Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatggacttctatagttctatattactttgctgcaatggttattgcataaacacatctgatttctccccctacatttcagAGGAAAATGTTGAGCGTGATGCTGTTCATAAAGCGCTCATGTCCCTTATACGGCAAGATGTTAAAA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G059039_T01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G059039_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os02g20930.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
gtatggacttctatagttctatattactttgctgcaatggttattgcataaacacatctgatttctccccctacatttcagAGGAAAATGTTGAGCGTGATGCTGTTCATAAAGCGCTCATGTCCCTTATACGGCAAGATGTTAAAA
   |  | |  | | | | | | | | || | |  ||||||       |  |  | ||||| |||| |   |  |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||
--gtacaatcattttgctatttttaatttggatcaaatggtacacatttgcattcttctgagttctgca--tgtattttagAGGAAAATGTGGAGCGTGATGCTGTTCATAAAGCACTGATGTCGCTTATACGGCAGGATGTTAAAA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211179438|gb|FL364366.1|FL364366
EST:     TGAATTTGTGTCAAAAATTGCAGATGTTTTGGGTCAGCTCCTTACAAGCG                         AGGAAAATGTTGAGCGTGATGCTGTTCATAAAGCGCTCATGTCCCTTATAC
genomic: TGAATTTGTGTCAAAAATTGCAGATGTTTTGGGTCAGCTCCTTACAAGCGgtatggactt ... tacatttcagAGGAAAATGTTGAGCGTGATGCTGTTCATAAAGCGCTCATGTCCCTTATAC
EST: gi|148969036|gb|EE019749.2|EE019749
EST:     TGAATTTGTGTCAAAAATTGCAGATGTTTTGGGTCAGCTCCTTACAAGCG                         AGGAAAATGTTGAGCGTGATGCTGTTCATAAAGCGCTCATGTCCCTTATAC
genomic: TGAATTTGTGTCAAAAATTGCAGATGTTTTGGGTCAGCTCCTTACAAGCGgtatggactt ... tacatttcagAGGAAAATGTTGAGCGTGATGCTGTTCATAAAGCGCTCATGTCCCTTATAC
EST: gi|211444762|gb|FL341640.1|FL341640
EST:     TGAATTTGTGTCAAAAATTGCAGATGTTTTGGGTCAGCTCCTTACAAGCG                         AGGAAAATGTTGAGCGTGATGCTGTTCATAAAGCGCTCATGTCCCTTATAC
genomic: TGAATTTGTGTCAAAAATTGCAGATGTTTTGGGTCAGCTCCTTACAAGCGgtatggactt ... tacatttcagAGGAAAATGTTGAGCGTGATGCTGTTCATAAAGCGCTCATGTCCCTTATAC
EST: gi|71766575|gb|DR964512.1|DR964512
EST:     TGAATTTGTGTCAAAAATTGCAGATGTTTTGGGTCAGCTCCTTACAAGCG                         AGGAAAATGTTGAGCGTGATGCTGTTCATAAAGCGCTCATGTCCCTTATAC
genomic: TGAATTTGTGTCAAAAATTGCAGATGTTTTGGGTCAGCTCCTTACAAGCGgtatggactt ... tacatttcagAGGAAAATGTTGAGCGTGATGCTGTTCATAAAGCGCTCATGTCCCTTATAC
EST: gi|211281795|gb|FL349528.1|FL349528
EST:     TGAATTTGTGTCAAAAATTGCAGATGGTTTGGGTCAGCTCCTTACAAGCG                         AAGAAAATGTTGAACGTGATGCTGGTCAT
genomic: TGAATTTGTGTCAAAAATTGCAGATGTTTTGGGTCAGCTCCTTACAAGCGgtatggactt ... tacatttcagAGGAAAATGTTGAGCGTGATGCTGTTCAT
EST: gi|211012398|gb|FL319259.1|FL319259
EST:     TGAATTTGTGTCAAAAATTGCAGATGTTTTGGGTCAGCTCCTTACAAGCG                         AGGAAAATGTTGAGCGTGATGCTGTTCATAAAG
genomic: TGAATTTGTGTCAAAAATTGCAGATGTTTTGGGTCAGCTCCTTACAAGCGgtatggactt ... tacatttcagAGGAAAATGTTGAGCGTGATGCTGTTCATAAAG
EST: gi|211407222|gb|FL345640.1|FL345640
EST:     TGAATTTGTGTCAAAAATTGCAGATGTTTTGGGTCAGCTCCTTACAAGCG                         AGGGAAATGTTGAGCGTGATGCTGTTCA
genomic: TGAATTTGTGTCAAAAATTGCAGATGTTTTGGGTCAGCTCCTTACAAGCGgtatggactt ... tacatttcagAGGAAAATGTTGAGCGTGATGCTGTTCA
