094.1|FL245094
EST:     GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAG                         TGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG
genomic: GCCTGCACTCTTGGATTGGGATAGGAACAATTACTTTGTATGGTATTCAGgtaaggccat ... ttgatcacagTGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

actcgtatagttatgcagtgatagaatgaccttatatttgccttattgatcacagTGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTGAAGAAGGGTGTTCTTCCTTGGCACGTACTCTTTGGGCTCTTTGTCTACA
                                           tattgat  putative branch site (score: 3)
                                        ccttatt  CT-rich tract
                               ttatattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
agacagtttctgaaatgagaaactgcattctagtgtgaagtgaacactcgtatagttatgcagtgatagaatgaccttatatttgccttattgatcacagTGGATAATTGGATTCGTCACGTTCTTCTTCCCTGGTGCTGCGCCAAACGTGAAGAAGGGTGTTCTTCCTTGGCACGTACTCTTTGGGCTCTTTGTCTACA

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- - - tttctga
- - - - - - - - - - - -tgcattc
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