EST: gi|211433492|gb|FL365020.1|FL365020
EST:     TGAATTTGTGTCAAAAATTGCAGATGTTTTGGGTCAGCTCCTTACAAGCG                         AGGAAAATGTTGAGCGTGATGCTGTTCATAAAGCGCTCATGTCCCTTATAC
genomic: TGAATTTGTGTCAAAAATTGCAGATGTTTTGGGTCAGCTCCTTACAAGCGgtatggactt ... tacatttcagAGGAAAATGTTGAGCGTGATGCTGTTCATAAAGCGCTCATGTCCCTTATAC
EST: gi|148943964|gb|EC889044.2|EC889044
EST:     TGAATTTGTGTCAAAAATTGCAGATGTTTTGGGTCAGCTCCTTACAAGCG                         AGGAAAATGTTGAGCGTGATGCTGTTCATAAAGCGCTCATGTCCCTTATAC
genomic: TGAATTTGTGTCAAAAATTGCAGATGTTTTGGGTCAGCTCCTTACAAGCGgtatggactt ... tacatttcagAGGAAAATGTTGAGCGTGATGCTGTTCATAAAGCGCTCATGTCCCTTATAC
EST: gi|211185388|gb|FL309812.1|FL309812
EST:     TGAATTTGTGTCAAAAATTGCAGATGTTTTGGGTCAGCTCCTTACAAGCG                         AGGAAAATGTTGAGCGTGATGCTGTTCATAAAGCGCTCATGTCCCTTATAC
genomic: TGAATTTGTGTCAAAAATTGCAGATGTTTTGGGTCAGCTCCTTACAAGCGgtatggactt ... tacatttcagAGGAAAATGTTGAGCGTGATGCTGTTCATAAAGCGCTCATGTCCCTTATAC
EST: gi|211314239|gb|FL336753.1|FL336753
EST:     TGAATTTGTGTCAAAAATTGCAGATGTTTTGGGTCAGCTCCTTACAAGCG                         AGGAAAATGTTGAGCGTGATGCTGTTCATAAAGCGCTCATGTCCCTTATAC
genomic: TGAATTTGTGTCAAAAATTGCAGATGTTTTGGGTCAGCTCCTTACAAGCGgtatggactt ... tacatttcagAGGAAAATGTTGAGCGTGATGCTGTTCATAAAGCGCTCATGTCCCTTATAC
EST: gi|76014976|gb|DT942146.1|DT942146
EST:     TGAATTTGTGTCAAAAATTGCAGATGTTTTGGGTCAGCTCCTTACAAGCG                         AGGAAAATGTTGAGCGTGATGCTGTTCATAAAGCGCTCATGTCCCTTATAC
genomic: TGAATTTGTGTCAAAAATTGCAGATGTTTTGGGTCAGCTCCTTACAAGCGgtatggactt ... tacatttcagAGGAAAATGTTGAGCGTGATGCTGTTCATAAAGCGCTCATGTCCCTTATAC
EST: gi|211158733|gb|FL327703.1|FL327703
EST:     TGAATTTGTGTCAAAAATTGCAGATGTTTTGGGTCAGCTCCTTACAAGCG                         AGGAAAATGTTGAGCGTGATGCTGTTCATAAAGCGCTTCATGTCCCTTATA
genomic: TGAATTTGTGTCAAAAATTGCAGATGTTTTGGGTCAGCTCCTTACAAGCGgtatggactt ... tacatttcagAGGAAAATGTTGAGCGTGATGCTGTTCATAAAGCGCT-CATGTCCCTTATA
EST: gi|32164953|gb|CD670271.1|CD670271
EST:     TGAATTTGTGTCAAAAATTGCAGATGTTTTGGGTCAGCTCCTTACAAGCG                         AGGAAAATGTTGAGCGTGATGCTGTTCATAAAGCGCTCATGTCCCTTATAC
genomic: TGAATTTGTGTCAAAAATTGCAGATGTTTTGGGTCAGCTCCTTACAAGCGgtatggactt ... tacatttcagAGGAAAATGTTGAGCGTGATGCTGTTCATAAAGCGCTCATGTCCCTTATAC
EST: gi|211306674|gb|FL363564.1|FL363564
EST:     TGAATTTGTGTCAAAAATTGCAGATGTTTTGGGTCAGCTCCTTACAAGCG                         AGGAAAATGTTGAGCGTGATGCTGTTCATAAAGCGCTCATGTCCCTTATAC
genomic: TGAATTTGTGTCAAAAATTGCAGATGTTTTGGGTCAGCTCCTTACAAGCGgtatggactt ... tacatttcagAGGAAAATGTTGAGCGTGATGCTGTTCATAAAGCGCTCATGTCCCTTATAC
EST: gi|211375331|gb|FL327051.1|FL327051
EST:     TGAATTTGTGTCAAAAATTGCAGATGTTTTGGGTCAGCTCCTTACAAGCG                         AGGAAAATGTTGAGCGTGATGCTG
genomic: TGAATTTGTGTCAAAAATTGCAGATGTTTTGGGTCAGCTCCTTACAAGCGgtatggactt ... tacatttcagAGGAAAATGTTGAGCGTGATGCTG
EST: gi|108824166|gb|EC278174.1|EC278174
EST:     TGAATTTGTGTCAAAAATTGCAGATGTTTTGGGTCAGCTCCTTACAAGCG                         AGGAAAATGTTGAGCGTGATGCTGTTCATAAAGCGCTCATGTCCCTTATAC
genomic: TGAATTTGTGTCAAAAATTGCAGATGTTTTGGGTCAGCTCCTTACAAGCGgtatggactt ... tacatttcagAGGAAAATGTTGAGCGTGATGCTGTTCATAAAGCGCTCATGTCCCTTATAC
EST: gi|31356580|gb|CD440937.1|CD440937
EST:     TGAATTTGTGTCAAAAATTGCAGATGTTTTGGGTCAGCTCCTTACAAGCG                         AGGAAAATGTTGAGCGTGATGCTGTTCATAAAGCGCTCATGTCCCTTATAC
genomic: TGAATTTGTGTCAAAAATTGCAGATGTTTTGGGTCAGCTCCTTACAAGCGgtatggactt ... tacatttcagAGGAAAATGTTGAGCGTGATGCTGTTCATAAAGCGCTCATGTCCCTTATAC
EST: gi|211041006|gb|FL343143.1|FL343143
EST:     TGAATTTGTGTCAAAAATTGCAGATGGTTTGGGGCAGCTCCTTACAAGCG                         AGGAAAATGTTGAGCG
genomic: TGAATTTGTGTCAAAAATTGCAGATGTTTTGGGTCAGCTCCTTACAAGCGgtatggactt ... tacatttcagAGGAAAATGTTGAGCG
EST: gi|211050490|gb|FL366022.1|FL366022
EST:     TGAATTTGTGTCAAAAATTGCAGATGTTTTGGGTCAGCTCCTTACAAGCG                         AGGAAAATGTTGAGCGTGATGCTGTTCATAAAGCGCTCATGTCCCTTATAC
genomic: TGAATTTGTGTCAAAAATTGCAGATGTTTTGGGTCAGCTCCTTACAAGCGgtatggactt ... tacatttcagAGGAAAATGTTGAGCGTGATGCTGTTCATAAAGCGCTCATGTCCCTTATAC
EST: gi|211103808|gb|FL341011.1|FL341011
EST:     TGAATTTGTGTCAAAAATTGCAGATGTTTTGGGTCAGCTCCTTACAAGCG                         AGGAAAATGTTGAGCGTGATGCTGTTCATAAAGCGCTCATGTCCCTTATAC
genomic: TGAATTTGTGTCAAAAATTGCAGATGTTTTGGGTCAGCTCCTTACAAGCGgtatggactt ... tacatttcagAGGAAAATGTTGAGCGTGATGCTGTTCATAAAGCGCTCATGTCCCTTATAC
EST: gi|211055963|gb|FL348933.1|FL348933
EST:     GAATTTGTGTCAAAAATTGCAANATGTTTTGGGTCAGCTCCTTACAAGCG                         AGGAAAAATGTTGAGCGTGATGCTGTTCATAAAGCGCTCATGTCCCTTATA
genomic: GAATTTGTGTCAAAAATTGCAG-ATGTTTTGGGTCAGCTCCTTACAAGCGgtatggactt ... tacatttcagAGGAAAA-TGTTGAGCGTGATGCTGTTCATAAAGCGCTCATGTCCCTTATA
EST: gi|89761569|gb|DY689527.1|DY689527
EST:     TGAATTTGTGTCAAAAATTGCAGATGTTTTGGGTCAGCTCCTTACAAGCG                         AGGAAAATGTTGAGCGTGATGCTGTTCATAAAGCGCTCATGTCCCTTATAC
genomic: TGAATTTGTGTCAAAAATTGCAGATGTTTTGGGTCAGCTCCTTACAAGCGgtatggactt ... tacatttcagAGGAAAATGTTGAGCGTGATGCTGTTCATAAAGCGCTCATGTCCCTTATAC
EST: gi|149105666|gb|EE291222.2|EE291222
EST:     TGAATTTGTGTCAAAAATTGCAGATGTTTTGGGTCAGCTCCTTACAAGCG                         AGGAAAATGTTGAGCGTGATGCTGTTCATAAAGCGCTCATGTCCCTTATAC
genomic: TGAATTTGTGTCAAAAATTGCAGATGTTTTGGGTCAGCTCCTTACAAGCGgtatggactt ... tacatttcagAGGAAAATGTTGAGCGTGATGCTGTTCATAAAGCGCTCATGTCCCTTATAC
EST: gi|50326790|gb|CO521916.1|CO521916
EST:     TGAATTTGTGTCAAAAATTGCAGATGTTTTGGGTCAGCTCCTTACAAGCG                         AGGAAAATGTTGAGCGTGATGCTGTTCATAAAGCGCTCATGTCCCTTATAC
genomic: TGAATTTGTGTCAAAAATTGCAGATGTTTTGGGTCAGCTCCTTACAAGCGgtatggactt ... tacatttcagAGGAAAATGTTGAGCGTGATGCTGTTCATAAAGCGCTCATGTCCCTTATAC
EST: gi|211145125|gb|FL324993.1|FL324993
EST:     TGAATTTGTGTCAAAAATTGCAGATGTTTTGGGTCANCTCCTTACAAGCG                         AGGAAAATGTTGAGCGTGATGCTG
genomic: TGAATTTGTGTCAAAAATTGCAGATGTTTTGGGTCAGCTCCTTACAAGCGgtatggactt ... tacatttcagAGGAAAATGTTGAGCGTGATGCTG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 373

ATCAGAATACAAGCTATTCGTGGCTTTCCACTTCTTGGCAAAGATACTGAATTTGTGTCAAAAATTGCAGATGTTTTGGGTCAGCTCCTTACAAGCGgtatggactt ... tacatttcagAGGAAAATGTTGAGCGTGATGCTGTTCATAAAGCGCTCATGTCCCTTATACGGCAAGATGTTAAAA


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 96

ATCAGAATACAAGCTATTCGTGGCTTTCCACTTCTTGGCAAAGATACTGAATTTGTGTCAAAAATTGCAGATGTTTTGGGTCAGCTCCTTACAAGCGgtatggactt ... tacatttcagAGGAAAATGTTGAGCGTGATGCTGTTCATAAAGCGCTCATGTCCCTTATACGGCAAGATGTTAAAA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 171

ATCAGAATACAAGCTATTCGTGGCTTTCCACTTCTTGGCAAAGATACTGAATTTGTGTCAAAAATTGCAGATGTTTTGGGTCAGCTCCTTACAAGCGgtatggactt ... tacatttcagAGGAAAATGTTGAGCGTGATGCTGTTCATAAAGCGCTCATGTCCCTTATACGGCAAGATGTTAAAA


Block sizes: 48 (upstream exon), 45 (downstream exon)
Score: 105

ATCAGAATACAAGCTATTCGTGGCTTTCCACTTCTTGGCAAAGATACTGAATTTGTGTCAAAAATTGCAGATGTTTTGGGTCAGCTCCTTACAAGCGgtatggactt ... tacatttcagAGGAAAATGTTGAGCGTGATGCTGTTCATAAAGCGCTCATGTCCCTTATACGGCAAGATGTTAAAA




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctttgctgcaatggttattgcataaacacatctgatttctccccctacatttcagAGGAAAATGTTGAGCGTGATGCTGTTCATAAAGCGCTCATGTCCCTTATACGGCAAGATGTTAAAA
                             atctgat  putative branch site (score: 105)
                                   tttctccccctacatt  CT-rich tract
                     ataaaca  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatggacttctatagttctatattactttgctgcaatggttattgcataaacacatctgatttctccccctacatttcagAGGAAAATGTTGAGCGTGATGCTGTTCATAAAGCGCTCATGTCCCTTATACGGCAAGATGTTAAAA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGATG